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- PDB-2jht: CRYSTAL STRUCTURE OF RHOGDI K135T,K138T,K141T MUTANT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jht
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF RHOGDI K135T,K138T,K141T MUTANT
要素RHO GDP-DISSOCIATION INHIBITOR 1
キーワードINHIBITOR / SURFACE ENTROPY REDUCTION / GTPASE ACTIVATION / CRYSTAL ENGINEERING
機能・相同性
機能・相同性情報


Rho GDP-dissociation inhibitor activity / Axonal growth inhibition (RHOA activation) / Axonal growth stimulation / regulation of Rho protein signal transduction / regulation of synaptic vesicle cycle / RHOC GTPase cycle / semaphorin-plexin signaling pathway / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / immunological synapse ...Rho GDP-dissociation inhibitor activity / Axonal growth inhibition (RHOA activation) / Axonal growth stimulation / regulation of Rho protein signal transduction / regulation of synaptic vesicle cycle / RHOC GTPase cycle / semaphorin-plexin signaling pathway / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / immunological synapse / RHOG GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / Rho protein signal transduction / RAC1 GTPase cycle / GTPase activator activity / Schaffer collateral - CA1 synapse / regulation of protein localization / cytoskeleton / negative regulation of apoptotic process / extracellular exosome / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Coagulation Factor XIII, subunit A, domain 1 / Rho protein GDP-dissociation inhibitor / Rho GDP-dissociation inhibitor domain superfamily / RHO protein GDP dissociation inhibitor / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Distorted Sandwich / Immunoglobulin E-set / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Rho GDP-dissociation inhibitor 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Cooper, D.R. / Grelewska, K. / Derewenda, Z.S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: Protein Crystallization by Surface Entropy Reduction: Optimization of the Ser Strategy
著者: Cooper, D.R. / Boczek, T. / Grelewska, K. / Pinkowska, M. / Sikorska, M. / Zawadzki, M. / Derewenda, Z.S.
履歴
登録2007年2月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RHO GDP-DISSOCIATION INHIBITOR 1
B: RHO GDP-DISSOCIATION INHIBITOR 1
C: RHO GDP-DISSOCIATION INHIBITOR 1
D: RHO GDP-DISSOCIATION INHIBITOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0467
ポリマ－62,8474
非ポリマー1993
水4,630257
1
A: RHO GDP-DISSOCIATION INHIBITOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8153
ポリマ－15,7121
非ポリマー1032
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: RHO GDP-DISSOCIATION INHIBITOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8082
ポリマ－15,7121
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: RHO GDP-DISSOCIATION INHIBITOR 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7121
ポリマ－15,7121
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: RHO GDP-DISSOCIATION INHIBITOR 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7121
ポリマ－15,7121
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)190.832, 34.022, 103.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.59, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
RHO GDP-DISSOCIATION INHIBITOR 1 / RHO GDI 1 / RHO-GDI ALPHA


分子量: 15711.820 Da / 分子数: 4 / 断片: ISOPRENYL-BINDING DOMAIN, RESIDUES 66-201 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P52565
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-LI / LITHIUM ION / リチウムカチオン


分子量: 6.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Li
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 134 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 137 TO THR ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 134 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 137 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 140 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LYS 134 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LYS 137 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LYS 140 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, LYS 134 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, LYS 137 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, LYS 140 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, LYS 134 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, LYS 137 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, LYS 140 TO THR
配列の詳細MUTATIONS ENGINEERED TO FACILITATE CRYSTALLIZATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.5 %
結晶化pH: 8.5 / 詳細: 35% PEG 4000 0.2 M LITHIUM SULFATE 0.1M TRIS PH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. obs: 44864 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 64.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BXW

2bxw


解像度: 1.88→93.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 8.582 / SU ML: 0.128 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 1143 2.5 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.223 43701 90.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.29 Å20 Å2-1.86 Å2
2--3.95 Å20 Å2
3----4.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→93.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4414 0 11 257 4682
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0224544
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8451.9666158
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6435554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.66323.641195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.38415807
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4121528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1380.2683
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023376
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2370.21778
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.23018
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2150.2289
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3590.2115
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2740.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2161.52831
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.82824488
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.94931987
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3274.51669
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.88→1.93 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.291 50
Rwork0.251 1850
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4290.1449-0.00770.93650.22052.25110.0360.1241-0.02920.12990.036-0.00890.0113-0.2039-0.072-0.0196-0.026-0.0039-0.0703-0.0158-0.04435.6063-6.58156.9263
22.1714-0.85621.29890.4539-0.00925.367-0.05280.6096-0.08470.1303-0.0348-0.0205-0.35440.22810.0876-0.0015-0.06120.01150.0304-0.0199-0.11538.6518-6.880753.5845
31.6385-0.2123-1.45980.3524-0.335.97720.04210.30760.14390.01-0.0624-0.03570.2472-0.39720.0202-0.1427-0.0566-0.00270.19510.0026-0.19726.0575-11.1818-29.2509
41.41510.3783-2.48030.43990.39447.64860.11420.37120.05440.1929-0.0835-0.36480.3556-0.9099-0.0307-0.1326-0.08140.0160.49060.042-0.35954.4645-11.673116.7856
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A65 - 202
2X-RAY DIFFRACTION2B65 - 202
3X-RAY DIFFRACTION3C65 - 202
4X-RAY DIFFRACTION4D65 - 202

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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