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- PDB-2jhn: 3-methyladenine dna-glycosylase from Archaeoglobus fulgidus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jhn
タイトル3-methyladenine dna-glycosylase from Archaeoglobus fulgidus
要素3-METHYLADENINE DNA-GLYCOSYLASE
キーワードHYDROLASE / ALKA / DNA REPAIR / N1-METHYLADENINE / N3-METHYLCYTOSINE / HYPERTHERMOPHILES / ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS
機能・相同性
機能・相同性情報


alkylated DNA binding / DNA-7-methylguanine glycosylase activity / DNA-3-methyladenine glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / DNA alkylation repair / protein-DNA complex / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA-3-methyladenine glycosylase AlkA, N-terminal domain / DNA-3-methyladenine glycosylase AlkA, N-terminal domain superfamily / Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal) / Endonuclease Iii, domain 2 / Hypothetical protein; domain 2 / HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein / Helix-hairpin-helix, base-excision DNA repair, C-terminal / HhH-GPD domain / endonuclease III / DNA glycosylase ...DNA-3-methyladenine glycosylase AlkA, N-terminal domain / DNA-3-methyladenine glycosylase AlkA, N-terminal domain superfamily / Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal) / Endonuclease Iii, domain 2 / Hypothetical protein; domain 2 / HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein / Helix-hairpin-helix, base-excision DNA repair, C-terminal / HhH-GPD domain / endonuclease III / DNA glycosylase / Endonuclease III; domain 1 / TATA-Binding Protein / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / MERCURIBENZOIC ACID / 3-methyladenine DNA glycosylase (AlkA)
類似検索 - 構成要素
生物種ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Leiros, I. / Nabong, M.P. / Grosvik, K. / Ringvoll, J. / Haugland, G.T. / Uldal, L. / Reite, K. / Olsbu, I.K. / Knaevelsrud, I. / Moe, E. ...Leiros, I. / Nabong, M.P. / Grosvik, K. / Ringvoll, J. / Haugland, G.T. / Uldal, L. / Reite, K. / Olsbu, I.K. / Knaevelsrud, I. / Moe, E. / Andersen, O.A. / Birkeland, N.K. / Ruoff, P. / Klungland, A. / Bjelland, S.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2007
タイトル: Structural Basis for Enzymatic Excision of N1-Methyladenine and N3-Methylcytosine from DNA
著者: Leiros, I. / Nabong, M.P. / Grosvik, K. / Ringvoll, J. / Haugland, G.T. / Uldal, L. / Reite, K. / Olsbu, I.K. / Knaevelsrud, I. / Moe, E. / Andersen, O.A. / Birkeland, N.K. / Ruoff, P. / ...著者: Leiros, I. / Nabong, M.P. / Grosvik, K. / Ringvoll, J. / Haugland, G.T. / Uldal, L. / Reite, K. / Olsbu, I.K. / Knaevelsrud, I. / Moe, E. / Andersen, O.A. / Birkeland, N.K. / Ruoff, P. / Klungland, A. / Bjelland, S.
履歴
登録2007年2月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-METHYLADENINE DNA-GLYCOSYLASE
B: 3-METHYLADENINE DNA-GLYCOSYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,84918
ポリマ－68,5632
非ポリマー2,28616
水8,917495
1
A: 3-METHYLADENINE DNA-GLYCOSYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2298
ポリマ－34,2821
非ポリマー9487
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: 3-METHYLADENINE DNA-GLYCOSYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,62010
ポリマ－34,2821
非ポリマー1,3389
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)69.494, 49.968, 105.798
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.43, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 3-METHYLADENINE DNA-GLYCOSYLASE / ALKA


分子量: 34281.520 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌) / 株: VC 16 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O28163, DNA-3-methyladenine glycosylase II

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非ポリマー , 6種, 511分子

#2: 化合物 ChemComp-MBO / MERCURIBENZOIC ACID / p-メルクリオ(I)安息香酸


分子量: 321.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H5HgO2
#3: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 495 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, MET 229 TO ILE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, MET 229 TO ILE
配列の詳細SINGLE MUTATION M229I

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
解説: THE STRUCTURE WAS DETERMINED BY SHARP USING MERCURY SITES IDENTIFIED BY SHELXD. THE ANOMALOUS DIFFERENCES ARE INCLUDED IN THE DEPOSITED STRUCTURE FACTORS.
結晶化pH: 6 / 詳細: 50 MM MES, PH6.0., pH 6.00

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.009
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.009 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 63551 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 18.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 2.481 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE TWO MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT ARE RELATED BY A PSEUDO-TRANSLATIONAL VECTOR 0.5,0.45,0.5, BUT HAVE BEEN REFINED INDIVDUALLY. ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE TWO MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT ARE RELATED BY A PSEUDO-TRANSLATIONAL VECTOR 0.5,0.45,0.5, BUT HAVE BEEN REFINED INDIVDUALLY. RESIDUES A291-A292 AND B290- B293 WERE DISORDERED. THE TWO PROTEIN MONOMERS IN THE ASYMMETRIC UNIT ARE RELATED BY A PSEUDO-TRANSLATIONAL VECTOR (0.5, 0.45, 0.5). THE TWO MONOMERS WERE REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 3203 5.1 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.187 60152 98.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20 Å20.2 Å2
2--0.49 Å20 Å2
3----0.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4788 0 98 495 5381
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0225101
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.361.9796865
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3625606
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.16222.784255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.67315926
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7351554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2714
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023866
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.22472
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.23521
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2396
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2190.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1860.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0381.53086
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.51124751
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.33732362
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4784.52114
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.366 227
Rwork0.272 4287

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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