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- PDB-2jha: The structure of bluetongue virus VP4 reveals a multifunctional R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jha
タイトルThe structure of bluetongue virus VP4 reveals a multifunctional RNA- capping production-line
要素VP4 CORE PROTEIN
キーワードVIRAL PROTEIN / GUANYLYLTRANSFERASE / VIRAL CAPPING ENZYME / CORE PROTEIN / VIRION PROTEIN / METHYLTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


viral outer capsid
類似検索 - 分子機能
Orbivirus VP4 core protein, C-terminal domain / Orbivirus VP4 core / Orbivirus VP4 core, C-terminal / Orbivirus VP4 core protein / Monooxygenase / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich ...Orbivirus VP4 core protein, C-terminal domain / Orbivirus VP4 core / Orbivirus VP4 core, C-terminal / Orbivirus VP4 core protein / Monooxygenase / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GUANINE / Core protein VP4
類似検索 - 構成要素
生物種BLUETONGUE VIRUS 10 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Sutton, G. / Grimes, J.M. / Stuart, D.I. / Roy, P.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Bluetongue Virus Vp4 is an RNA-Capping Assembly Line.
著者: Sutton, G. / Grimes, J.M. / Stuart, D.I. / Roy, P.
履歴
登録2007年2月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22015年9月23日Group: Source and taxonomy
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VP4 CORE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5924
ポリマ－75,5021
非ポリマー1,0913
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)75.400, 75.400, 422.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 VP4 CORE PROTEIN / BLUETONGUE VIRUS VP4


分子量: 75501.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BLUETONGUE VIRUS 10 (ISOLATE USA) (ウイルス)
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P07132
#2: 化合物 ChemComp-GP3 / DIGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Gp3G


分子量: 788.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H27N10O18P3
#3: 化合物 ChemComp-GUN / GUANINE / グアニン


分子量: 151.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.89 %
結晶化pH: 7.7
詳細: 100 MM IMIDAZOLE PH 8.0, 2%-8% PROPAN-2-OL, 0-250 MM NACL, 50 MM DTT

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9537
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月2日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→25 Å / Num. obs: 10116 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 1.4 / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 3.4→3.52 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 3.4→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.839 / SU B: 107.712 / SU ML: 0.777 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.816 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.331 516 4.9 %RANDOM
Rwork0.24 ---
obs0.245 10116 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 88.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.32 Å22.16 Å20 Å2
2--4.32 Å20 Å2
3----6.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5040 0 73 0 5113
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0225247
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9011.9727105
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.9595609
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.88922.451257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.89715912
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9421553
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1430.2750
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023990
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2880.22841
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3310.23445
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2010.2241
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2320.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1850.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.471.53140
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.81424943
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.01732469
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6654.52162
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.49 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.456 39
Rwork0.26 686
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
113.0538-2.6875-1.00076.686-1.43548.97290.55040.32351.35591.2127-0.5819-1.1335-1.12010.79820.03150.1144-0.1114-0.0117-0.12370.1489-0.0084107.74235.879181.502
27.04821.4594-2.22410.3022-0.46050.70180.3865-0.33690.00060.3209-0.2234-0.1603-0.0349-0.0991-0.1631-0.00950.04810.0371-0.1280.0372-0.014280.16628.487185.598
311.5684-3.714-1.89628.59380.518812.97320.705-0.51580.55421.2277-0.2972-0.6016-2.3970.5007-0.40770.2336-0.21250.0169-0.09520.0158-0.115265.77135.611203.13
45.3305-0.0546-1.14849.5247-3.71727.16430.2194-0.2112-0.09181.39050.06920.5615-0.2409-0.1865-0.2886-0.2609-0.23520.0315-0.1748-0.0394-0.087158.5623.105202.789
510.2975-3.1079-4.96016.99893.10032.81331.065-0.3339-0.36730.1221-0.70140.10580.7315-0.2836-0.3636-0.2709-0.1278-0.0040.04730.0384-0.105980.00718.474175.458
64.6168-0.6613-0.3033.7133-0.07641.17360.52051.53890.8446-0.4147-0.2466-0.1532-0.51420.0125-0.2739-0.12530.15880.19050.28670.2974-0.066793.76230.821163.642
712.6409-1.07791.39284.2939-5.333314.90540.95182.4853-1.5265-2.3562-1.12530.53172.2074-0.22830.17360.1710.15190.08320.6204-0.30340.261392.21417.187151.859
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 100
2X-RAY DIFFRACTION2A101 - 160
3X-RAY DIFFRACTION3A161 - 237
4X-RAY DIFFRACTION4A238 - 391
5X-RAY DIFFRACTION5A392 - 452
6X-RAY DIFFRACTION6A453 - 598
7X-RAY DIFFRACTION7A599 - 644

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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