PDB-2jg9: Crystallographic structure of human C1q globular heads (P1)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2jg9

タイトル

Crystallographic structure of human C1q globular heads (P1)

要素

Complement C1q subcomponent subunit A
Complement C1q subcomponent subunit B
Complement C1q subcomponent subunit C

キーワード

IMMUNE SYSTEM / POLYMORPHISM / GLYCOPROTEIN / PHAGOCYTOSIS / DISEASE MUTATION / COMPLEMENT PATHWAY / CELL SURFACE MOLECULE / PYRROLIDONE CARBOXYLIC ACID / HYDROXYLATION / INNATE IMMUNITY / IMMUNE RESPONSE / COLLAGEN / TOLERANCE / APOPOTOSIS / COMPLEMENT

機能・相同性

機能・相同性情報

complement component C1 complex / complement component C1q complex / extrinsic component of postsynaptic membrane / negative regulation of macrophage differentiation / synapse pruning / extrinsic component of presynaptic membrane / negative regulation of granulocyte differentiation / vertebrate eye-specific patterning / complement-mediated synapse pruning / collagen trimer ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Paidassi, H. / Tacnet-Delorme, P. / Garlatti, V. / Darnault, C. / Ghebrehiwet, B. / Gaboriaud, C. / Arlaud, G.J. / Frachet, P.

引用

ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2008
タイトル: C1Q Binds Phosphatidylserine and Likely Acts as a Multiligand-Bridging Molecule in Apoptotic Cell Recognition.
著者: Paidassi, H. / Tacnet-Delorme, P. / Garlatti, V. / Darnault, C. / Ghebrehiwet, B. / Gaboriaud, C. / Arlaud, G.J. / Frachet, P.

履歴

登録	2007年2月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年12月5日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / entity_name_com / entity_src_nat / pdbx_entity_src_syn / struct_ref / struct_ref_seq Item: _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 1.4	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.5	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2jg9.cif.gz	165.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2jg9.ent.gz	129.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2jg9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jg/2jg9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jg/2jg9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2jg8C 1pk6S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1pk6-d 2wnu-2 5hzf-d 2wnv-2 2jg8-1 2wnv-1 5hkj-d 2jg8-2 1wck-1 5h49-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (2) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Complement C1q subcomponent subunit A

B: Complement C1q subcomponent subunit B

C: Complement C1q subcomponent subunit C

D: Complement C1q subcomponent subunit A

E: Complement C1q subcomponent subunit B

F: Complement C1q subcomponent subunit C

ヘテロ分子

90 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Complement C1q subcomponent subunit A

B: Complement C1q subcomponent subunit B

C: Complement C1q subcomponent subunit C

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
45 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Complement C1q subcomponent subunit A

E: Complement C1q subcomponent subunit B

F: Complement C1q subcomponent subunit C

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
45 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.150, 48.240, 87.790
Angle α, β, γ (deg.)	92.45, 92.65, 113.53
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	D
1	2	B
2	2	E
1	3	C
2	3	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLN	GLN	SER	SER	A	A	90 - 222	1 - 133
2	1	GLN	GLN	SER	SER	D	D	90 - 222	1 - 133
1	2	THR	THR	ASP	ASP	B	B	92 - 223	2 - 133
2	2	THR	THR	ASP	ASP	E	E	92 - 223	2 - 133
1	3	LYS	LYS	ASP	ASP	C	C	89 - 217	3 - 131
2	3	LYS	LYS	ASP	ASP	F	F	89 - 217	3 - 131

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Complement C1q subcomponent subunit A 分子量: 14985.883 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL GLOBULAR REGION, RESIDUES 112-245 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02745
#2: タンパク質	Complement C1q subcomponent subunit B 分子量: 15398.522 Da / 分子数: 2 / 断片: C TERMINAL GLOBULAR DOMAIN, RESIDUES 116-251 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02746
#3: タンパク質	Complement C1q subcomponent subunit C 分子量: 14559.454 Da / 分子数: 2 / 断片: C TERMINAL GLOBULAR DOMAIN, RESIDUES 115-245 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02747
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.67 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.961
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.961 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→44 Å / Num. obs: 50005 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.15 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 16

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PK6

1pk6

解像度: 1.9→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.897 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.848 / SU B: 3.93 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.222 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26	5284	10 %	RANDOM
R_work	0.214	-	-	-
obs	0.219	47553	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.04 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.36 Å²	0.13 Å²	0.13 Å²
2-	-	-0.15 Å²	0.15 Å²
3-	-	-	0.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6152	0	2	109	6263

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	6310
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.582	1.938	8576
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.622	5	782
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.683	23.741	294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.488	15	972
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.912	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.118	0.2	942
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4892
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.241	0.3	2639
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.328	0.5	4230
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.5	471
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.301	0.3	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.249	0.5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.173	2	3982
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.837	3	6316
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.898	3	2616
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.483	4	2260
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	532	tight positional	0.01	0.05
2	B	528	tight positional	0.01	0.05
3	C	516	tight positional	0.01	0.05
1	A	510	medium positional	0.11	0.5
2	B	500	medium positional	0.16	0.5
3	C	490	medium positional	0.09	0.5
1	A	532	tight thermal	0.01	0.5
2	B	528	tight thermal	0.01	0.5
3	C	516	tight thermal	0.01	0.5
1	A	510	medium thermal	0.14	2
2	B	500	medium thermal	0.13	2
3	C	490	medium thermal	0.16	2

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.97 Å / Total num. of bins used: 15 /

	R_factor	反射数
R_free	0.275	382
R_work	0.214	3439

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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