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万見
- PDB-2jeb: Structure of a 9-subunit archaeal exosome bound to Mn ions -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jeb
タイトルStructure of a 9-subunit archaeal exosome bound to Mn ions
要素
  • (EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE ...) x 2
  • EXOSOME COMPLEX RNA-BINDING PROTEIN 1
キーワードHYDROLASE / NUCLEASE / RNA-BINDING / EXONUCLEASE / PHOSPHOROLYTIC / EXORIBONUCLEASE / RNA DEGRADATION / RNA / RRP4 / RRP42 / RRP41 / EXOSOME / ARCHAEAL / RNASE PH
機能・相同性
機能・相同性情報


CUT catabolic process / exosome (RNase complex) / U4 snRNA 3'-end processing / cytoplasmic exosome (RNase complex) / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA catabolic process / poly(A) binding / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / RNA catabolic process ...CUT catabolic process / exosome (RNase complex) / U4 snRNA 3'-end processing / cytoplasmic exosome (RNase complex) / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA catabolic process / poly(A) binding / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / RNA catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / gene expression / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Exosome RNA binding protein RRP4 N-terminal domain / Exosome complex component Rrp4 / Exosome complex component Rrp41 / Exosome complex component Rrp42, archaea / : / KH domain / Exosome complex RNA-binding protein 1/RRP40/RRP4 / GHMP Kinase, N-terminal domain / : ...: / Exosome RNA binding protein RRP4 N-terminal domain / Exosome complex component Rrp4 / Exosome complex component Rrp41 / Exosome complex component Rrp42, archaea / : / KH domain / Exosome complex RNA-binding protein 1/RRP40/RRP4 / GHMP Kinase, N-terminal domain / : / : / K Homology domain, type 1 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / 3' exoribonuclease family, domain 2 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily / 3' exoribonuclease family, domain 1 / K Homology domain, type 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / K Homology domain, type 1 superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Exosome complex component Rrp42 / Exosome complex component Rrp41 / Exosome complex component Rrp4
類似検索 - 構成要素
生物種SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Lorentzen, E. / Conti, E.
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2007
タイトル: RNA Channelling by the Archaeal Exosome.
著者: Lorentzen, E. / Dziembowski, A. / Lindner, D. / Seraphin, B. / Conti, E.
履歴
登録2007年1月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "IC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "IC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW,

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2
B: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1
I: EXOSOME COMPLEX RNA-BINDING PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,7967
ポリマ－86,4123
非ポリマー3844
水3,027168
1
A: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2
B: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1
I: EXOSOME COMPLEX RNA-BINDING PROTEIN 1
ヘテロ分子

A: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2
B: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1
I: EXOSOME COMPLEX RNA-BINDING PROTEIN 1
ヘテロ分子

A: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2
B: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1
I: EXOSOME COMPLEX RNA-BINDING PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)260,38821
ポリマ－259,2379
非ポリマー1,15112
水1629
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-z,x+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation11_455y-1/2,-z+1/2,-x1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)133.640, 133.640, 133.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

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EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2 / EXOSOME COMPLEX OF RRP41 / RRP42 AND RRP4


分子量: 30422.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / プラスミド: PET-15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9UXC0, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#2: タンパク質 EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1


分子量: 27764.125 Da / 分子数: 1 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / プラスミド: PET-15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9UXC2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ

-
タンパク質 , 1種, 1分子 I

#3: タンパク質 EXOSOME COMPLEX RNA-BINDING PROTEIN 1


分子量: 28225.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / プラスミド: PET-15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UXC4

-
非ポリマー , 4種, 172分子

#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASP 182 TO ALA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化pH: 8 / 詳細: 40% PEG 400 50 MM TRIS-HCL PH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.55
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.55 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 29796 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2JE6

2je6


解像度: 2.4→44.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 15.313 / SU ML: 0.182 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.397 / ESU R Free: 0.269 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 1568 5 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.201 29796 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→44.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5239 0 19 168 5426
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0225348
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025129
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2621.9897277
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.745311892
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5175700
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.3724.794194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.91415883
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2561526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2881
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.025908
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02970
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1880.21109
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.180.25508
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.170.22616
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.23495
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1690.2265
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1880.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1650.2169
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1540.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4611.53735
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.69925635
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.05631983
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6214.51640
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.311 116
Rwork0.23 2197

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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