PDB-2jdd: Glyphosate N-acetyltransferase bound to acetyl COA and 3-phosphog...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2jdd

タイトル

Glyphosate N-acetyltransferase bound to acetyl COA and 3-phosphoglycerate

要素

GLYPHOSATE N-ACETYLTRANSFERASE

キーワード

TRANSFERASE / GNAT / GLYPHOSATE / N-ACETYLTRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能

生物種

BACILLUS LICHENIFORMIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Siehl, D.L. / Castle, L.A. / Gorton, R. / Keenan, R.J.

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2007
タイトル: The molecular basis of glyphosate resistance by an optimized microbial acetyltransferase.
著者: Siehl, D.L. / Castle, L.A. / Gorton, R. / Keenan, R.J.

履歴

登録	2007年1月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年2月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2018年12月19日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / citation / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn Item: _atom_site.label_alt_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_alt_id ..._atom_site.label_alt_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_alt_id / _citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 2.1	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2jdd.cif.gz	80.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2jdd.ent.gz	58.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2jdd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2jdd_validation.pdf.gz	721 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2jdd_full_validation.pdf.gz	721.3 KB	表示
XML形式データ	2jdd_validation.xml.gz	9.5 KB	表示
CIF形式データ	2jdd_validation.cif.gz	12.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jd/2jdd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jd/2jdd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2jdcC 2bswS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6gjp-d 2jdc-d 5noy-d 6gjl-d 6gjj-d 1koe-d 4n1p-d 4azz-2 4in9-d 4cyh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (4) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (4)

登録構造単位

A: GLYPHOSATE N-ACETYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

17.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.828, 48.448, 46.798
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.57, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2004- HOH
2	1	A-2011- HOH

#1: タンパク質	GLYPHOSATE N-ACETYLTRANSFERASE 分子量: 16624.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) BACILLUS LICHENIFORMIS (バクテリア) 解説: THE ENZYME IS A SHUFFLED VARIANT DERIVED FROM GENES DISCOVERED IN B. LICHENIFORMIS プラスミド: PQE80 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1 / 参照: UniProt: Q65LG7*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P²-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略) 分子量: 809.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ*: 合成 / 式: C₂₃H₃₈N₇O₁₇P₃S
#3: 化合物	ChemComp-3PG / 3-PHOSPHOGLYCERIC ACID / 3-ホスホグリセリン酸分子量: 186.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇O₇P
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE N-TERMINAL METHIONINE RESIDUE IS DISORDERED IN THE ELECTRON DENSITY, AND WAS NOT MODELED. THE ...THE N-TERMINAL METHIONINE RESIDUE IS DISORDERED IN THE ELECTRON DENSITY, AND WAS NOT MODELED. THE SEQUENCE HAS ACCESSION NUMBER AY597417 IN GENBANK DATABASE

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化	pH: 4.6 詳細: 100 MM SODIUM ACETATE, PH 4.6 150-300 MM AMMONIUM SULFATE 20-25% PEG4000 2 MM ACETYL COA 20 MM D-3-PHOSPHOGLYCERATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.0072
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0072 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→45.6 Å / Num. obs: 19905 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 41.1
反射シェル	解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Mean I/σ(I) obs: 8.3 / % possible all: 89.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 2BSW

2bsw

解像度: 1.6→45.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 2.643 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. A MINOR ACTIVE SITE CONFIGURATION IN WHICH 3PG IS REPLACED BY SO4 AND A WATER MOLECULE WAS MODELED AT 0.3 OCCUPANCY. DISORDERED OR RADIATION ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.193	1014	5.1 %	RANDOM
R_work	0.155	-	-	-
obs	0.157	18899	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.54 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.13 Å²	0 Å²	0.11 Å²
2-	-	-0.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→45.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1161	0	67	129	1357

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	1273
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1133
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.448	2.027	1725
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.776	3	2636
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.049	5	150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.387	22.881	59
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.476	15	219
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.774	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	176
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1386
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	269
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	216
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.198	0.2	1134
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	599
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.083	0.2	704
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	94
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.055	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.304	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.13	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.374	1.5	945
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.401	1.5	303
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.61	2	1163
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.397	3	635
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.078	4.5	559
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.289	3	2922
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	5.577	3	129
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	2.023	3	2377

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.161	84	-
R_work	0.116	1237	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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