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万見
- PDB-2jc4: 3'-5' exonuclease (NExo) from Neisseria Meningitidis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jc4
タイトル3'-5' exonuclease (NExo) from Neisseria Meningitidis
要素EXODEOXYRIBONUCLEASE III
キーワードHYDROLASE / NEISSERIA MENINGITIDIS / REPAIR PHOSPHODIESTERASE / DNA REPAIR / EXONUCLEASE / ENDONUCLEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / exodeoxyribonuclease III / endonuclease activity / DNA repair / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Exodeoxyribonuclease III-like / AP endonuclease 1, binding site / AP endonucleases family 1 signature 1. / AP endonuclease 1 / AP endonucleases family 1 profile. / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily ...Exodeoxyribonuclease III-like / AP endonuclease 1, binding site / AP endonucleases family 1 signature 1. / AP endonuclease 1 / AP endonucleases family 1 profile. / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIHYDROGENPHOSPHATE ION / ACETATE ION / Exodeoxyribonuclease III
類似検索 - 構成要素
生物種NEISSERIA MENINGITIDIS (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Carpenter, E.P. / Corbett, A. / Thomson, H. / Adacha, J. / Jensen, K. / Bergeron, J. / Kasampalidis, I. / Exley, R. / Winterbotham, M. / Tang, C. ...Carpenter, E.P. / Corbett, A. / Thomson, H. / Adacha, J. / Jensen, K. / Bergeron, J. / Kasampalidis, I. / Exley, R. / Winterbotham, M. / Tang, C. / Baldwin, G. / Freemont, P.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2007
タイトル: Ap Endonuclease Paralogues with Distinct Activities in DNA Repair and Bacterial Pathogenesis.
著者: Carpenter, E.P. / Corbett, A. / Thomson, H. / Adacha, J. / Jensen, K. / Bergeron, J. / Kasampalidis, I. / Exley, R. / Winterbotham, M. / Tang, C. / Baldwin, G.S. / Freemont, P.
履歴
登録2006年12月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EXODEOXYRIBONUCLEASE III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6557
ポリマ－29,1901
非ポリマー4656
水5,170287
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)46.193, 58.618, 88.635
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 EXODEOXYRIBONUCLEASE III / NEISSERIA MENINGITIDIS 3'-5' EXONUCLEASE-NEXO


分子量: 29190.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) NEISSERIA MENINGITIDIS (髄膜炎菌)
株: MC58 SEROGROUP B / プラスミド: PPROEX HTB / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: Q9K100, exodeoxyribonuclease III

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非ポリマー , 6種, 293分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-2HP / DIHYDROGENPHOSPHATE ION / りん酸二水素アニオン


分子量: 96.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O4P
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.3 %
結晶化pH: 6.5
詳細: PROTEIN CONCENTRATION 8.7MG/ML BUFFER: 10 MM TRIS, PH 7.0, 100 MM NACL . WELL SOLUTION: 100 MM NA CACODYLATE PH 6 200 MM NA ACETATE, 15 % PEG 8000. THE CRYSTALLISATION PLATES USED WERE ...詳細: PROTEIN CONCENTRATION 8.7MG/ML BUFFER: 10 MM TRIS, PH 7.0, 100 MM NACL . WELL SOLUTION: 100 MM NA CACODYLATE PH 6 200 MM NA ACETATE, 15 % PEG 8000. THE CRYSTALLISATION PLATES USED WERE CORNING ROUND BOTTOM 96 WELL PLATES. THE CRYSTALLISATION DROPS CONSISTED OF 1UL PROTEIN AND 1UL WELL SOLUTION.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.488
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 19164 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 24.5
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 91.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BIX

1bix


解像度: 1.9→19.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 2.953 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.FIVE RESIDUES HAVE UNUSUAL PHI PSI VALUES. THESE ARE RESIDUES SER 10, THR 61, ASN 63, GLU 110 AND HIS 167. THESE RESIDUES FIT THE ELECTRON ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.FIVE RESIDUES HAVE UNUSUAL PHI PSI VALUES. THESE ARE RESIDUES SER 10, THR 61, ASN 63, GLU 110 AND HIS 167. THESE RESIDUES FIT THE ELECTRON DENSITY WELL IN OMIT MAPS AND THEY ARE THOUGHT TO BE THE RESULT OF USUAL BACKBONE CONFORMATIONS. RESIDUES CYS 156 AND CYS 168 FORM A PARTIAL DISULPHIDE BRIDGE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.202 982 5.18 %RAMDOM
Rwork0.152 ---
obs-19112 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 16.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.193 Å20 Å20 Å2
2--0.079 Å20 Å2
3----0.272 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2028 0 28 287 2343
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222160
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5011.9542947
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1765269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.93824.175103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.59415344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1771514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2321
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021669
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.21043
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.21453
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1310.2225
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2130.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1510.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7831.51318
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.37222133
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3283882
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.54.5811
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 7.85→19.96 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.206 13
Rwork0.195 282

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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