PDB-2jbs: Structure of the monooxygenase component of p-hydroxyphenylacetat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2jbs

タイトル

Structure of the monooxygenase component of p-hydroxyphenylacetate hydroxylase from Acinetobacter baumannii

要素

P-HYDROXYPHENYLACETATE HYDROXYLASE C2\:OXYGENASE COMPONENT

キーワード

OXIDOREDUCTASE / FLAVOENZYME HYDROXYLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

4-hydroxyphenylacetate 3-monooxygenase / 4-hydroxyphenylacetate 3-monooxygenase activity / fatty acid beta-oxidation using acyl-CoA dehydrogenase / acyl-CoA dehydrogenase activity / : / flavin adenine dinucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

ACINETOBACTER BAUMANNII (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Alfieri, A. / Mattevi, A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2007
タイトル: Structure of the Monooxygenase Component of a Two-Component Flavoprotein Monooxygenase.
著者: Alfieri, A. / Fersini, F. / Ruangchan, N. / Prongjit, M. / Chaiyen, P. / Mattevi, A.

履歴

登録	2006年12月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2jbs.cif.gz	304 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2jbs.ent.gz	247.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2jbs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2jbs_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2jbs_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	2jbs_validation.xml.gz	56.1 KB	表示
CIF形式データ	2jbs_validation.cif.gz	75.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/2jbs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/2jbs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2jbrC 2jbtC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2jbt-d 3x0y-1 2jbr-d 5xde-d 3x0y-2 5xdc-d 5xdb-d 2rfq-d 6u76-1 6u1v-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: P-HYDROXYPHENYLACETATE HYDROXYLASE C2\:OXYGENASE COMPONENT

B: P-HYDROXYPHENYLACETATE HYDROXYLASE C2\:OXYGENASE COMPONENT

C: P-HYDROXYPHENYLACETATE HYDROXYLASE C2\:OXYGENASE COMPONENT

D: P-HYDROXYPHENYLACETATE HYDROXYLASE C2\:OXYGENASE COMPONENT

ヘテロ分子

190 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.316, 183.425, 284.368
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	24 - 33
2	1	1	1	B	24 - 33
3	1	1	1	C	24 - 33
4	1	1	1	D	24 - 33
1	2	1	1	A	39 - 185
2	2	1	1	B	39 - 185
3	2	1	1	C	39 - 185
4	2	1	1	D	39 - 185
1	3	1	1	A	192 - 292
2	3	1	1	B	192 - 292
3	3	1	1	C	192 - 292
4	3	1	1	D	192 - 292
1	4	1	1	A	301 - 500
2	4	1	1	B	301 - 500
3	4	1	1	C	301 - 500
4	4	1	1	D	301 - 500

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.79538, 0.00871, 0.60605), (0.01765, -0.99914, 0.03753), (0.60585, 0.04055, 0.79454)	-2.21232, 64.17273, -0.75061
2	given	(-0.09465, 0.94198, -0.32206), (0.9402, -0.02175, -0.33994), (-0.32722, -0.33497, -0.88359)	-2.48859, 35.83225, 96.1527
3	given	(-0.10276, -0.95274, -0.28588), (-0.95335, 0.01233, 0.30162), (-0.28384, 0.30354, -0.90956)	58.65407, 32.56638, 75.62207

#1: タンパク質	P-HYDROXYPHENYLACETATE HYDROXYLASE C2\:OXYGENASE COMPONENT / P-HYDROXYPHENYLACETATE HYDROXYLASE 分子量: 47002.469 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) ACINETOBACTER BAUMANNII (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q6Q272
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.37 %
結晶化	pH: 6.8 / 詳細: pH 6.80

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 1
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 60763 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 12.3
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.8→54.23 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.922 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.878 / SU B: 49.484 / SU ML: 0.411 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.808 / ESU R Free: 0.37 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.287	634	1 %	RANDOM
R_work	0.251	-	-	-
obs	0.251	60109	99.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 82.43 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.95 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.66 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→54.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12500	0	124	0	12624

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	12920
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.389	1.958	17502
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.09	5	1594
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.892	23.81	588
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.444	15	2152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.864	15	80
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	1872
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	9848
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	6187
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.32	0.2	8989
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	393
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.31	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.269	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.411	1.5	8089
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.602	2	12702
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.925	3	5606
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.455	4.5	4800
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3017 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	tight positional	0.05	0.05
2	B	tight positional	0.05	0.05
3	C	tight positional	0.05	0.05
4	D	tight positional	0.05	0.05
1	A	tight thermal	0.1	0.5
2	B	tight thermal	0.1	0.5
3	C	tight thermal	0.09	0.5
4	D	tight thermal	0.1	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.376	49
R_work	0.346	4324

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1057	-0.1347	-1.3053	1.287	-0.5504	3.8604	0.0368	0.5635	-0.1964	-0.3365	0.0863	0.1469	0.5549	0.1046	-0.1231	-0.3097	-0.0608	-0.1867	0.0116	-0.0838	-0.3221	25.6234	26.0311	19.1735
2	3.0703	0.1265	0.8477	2.6271	0.2222	2.6881	0.1742	0.2162	0.3786	-0.0723	0.1956	1.4537	-0.1823	-1.2691	-0.3698	-0.4428	-0.0191	-0.1474	0.5783	0.3178	0.4999	-10.7511	39.3392	31.0743
3	1.4221	0.2586	0.9043	4.3218	0.7191	2.4346	0.006	-0.1119	0.3734	0.8672	-0.0309	0.6219	-0.6225	-0.5288	0.0249	0.0415	0.0537	0.261	-0.2425	-0.0281	-0.1024	13.4354	52.8518	62.1167
4	0.9259	0.0476	-0.4192	3.5547	-1.2322	3.2283	0.0749	0.0004	-0.243	0.5706	0.0037	-0.1139	0.7671	0.1688	-0.0786	-0.0339	-0.0732	-0.1265	-0.3662	-0.0201	-0.2512	25.7417	14.2422	58.8251

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	24 - 422
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	24 - 422
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	24 - 422
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	24 - 422

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)