PDB-2rfq: Crystal structure of 3-HSA hydroxylase from Rhodococcus sp. RHA1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2rfq

タイトル

Crystal structure of 3-HSA hydroxylase from Rhodococcus sp. RHA1

要素

3-HSA hydroxylase, oxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / 3-HSA hydroxylase / Rhodococcus sp. RHA1 / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

3-hydroxy-9,10-secoandrosta-1,3,5(10)-triene-9,17-dione monooxygenase / 3-hydroxy-9,10-secoandrosta-1,3,5(10)-triene-9,17-dione monooxygenase activity / fatty acid beta-oxidation using acyl-CoA dehydrogenase / acyl-CoA dehydrogenase activity / steroid biosynthetic process / flavin adenine dinucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodococcus sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Chang, C. / Skarina, T. / Kagan, O. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of 3-HSA hydroxylase, oxygenase from Rhodococcus sp. RHA1.
著者: Chang, C. / Skarina, T. / Kagan, O. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2007年10月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2rfq.cif.gz	348 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2rfq.ent.gz	282.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2rfq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/2rfq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/2rfq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6u76-1 3d6b-d 4zxv-d 3gnc-d 5xde-d 3x0y-2 3mxl-d 4zyj-d 5xdc-d 3afe-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC7368

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 3-HSA hydroxylase, oxygenase

B: 3-HSA hydroxylase, oxygenase

C: 3-HSA hydroxylase, oxygenase

D: 3-HSA hydroxylase, oxygenase

ヘテロ分子

177 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.283, 76.137, 80.881
Angle α, β, γ (deg.)	83.78, 75.95, 89.99
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	3-HSA hydroxylase, oxygenase 分子量: 43591.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus sp. (バクテリア) / 株: RHA1 / 遺伝子: hsaA, RHA1_ro04539 / プラスミド: pET derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) derivative / 参照: UniProt: Q0S811
#2: 化合物	ChemComp-1PS / 3-PYRIDINIUM-1-YLPROPANE-1-SULFONATE / 1-(3-SULFOPROPYL) PYRIDINIUM / PPS 分子量: 201.243 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₁NO₃S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1798 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.7 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M NaCl, 0.1M Hepes pH 7.5, 25% PEG 3350, 0.3M PPS, 2mM L-Cysteine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月3日
放射	モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→50 Å / Num. all: 202431 / Num. obs: 196906 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 15.852 Å² / R_merge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 24.75
反射シェル	解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.334 / Mean I/σ(I) obs: 3.31 / Num. unique all: 19163 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.65→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 2.547 / SU ML: 0.045 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17127	9923	5 %	RANDOM
R_work	0.14615	-	-	-
all	0.14741	186903	-	-
obs	0.14741	186903	97.21 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.541 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3 Å²	-0.13 Å²	0.24 Å²
2-	-	-0.38 Å²	0.09 Å²
3-	-	-	-0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11824	0	156	1798	13778

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	12451
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.272	1.937	17007
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.963	5	1591
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.462	23.221	596
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.18	15	1873
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.552	15	109
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	1837
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	9805
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	6825
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.309	0.2	8676
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	1438
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.236	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.117	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.754	1.5	7862
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.06	2	12409
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.01	3	5235
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.037	4.5	4567
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.65→1.69 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.246	656	-
R_work	0.187	13394	-
obs	-	-	94.51 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0773	-0.0563	0.3589	0.5801	-0.142	0.5283	-0.0161	-0.0219	0.0525	0.0461	-0.0354	-0.0384	-0.0087	0.0916	0.0514	-0.0374	0.0012	-0.0017	-0.0217	-0.0075	-0.0465	34.657	17.0716	68.2523
2	0.3855	0.0057	0.1265	0.3609	-0.0713	0.4323	-0.05	-0.0347	-0.0052	0.0298	0.0099	-0.0105	-0.0107	0.0229	0.0402	-0.0152	0.0057	0.0089	-0.0356	-0.0016	-0.0235	19.1851	1.6245	61.3323
3	1.0069	0.0753	0.2777	0.5816	0.2228	0.5897	-0.0011	0.0327	0.0548	-0.0552	-0.0207	0.0629	-0.0328	-0.1339	0.0218	-0.028	0.003	-0.0158	-0.0124	0.0194	-0.0391	-6.4626	18.8169	31.5133
4	0.5483	0.0922	0.0711	0.3833	0.0452	0.4421	-0.0521	0.0408	-0.0013	-0.0259	0.0177	0.0474	-0.0267	-0.0298	0.0344	-0.0182	-0.0124	-0.001	-0.0349	-0.0006	-0.0327	8.4287	2.6734	36.9669
5	0.6283	-0.1653	-0.4629	0.66	0.0518	0.8923	-0.0207	0.0247	0.0104	-0.0809	0.0018	-0.0064	0.0707	0.0492	0.019	-0.0114	0.0003	0.0002	-0.0327	-0.0102	-0.0466	22.9579	-30.665	22.0993
6	0.2421	0.0039	-0.1042	0.4769	0.0163	0.5497	-0.0172	0.0229	0.0056	-0.0253	-0.0044	-0.0287	0.0606	0.0367	0.0216	-0.0188	-0.007	-0.0074	-0.0348	0.0022	-0.0222	14.068	-14.9168	34.5294
7	0.6204	-0.1393	-0.4824	0.9004	0.2452	0.791	-0.0581	-0.0499	-0.035	0.0696	0.0271	0.0936	0.0657	-0.0522	0.0309	-0.0217	0.012	0.0134	-0.0385	0.0168	-0.0376	4.4652	-32.3212	73.9501
8	0.2291	0.0064	-0.0091	0.3661	-0.0285	0.4493	-0.0394	-0.0383	0.0251	0.0324	0.0206	0.0051	0.0774	-0.0276	0.0188	-0.0153	0.0036	0.0094	-0.0371	-0.0041	-0.0081	13.7048	-15.9659	62.6401

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	4 - 227	7 - 230
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	228 - 391	231 - 394
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	3 - 227	6 - 230
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	228 - 391	231 - 394
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	C	4 - 227	7 - 230
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	C	228 - 391	231 - 394
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	D	4 - 227	7 - 230
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	D	228 - 391	231 - 394

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