PDB-2jbm: QPRTASE STRUCTURE FROM HUMAN

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2jbm

タイトル

QPRTASE STRUCTURE FROM HUMAN

要素

NICOTINATE-NUCLEOTIDE PYROPHOSPHORYLASE

キーワード

TRANSFERASE / NAD / ENZYME / METABOLISM / POLYMORPHISM / GLYCOSYLTRANSFERASE / PYRIDINE NUCLEOTIDE BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

quinolinate catabolic process / nicotinate-nucleotide diphosphorylase (carboxylating) / nicotinate-nucleotide diphosphorylase (carboxylating) activity / Nicotinate metabolism / NAD metabolic process / NAD biosynthetic process / catalytic complex / extracellular exosome / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Liu, H. / Naismith, J.H.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural and Kinetic Characterization of Quinolinate Phosphoribosyltransferase (Hqprtase) from Homo Sapiens.
著者: Liu, H. / Woznica, K. / Catton, G. / Crawford, A. / Bottinf, N. / Naismith, J.H.

履歴

登録	2006年12月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb2jbm.ent.gz	554.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	2jbm_full_validation.pdf.gz	497.5 KB	表示
XML形式データ	2jbm_validation.xml.gz	68.7 KB	表示
CIF形式データ	2jbm_validation.cif.gz	112.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/2jbm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/2jbm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5ayy-2 5ayy-1 1x1o-1 4i9a-1 5ayz-2 5ayx-d 2b7n-1 5huo-1 4kwv-d 2b7p-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NICOTINATE-NUCLEOTIDE PYROPHOSPHORYLASE

B: NICOTINATE-NUCLEOTIDE PYROPHOSPHORYLASE

C: NICOTINATE-NUCLEOTIDE PYROPHOSPHORYLASE

D: NICOTINATE-NUCLEOTIDE PYROPHOSPHORYLASE

E: NICOTINATE-NUCLEOTIDE PYROPHOSPHORYLASE

F: NICOTINATE-NUCLEOTIDE PYROPHOSPHORYLASE

G: NICOTINATE-NUCLEOTIDE PYROPHOSPHORYLASE

H: NICOTINATE-NUCLEOTIDE PYROPHOSPHORYLASE

I: NICOTINATE-NUCLEOTIDE PYROPHOSPHORYLASE

J: NICOTINATE-NUCLEOTIDE PYROPHOSPHORYLASE

K: NICOTINATE-NUCLEOTIDE PYROPHOSPHORYLASE

L: NICOTINATE-NUCLEOTIDE PYROPHOSPHORYLASE

ヘテロ分子

373 kDa, 12 ポリマー
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1

A: NICOTINATE-NUCLEOTIDE PYROPHOSPHORYLASE

B: NICOTINATE-NUCLEOTIDE PYROPHOSPHORYLASE

C: NICOTINATE-NUCLEOTIDE PYROPHOSPHORYLASE

D: NICOTINATE-NUCLEOTIDE PYROPHOSPHORYLASE

E: NICOTINATE-NUCLEOTIDE PYROPHOSPHORYLASE

F: NICOTINATE-NUCLEOTIDE PYROPHOSPHORYLASE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
187 kDa, 6 ポリマー
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2

G: NICOTINATE-NUCLEOTIDE PYROPHOSPHORYLASE

H: NICOTINATE-NUCLEOTIDE PYROPHOSPHORYLASE

I: NICOTINATE-NUCLEOTIDE PYROPHOSPHORYLASE

J: NICOTINATE-NUCLEOTIDE PYROPHOSPHORYLASE

K: NICOTINATE-NUCLEOTIDE PYROPHOSPHORYLASE

L: NICOTINATE-NUCLEOTIDE PYROPHOSPHORYLASE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
187 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	110.925, 179.288, 194.555
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	GLY	GLY	1	A	A	4 - 80	4 - 80
2	1	ASP	ASP	GLY	GLY	1	B	B	4 - 80	4 - 80
3	1	ASP	ASP	GLY	GLY	1	C	C	4 - 80	4 - 80
4	1	ASP	ASP	GLY	GLY	1	D	D	4 - 80	4 - 80
5	1	ASP	ASP	GLY	GLY	1	E	E	4 - 80	4 - 80
6	1	ASP	ASP	GLY	GLY	1	F	F	4 - 80	4 - 80
7	1	ASP	ASP	GLY	GLY	1	G	G	4 - 80	4 - 80
8	1	ASP	ASP	GLY	GLY	1	H	H	4 - 80	4 - 80
9	1	ASP	ASP	GLY	GLY	1	I	I	4 - 80	4 - 80
10	1	ASP	ASP	GLY	GLY	1	J	J	4 - 80	4 - 80
11	1	ASP	ASP	GLY	GLY	1	K	K	4 - 80	4 - 80
12	1	ASP	ASP	GLY	GLY	1	L	L	4 - 80	4 - 80
1	2	SER	SER	ALA	ALA	4	A	A	81 - 96	81 - 96
2	2	SER	SER	ALA	ALA	4	B	B	81 - 96	81 - 96
3	2	SER	SER	ALA	ALA	4	C	C	81 - 96	81 - 96
4	2	SER	SER	ALA	ALA	4	D	D	81 - 96	81 - 96
5	2	SER	SER	ALA	ALA	4	E	E	81 - 96	81 - 96
6	2	SER	SER	ALA	ALA	4	F	F	81 - 96	81 - 96
7	2	SER	SER	ALA	ALA	4	G	G	81 - 96	81 - 96
8	2	SER	SER	ALA	ALA	4	H	H	81 - 96	81 - 96
9	2	SER	SER	ALA	ALA	4	I	I	81 - 96	81 - 96
10	2	SER	SER	ALA	ALA	4	J	J	81 - 96	81 - 96
11	2	SER	SER	ALA	ALA	4	K	K	81 - 96	81 - 96
12	2	SER	SER	ALA	ALA	4	L	L	81 - 96	81 - 96
1	3	HIS	HIS	ASP	ASP	1	A	A	97 - 165	97 - 165
2	3	HIS	HIS	ASP	ASP	1	B	B	97 - 165	97 - 165
3	3	HIS	HIS	ASP	ASP	1	C	C	97 - 165	97 - 165
4	3	HIS	HIS	ASP	ASP	1	D	D	97 - 165	97 - 165
5	3	HIS	HIS	ASP	ASP	1	E	E	97 - 165	97 - 165
6	3	HIS	HIS	ASP	ASP	1	F	F	97 - 165	97 - 165
7	3	HIS	HIS	ASP	ASP	1	G	G	97 - 165	97 - 165
8	3	HIS	HIS	ASP	ASP	1	H	H	97 - 165	97 - 165
9	3	HIS	HIS	ASP	ASP	1	I	I	97 - 165	97 - 165
10	3	HIS	HIS	ASP	ASP	1	J	J	97 - 165	97 - 165
11	3	HIS	HIS	ASP	ASP	1	K	K	97 - 165	97 - 165
12	3	HIS	HIS	ASP	ASP	1	L	L	97 - 165	97 - 165
1	4	LEU	LEU	HIS	HIS	4	A	A	166 - 176	166 - 176
2	4	LEU	LEU	HIS	HIS	4	B	B	166 - 176	166 - 176
3	4	LEU	LEU	HIS	HIS	4	C	C	166 - 176	166 - 176
4	4	LEU	LEU	HIS	HIS	4	D	D	166 - 176	166 - 176
5	4	LEU	LEU	HIS	HIS	4	E	E	166 - 176	166 - 176
6	4	LEU	LEU	HIS	HIS	4	F	F	166 - 176	166 - 176
7	4	LEU	LEU	HIS	HIS	4	G	G	166 - 176	166 - 176
8	4	LEU	LEU	HIS	HIS	4	H	H	166 - 176	166 - 176
9	4	LEU	LEU	HIS	HIS	4	I	I	166 - 176	166 - 176
10	4	LEU	LEU	HIS	HIS	4	J	J	166 - 176	166 - 176
11	4	LEU	LEU	HIS	HIS	4	K	K	166 - 176	166 - 176
12	4	LEU	LEU	HIS	HIS	4	L	L	166 - 176	166 - 176
1	5	VAL	VAL	ASP	ASP	2	A	A	177 - 195	177 - 195
2	5	VAL	VAL	ASP	ASP	2	B	B	177 - 195	177 - 195
3	5	VAL	VAL	ASP	ASP	2	C	C	177 - 195	177 - 195
4	5	VAL	VAL	ASP	ASP	2	D	D	177 - 195	177 - 195
5	5	VAL	VAL	ASP	ASP	2	E	E	177 - 195	177 - 195
6	5	VAL	VAL	ASP	ASP	2	F	F	177 - 195	177 - 195
7	5	VAL	VAL	ASP	ASP	2	G	G	177 - 195	177 - 195
8	5	VAL	VAL	ASP	ASP	2	H	H	177 - 195	177 - 195
9	5	VAL	VAL	ASP	ASP	2	I	I	177 - 195	177 - 195
10	5	VAL	VAL	ASP	ASP	2	J	J	177 - 195	177 - 195
11	5	VAL	VAL	ASP	ASP	2	K	K	177 - 195	177 - 195
12	5	VAL	VAL	ASP	ASP	2	L	L	177 - 195	177 - 195
1	6	PHE	PHE	GLU	GLU	1	A	A	196 - 203	196 - 203
2	6	PHE	PHE	GLU	GLU	1	B	B	196 - 203	196 - 203
3	6	PHE	PHE	GLU	GLU	1	C	C	196 - 203	196 - 203
4	6	PHE	PHE	GLU	GLU	1	D	D	196 - 203	196 - 203
5	6	PHE	PHE	GLU	GLU	1	E	E	196 - 203	196 - 203
6	6	PHE	PHE	GLU	GLU	1	F	F	196 - 203	196 - 203
7	6	PHE	PHE	GLU	GLU	1	G	G	196 - 203	196 - 203
8	6	PHE	PHE	GLU	GLU	1	H	H	196 - 203	196 - 203
9	6	PHE	PHE	GLU	GLU	1	I	I	196 - 203	196 - 203
10	6	PHE	PHE	GLU	GLU	1	J	J	196 - 203	196 - 203
11	6	PHE	PHE	GLU	GLU	1	K	K	196 - 203	196 - 203
12	6	PHE	PHE	GLU	GLU	1	L	L	196 - 203	196 - 203
1	7	CYS	CYS	ALA	ALA	4	A	A	204 - 216	204 - 216
2	7	CYS	CYS	ALA	ALA	4	B	B	204 - 216	204 - 216
3	7	CYS	CYS	ALA	ALA	4	C	C	204 - 216	204 - 216
4	7	CYS	CYS	ALA	ALA	4	D	D	204 - 216	204 - 216
5	7	CYS	CYS	ALA	ALA	4	E	E	204 - 216	204 - 216
6	7	CYS	CYS	ALA	ALA	4	F	F	204 - 216	204 - 216
7	7	CYS	CYS	ALA	ALA	4	G	G	204 - 216	204 - 216
8	7	CYS	CYS	ALA	ALA	4	H	H	204 - 216	204 - 216
9	7	CYS	CYS	ALA	ALA	4	I	I	204 - 216	204 - 216
10	7	CYS	CYS	ALA	ALA	4	J	J	204 - 216	204 - 216
11	7	CYS	CYS	ALA	ALA	4	K	K	204 - 216	204 - 216
12	7	CYS	CYS	ALA	ALA	4	L	L	204 - 216	204 - 216
1	8	ALA	ALA	THR	THR	1	A	A	218 - 236	218 - 236
2	8	ALA	ALA	THR	THR	1	B	B	218 - 236	218 - 236
3	8	ALA	ALA	THR	THR	1	C	C	218 - 236	218 - 236
4	8	ALA	ALA	THR	THR	1	D	D	218 - 236	218 - 236
5	8	ALA	ALA	THR	THR	1	E	E	218 - 236	218 - 236
6	8	ALA	ALA	THR	THR	1	F	F	218 - 236	218 - 236
7	8	ALA	ALA	THR	THR	1	G	G	218 - 236	218 - 236
8	8	ALA	ALA	THR	THR	1	H	H	218 - 236	218 - 236
9	8	ALA	ALA	THR	THR	1	I	I	218 - 236	218 - 236
10	8	ALA	ALA	THR	THR	1	J	J	218 - 236	218 - 236
11	8	ALA	ALA	THR	THR	1	K	K	218 - 236	218 - 236
12	8	ALA	ALA	THR	THR	1	L	L	218 - 236	218 - 236
1	9	VAL	VAL	ALA	ALA	4	A	A	237 - 246	237 - 246
2	9	VAL	VAL	ALA	ALA	4	B	B	237 - 246	237 - 246
3	9	VAL	VAL	ALA	ALA	4	C	C	237 - 246	237 - 246
4	9	VAL	VAL	ALA	ALA	4	D	D	237 - 246	237 - 246
5	9	VAL	VAL	ALA	ALA	4	E	E	237 - 246	237 - 246
6	9	VAL	VAL	ALA	ALA	4	F	F	237 - 246	237 - 246
7	9	VAL	VAL	ALA	ALA	4	G	G	237 - 246	237 - 246
8	9	VAL	VAL	ALA	ALA	4	H	H	237 - 246	237 - 246
9	9	VAL	VAL	ALA	ALA	4	I	I	237 - 246	237 - 246
10	9	VAL	VAL	ALA	ALA	4	J	J	237 - 246	237 - 246
11	9	VAL	VAL	ALA	ALA	4	K	K	237 - 246	237 - 246
12	9	VAL	VAL	ALA	ALA	4	L	L	237 - 246	237 - 246
1	10	VAL	VAL	LYS	LYS	1	A	A	247 - 286	247 - 286
2	10	VAL	VAL	LYS	LYS	1	B	B	247 - 286	247 - 286
3	10	VAL	VAL	LYS	LYS	1	C	C	247 - 286	247 - 286
4	10	VAL	VAL	LYS	LYS	1	D	D	247 - 286	247 - 286
5	10	VAL	VAL	LYS	LYS	1	E	E	247 - 286	247 - 286
6	10	VAL	VAL	LYS	LYS	1	F	F	247 - 286	247 - 286
7	10	VAL	VAL	LYS	LYS	1	G	G	247 - 286	247 - 286
8	10	VAL	VAL	LYS	LYS	1	H	H	247 - 286	247 - 286
9	10	VAL	VAL	LYS	LYS	1	I	I	247 - 286	247 - 286
10	10	VAL	VAL	LYS	LYS	1	J	J	247 - 286	247 - 286
11	10	VAL	VAL	LYS	LYS	1	K	K	247 - 286	247 - 286
12	10	VAL	VAL	LYS	LYS	1	L	L	247 - 286	247 - 286

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

#1: タンパク質	NICOTINATE-NUCLEOTIDE PYROPHOSPHORYLASE / QUINOLINATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE / QAPRTASE / QPRTASE 分子量: 30973.639 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: Q15274, nicotinate-nucleotide diphosphorylase (carboxylating)
#2: 化合物	ChemComp-SRT / S,R MESO-TARTARIC ACID / meso-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3040 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	EXTRA GLY AND ALA AT N-TERM DUE TO CLONING, NOT SEEN IN STRUCTURE OUR SEQUENCE MATCHES GI17511917GB ...EXTRA GLY AND ALA AT N-TERM DUE TO CLONING, NOT SEEN IN STRUCTURE OUR SEQUENCE MATCHES GI17511917GB AAH18910.1 QUINOLINATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE (NICOTINATE- NUCLEOTIDE PYROPHOSPHORYLASE (CARBOXYLATING)) BUT THERE ARE OTHER HUMAN SEQUENCES IN DATABASE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.41 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.61→60.86 Å / Num. obs: 261406 / % possible obs: 86.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.5 / % possible all: 51.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2→60.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 7.078 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.189 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. TLS WAS USED, TLS PARAMS DEPOSITED AS STAND ALONE FILE NCS WAS RESTRAINED. SOME SUBUNITS HAVE DISORDERED TERMINII

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.208	11709	5 %	RANDOM
R_work	0.176	-	-	-
obs	0.177	221274	89.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 8.53 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.41 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.32 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→60.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25036	0	120	3040	28196

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	25660
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.211	1.975	34984
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.851	5	3422
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.816	24.128	940
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Refine LS restraints NCS

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3	8	H	495	tight thermal	0.08	0.5
3	9	I	495	tight thermal	0.12	0.5
3	10	J	495	tight thermal	0.12	0.5
3	11	K	495	tight thermal	0.11	0.5
3	12	L	495	tight thermal	0.08	0.5
5	1	A	76	tight thermal	0.19	0.5
5	2	B	76	tight thermal	0.11	0.5
5	3	C	76	tight thermal	0.12	0.5
5	4	D	76	tight thermal	0.08	0.5
5	5	E	76	tight thermal	0.09	0.5
5	6	F	76	tight thermal	0.1	0.5
5	7	G	76	tight thermal	0.08	0.5
5	8	H	76	tight thermal	0.06	0.5
5	9	I	76	tight thermal	0.09	0.5
5	10	J	76	tight thermal	0.07	0.5
5	11	K	76	tight thermal	0.07	0.5
5	12	L	76	tight thermal	0.07	0.5
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6	2	B	65	tight thermal	0.12	0.5
6	3	C	65	tight thermal	0.11	0.5
6	4	D	65	tight thermal	0.1	0.5
6	5	E	65	tight thermal	0.11	0.5
6	6	F	65	tight thermal	0.13	0.5
6	7	G	65	tight thermal	0.07	0.5
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6	9	I	65	tight thermal	0.1	0.5
6	10	J	65	tight thermal	0.09	0.5
6	11	K	65	tight thermal	0.08	0.5
6	12	L	65	tight thermal	0.09	0.5
8	1	A	149	tight thermal	0.15	0.5
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8	5	E	149	tight thermal	0.08	0.5
8	6	F	149	tight thermal	0.1	0.5
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8	8	H	149	tight thermal	0.06	0.5
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8	10	J	149	tight thermal	0.07	0.5
8	11	K	149	tight thermal	0.07	0.5
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10	1	A	289	tight thermal	0.17	0.5
10	2	B	289	tight thermal	0.11	0.5
10	3	C	289	tight thermal	0.1	0.5
10	4	D	289	tight thermal	0.1	0.5
10	5	E	289	tight thermal	0.09	0.5
10	6	F	289	tight thermal	0.1	0.5
10	7	G	289	tight thermal	0.08	0.5
10	8	H	289	tight thermal	0.08	0.5
10	9	I	289	tight thermal	0.1	0.5
10	10	J	289	tight thermal	0.1	0.5
10	11	K	289	tight thermal	0.08	0.5
10	12	L	289	tight thermal	0.08	0.5
2	1	A	115	medium thermal	1.34	2
2	2	B	115	medium thermal	1.42	2
2	3	C	115	medium thermal	0.72	2
2	4	D	115	medium thermal	0.71	2
2	5	E	115	medium thermal	1.03	2
2	6	F	115	medium thermal	0.67	2
2	7	G	115	medium thermal	0.44	2
2	8	H	115	medium thermal	0.49	2
2	9	I	115	medium thermal	0.72	2
2	10	J	115	medium thermal	1.16	2
2	11	K	115	medium thermal	0.64	2
2	12	L	115	medium thermal	0.66	2
4	1	A	81	medium thermal	1.17	2
4	2	B	81	medium thermal	0.63	2
4	3	C	81	medium thermal	0.65	2
4	4	D	81	medium thermal	0.71	2
4	5	E	81	medium thermal	0.44	2
4	6	F	81	medium thermal	0.67	2
4	7	G	81	medium thermal	0.68	2
4	8	H	81	medium thermal	0.76	2
4	9	I	81	medium thermal	0.55	2
4	10	J	81	medium thermal	0.62	2
4	11	K	81	medium thermal	0.77	2
4	12	L	81	medium thermal	0.79	2
5	1	A	52	medium thermal	1.05	2
5	2	B	52	medium thermal	0.57	2
5	3	C	52	medium thermal	0.66	2
5	4	D	52	medium thermal	0.7	2
5	5	E	52	medium thermal	0.68	2
5	6	F	52	medium thermal	0.88	2
5	7	G	52	medium thermal	0.48	2
5	8	H	52	medium thermal	0.77	2
5	9	I	52	medium thermal	0.62	2
5	10	J	52	medium thermal	0.5	2
5	11	K	52	medium thermal	0.65	2
5	12	L	52	medium thermal	0.82	2
7	1	A	89	medium thermal	2.17	2
7	2	B	89	medium thermal	1.26	2
7	3	C	89	medium thermal	1.18	2
7	4	D	89	medium thermal	0.73	2
7	5	E	89	medium thermal	0.97	2
7	6	F	89	medium thermal	1.85	2
7	7	G	89	medium thermal	0.55	2
7	8	H	89	medium thermal	0.61	2
7	9	I	89	medium thermal	0.77	2
7	10	J	89	medium thermal	1.5	2
7	11	K	89	medium thermal	0.51	2
7	12	L	89	medium thermal	0.41	2
9	1	A	74	medium thermal	0.8	2
9	2	B	74	medium thermal	0.64	2
9	3	C	74	medium thermal	0.61	2
9	4	D	74	medium thermal	0.7	2
9	5	E	74	medium thermal	0.5	2
9	6	F	74	medium thermal	0.83	2
9	7	G	74	medium thermal	0.73	2
9	8	H	74	medium thermal	0.5	2
9	9	I	74	medium thermal	0.43	2
9	10	J	74	medium thermal	0.47	2
9	11	K	74	medium thermal	0.58	2
9	12	L	74	medium thermal	0.42	2

LS精密化シェル

解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.269	631
R_work	0.227	12362

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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万見について

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)