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万見
- PDB-2jaw: Crystal structure of D41N variant of human mitochondrial 5'(3')- ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jaw
タイトルCrystal structure of D41N variant of human mitochondrial 5'(3')- deoxyribonucleotidase (mdN) in complex with 5-bromovinyldeoxyuridine 5'-monophosphate
要素5'(3')-DEOXYRIBONUCLEOTIDASE
キーワードHYDROLASE / TRANSIT PEPTIDE / NUCLEOTIDE-BINDING / MITOCHONDRIAL / METAL-BINDING / ALFA BETA FOLD / NUCLEOTIDE- BINDING / NUCLEOTIDE METABOLISM / MAGNESIUM / MITOCHONDRION
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrimidine deoxyribonucleotide catabolic process / nucleotidase activity / dUMP catabolic process / Pyrimidine catabolism / 5'-nucleotidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / DNA replication / mitochondrial matrix / nucleotide binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
5'(3')-deoxyribonucleotidase / 5' nucleotidase, deoxy (Pyrimidine), cytosolic type C protein (NT5C) / Deoxyribonucleotidase; domain 2 / Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1 / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich ...5'(3')-deoxyribonucleotidase / 5' nucleotidase, deoxy (Pyrimidine), cytosolic type C protein (NT5C) / Deoxyribonucleotidase; domain 2 / Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1 / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BVP / 5'(3')-deoxyribonucleotidase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Wallden, K. / Ruzzenente, B. / Bianchi, V. / Nordlund, P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Crystal Structures of Human and Murine Deoxyribonucleotidases: Insights Into Recognition of Substrates and Nucleotide Analogues.
著者: Wallden, K. / Rinaldo-Matthis, A. / Ruzzenente, B. / Rampazzo, C. / Bianchi, V. / Nordlund, P.
履歴
登録2006年11月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42019年2月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: diffrn_source / exptl_crystal_grow
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.62019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.72024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'(3')-DEOXYRIBONUCLEOTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3024
ポリマ－22,8401
非ポリマー4623
水3,099172
1
A: 5'(3')-DEOXYRIBONUCLEOTIDASE
ヘテロ分子

A: 5'(3')-DEOXYRIBONUCLEOTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6048
ポリマ－45,6802
非ポリマー9236
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area2610 Å2
ΔGint-18.7 kcal/mol
Surface area21550 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)73.604, 73.604, 106.374
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 5'(3')-DEOXYRIBONUCLEOTIDASE / 5' / 3'-NUCLEOTIDASE / MITOCHONDRIAL / MITOCHONDRIAL DEOXYRIBONUCLEOTIDASE / DEOXY-5'-NUCLEOTIDASE 2 / DNT-2


分子量: 22840.135 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 32-228 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS
参照: UniProt: Q9NPB1, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-BVP / (E)-5-(2-BROMOVINYL)-2'-DEOXYURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / BVDU-MP / BVdUMP


タイプ: DNA linking / 分子量: 413.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H14BrN2O8P
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 41 TO ASN
配列の詳細MIRLGGWCARRLCSAAVPAGRRGAAGGLGLAGGRALRVLVDMDGVLADFEGGFLRKFRAR FPDQPFIA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.6 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 20% PEG8000, 0.050 M POTASSIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE, PH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8115
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8115 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→40 Å / Num. obs: 21939 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→60.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 2.717 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 1122 5.1 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.187 2079 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.23 Å20 Å20 Å2
2---0.23 Å20 Å2
3---0.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→60.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1599 0 25 172 1796
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0221676
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4261.9762278
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9385193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.49622.89283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.89915275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6641515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2237
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021299
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.2752
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.21142
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1580.2151
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1890.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1260.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.881.51000
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5321580
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.443782
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9034.5698
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.262 85
Rwork0.196 1510

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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