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- PDB-2jao: Crystal structure of D12N variant of mouse cytosolic 5'(3')- deox... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jao
タイトルCrystal structure of D12N variant of mouse cytosolic 5'(3')- deoxyribonucleotidase (cdN) in complex with deoxyguanosine 5'- monophosphate
要素5'(3')-DEOXYRIBONUCLEOTIDASE
キーワードHYDROLASE / NUCLEOTIDE METABOLISM / NUCLEOTIDE-BINDING / ALPHA-BETA FOLD / METAL-BINDING / MAGNESIUM / CYTOSOL
機能・相同性
機能・相同性情報


Purine catabolism / pyrimidine nucleotide binding / Pyrimidine catabolism / dTMP catabolic process / dCMP catabolic process / UMP catabolic process / dUMP catabolic process / dGMP catabolic process / amide catabolic process / : ...Purine catabolism / pyrimidine nucleotide binding / Pyrimidine catabolism / dTMP catabolic process / dCMP catabolic process / UMP catabolic process / dUMP catabolic process / dGMP catabolic process / amide catabolic process / : / IMP catabolic process / deoxyribonucleotide catabolic process / allantoin metabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / 5'-nucleotidase activity / phosphatase activity / mitochondrion / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
5'(3')-deoxyribonucleotidase / 5' nucleotidase, deoxy (Pyrimidine), cytosolic type C protein (NT5C) / Deoxyribonucleotidase; domain 2 / Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1 / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich ...5'(3')-deoxyribonucleotidase / 5' nucleotidase, deoxy (Pyrimidine), cytosolic type C protein (NT5C) / Deoxyribonucleotidase; domain 2 / Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1 / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / 5'(3')-deoxyribonucleotidase, cytosolic type
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wallden, K. / Ruzzenente, B. / Bianchi, V. / Nordlund, P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Crystal Structures of Human and Murine Deoxyribonucleotidases: Insights Into Recognition of Substrates and Nucleotide Analogues.
著者: Wallden, K. / Rinaldo-Matthis, A. / Ruzzenente, B. / Rampazzo, C. / Bianchi, V. / Nordlund, P.
履歴
登録2006年11月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42019年5月15日Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: chem_comp / exptl_crystal_grow ...chem_comp / exptl_crystal_grow / pdbx_struct_special_symmetry / struct_biol
Item: _chem_comp.type / _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'(3')-DEOXYRIBONUCLEOTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5694
ポリマ－23,1051
非ポリマー4643
水3,153175
1
A: 5'(3')-DEOXYRIBONUCLEOTIDASE
ヘテロ分子

A: 5'(3')-DEOXYRIBONUCLEOTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1388
ポリマ－46,2112
非ポリマー9276
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_445-x-1,-y-1,z1
Buried area4690 Å2
ΔGint-48.4 kcal/mol
Surface area18270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.250, 76.250, 85.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2036-

HOH

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要素

#1: タンパク質 5'(3')-DEOXYRIBONUCLEOTIDASE / CYTOSOLIC TYPE / CYTOSOLIC 5' / 3'-PYRIMIDINE NUCLEOTIDASE / DEOXY-5'-NUCLEOTIDASE 1 / DNT-1 / ...CYTOSOLIC TYPE / CYTOSOLIC 5' / 3'-PYRIMIDINE NUCLEOTIDASE / DEOXY-5'-NUCLEOTIDASE 1 / DNT-1 / CYTOSOLIC DEOXYRIBONUCLEOTIDASE


分子量: 23105.482 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS
参照: UniProt: Q9JM14, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-DGP / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / dGMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 12 TO ASN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.1 % / 解説: NONE
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1 M BIS-TRIS PH 5.5, 23-25% PEG3350 AT 6 DEGREES CELSIUS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.141
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.141 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25 Å / Num. obs: 19090 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 20.84
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 5.91 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0032精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→66.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 3.224 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.205 985 5.1 %RANDOM
Rwork0.165 ---
obs0.167 18178 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→66.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1595 0 30 175 1800
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0221717
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.561.9962344
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.975210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.90923.48389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.63515297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4151518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2253
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021327
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.2623
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.21114
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1750.2130
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0420.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.220.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1960.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1291.51055
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.66721638
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4143786
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8184.5698
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 64 -
Rwork0.194 1352 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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