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- PDB-2jai: DDAH1 complexed with citrulline -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jai
タイトルDDAH1 complexed with citrulline
要素NG, NG-DIMETHYLARGININE DIMETHYLAMINOHYDROLASE 1
キーワードHYDROLASE / DDAH / NITRIC OXIDE SYNTHASE INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


dimethylargininase / dimethylargininase activity / citrulline metabolic process / negative regulation of cellular response to hypoxia / arginine metabolic process / regulation of systemic arterial blood pressure / negative regulation of vascular permeability / amino acid binding / catalytic activity / nitric oxide mediated signal transduction ...dimethylargininase / dimethylargininase activity / citrulline metabolic process / negative regulation of cellular response to hypoxia / arginine metabolic process / regulation of systemic arterial blood pressure / negative regulation of vascular permeability / amino acid binding / catalytic activity / nitric oxide mediated signal transduction / L-arginine catabolic process / eNOS activation / nitric oxide metabolic process / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of cell population proliferation / extracellular exosome / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dimethylarginine dimethylaminohydrolase / N,N dimethylarginine dimethylhydrolase, eukaryotic / Arginine deiminase / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / 5-stranded Propeller / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRULLINE / N(G),N(G)-dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Murray-Rust, J. / O'Hara, B.P. / Rossiter, S. / Leiper, J.M. / Vallance, P. / McDonald, N.Q.
引用ジャーナル: Nat. Med. / 年: 2007
タイトル: Disruption of methylarginine metabolism impairs vascular homeostasis.
著者: Leiper, J. / Nandi, M. / Torondel, B. / Murray-Rust, J. / Malaki, M. / O'Hara, B. / Rossiter, S. / Anthony, S. / Madhani, M. / Selwood, D. / Smith, C. / Wojciak-Stothard, B. / Rudiger, A. / ...著者: Leiper, J. / Nandi, M. / Torondel, B. / Murray-Rust, J. / Malaki, M. / O'Hara, B. / Rossiter, S. / Anthony, S. / Madhani, M. / Selwood, D. / Smith, C. / Wojciak-Stothard, B. / Rudiger, A. / Stidwill, R. / McDonald, N.Q. / Vallance, P.
履歴
登録2006年11月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22018年2月28日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / entity_src_gen
Item: _audit_author.name / _citation.journal_abbrev ..._audit_author.name / _citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ncs_dom_lim
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.12024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NG, NG-DIMETHYLARGININE DIMETHYLAMINOHYDROLASE 1
B: NG, NG-DIMETHYLARGININE DIMETHYLAMINOHYDROLASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,9943
ポリマ－63,8182
非ポリマー1751
水2,252125
1
A: NG, NG-DIMETHYLARGININE DIMETHYLAMINOHYDROLASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0842
ポリマ－31,9091
非ポリマー1751
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: NG, NG-DIMETHYLARGININE DIMETHYLAMINOHYDROLASE 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9091
ポリマ－31,9091
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)44.831, 46.799, 147.787
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.64, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 8 - 280 / Label seq-ID: 13 - 285

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.871, -0.043, -0.489), (-0.041, 0.999, -0.015), (0.489, 0.007, -0.872)
ベクター: 50.21154, 27.1546, 56.20957)

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要素

#1: タンパク質 NG, NG-DIMETHYLARGININE DIMETHYLAMINOHYDROLASE 1 / DIMETHYLARGININASE-1 / DIMETHYLARGININE DIMETHYLAMINOHYDROLASE 1 / DDAHI / DDAH-1


分子量: 31909.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX-6P-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: O94760, dimethylargininase
#2: 化合物 ChemComp-CIR / CITRULLINE / シトルリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13N3O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細N-TERMINAL VECTOR-DERIVED SEQUENCE GPLGM IN CHAIN B

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 289 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: PROTEIN: 20MG/ML IN 20MM TRIS-HCL PH 8.0, 150MM NACL, 1MM DTT PRECIPITANT: 50MM TRIS-HCL PH 8.5, 150-300MM SODIUM ACETATE, 20-30% W/V PEG4000, 1MM DTT CO-CRYSTALLISED WITH 10MM LIGAND IN ...詳細: PROTEIN: 20MG/ML IN 20MM TRIS-HCL PH 8.0, 150MM NACL, 1MM DTT PRECIPITANT: 50MM TRIS-HCL PH 8.5, 150-300MM SODIUM ACETATE, 20-30% W/V PEG4000, 1MM DTT CO-CRYSTALLISED WITH 10MM LIGAND IN PRECIPITATING SOLUTION EXPT:SITTING DROPS UNDER MINERAL OIL AT 16DEG C

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→7.27 Å / Num. obs: 25580 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Mean I/σ(I) obs: 8.8 / % possible all: 65.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 12.091 / SU ML: 0.156 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.337 / ESU R Free: 0.253 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 1301 5.1 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.201 24273 92.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.17 Å20 Å2-1.28 Å2
2--0.31 Å20 Å2
3----2.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3901 0 12 125 4038
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0223992
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.521.9795432
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6185539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.42824.184141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.33815609
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7651520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2663
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022961
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.21708
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.22708
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.2214
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2160.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2040.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7121.52778
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.02224287
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.86331336
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7564.51143
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1791 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
loose positional0.295
loose thermal2.1110
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.254 59
Rwork0.163 1101
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.36490.21910.11591.82-0.13472.30590.01680.1234-0.0138-0.06720.0674-0.03220.02570.0436-0.0842-0.32790.00150.0506-0.1889-0.0074-0.120117.098-0.31655.958
21.8111-1.511.90655.6965-2.9839.258-0.03030.2150.1411-0.2901-0.338-0.2812-0.46420.74630.36820.2424-0.2186-0.05850.11680.0841-0.08117.26724.70815.689
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 280
2X-RAY DIFFRACTION2B5 - 280

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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