PDB-2jah: Biochemical and structural analysis of the Clavulanic acid dehyde...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2jah

タイトル

Biochemical and structural analysis of the Clavulanic acid dehydeogenase (CAD) from Streptomyces clavuligerus

要素

CLAVULANIC ACID DEHYDROGENASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE / LACTAMASE INHIBITOR / ANTIBIOTIC BIOSYNTHESIS / NADPH / CLAVULANIC ACID

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

MacKenzie, A.K. / Kershaw, N.J. / Hernandez, H. / Robinson, C.V. / Schofield, C.J. / Andersson, I.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Clavulanic Acid Dehydrogenase: Structural and Biochemical Analysis of the Final Step in the Biosynthesis of the Beta-Lactamase Inhibitor Clavulanic Acid
著者: Mackenzie, A.K. / Kershaw, N.J. / Hernandez, H. / Robinson, C.V. / Schofield, C.J. / Andersson, I.

履歴

登録	2006年11月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年2月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2jah.cif.gz	197.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2jah.ent.gz	169.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2jah.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2jah_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2jah_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	2jah_validation.xml.gz	41.6 KB	表示
CIF形式データ	2jah_validation.cif.gz	58.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/2jah ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/2jah	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2japC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2jap-d 6ci8-1 2aqh-1 6zzp-1 4cql-3 3sj7-1 4nbv-1 2ieb-1 1q7b-d 5itv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CLAVULANIC ACID DEHYDROGENASE

B: CLAVULANIC ACID DEHYDROGENASE

C: CLAVULANIC ACID DEHYDROGENASE

D: CLAVULANIC ACID DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

110 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.748, 122.626, 126.594
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	5	A	3 - 247
2	1	1	5	B	3 - 247
3	1	1	5	C	3 - 247
4	1	1	5	D	3 - 247

#1: タンパク質	CLAVULANIC ACID DEHYDROGENASE 分子量: 26685.359 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア) 株: NRRL3585 / プラスミド: PET24A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9LCV7
#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 494 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.7 % 解説: THE PDB ENTRY 1NFF WAS USED AS A MODEL TO ASSIST BUILDING.
結晶化	pH: 6.5 詳細: 10% PEG 1000, 10% PEG 8000, 0.3 M SODIUM ACETATE, 0.05 M BIS-TRIS BUFFER (PH 6.5)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.934
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月24日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射	モノクロメーター: DIAMOND, GE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→29.92 Å / Num. obs: 82024 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 19.1
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 80.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHELXCD		位相決定
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.8→29.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 5.765 / SU ML: 0.091 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. NO ELECTRON DENSITY COULD BE OBSERVER FOR MET 1

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.209	4118	5 %	RANDOM
R_work	0.182	-	-	-
obs	0.184	77845	95.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.95 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.2 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7335	0	192	494	8021

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	7663
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.295	1.987	10447
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.908	5	985
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.493	23.333	309
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.16	15	1268
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.178	15	73
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	1277
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5609
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	3826
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.295	0.2	5267
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.117	0.2	609
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.207	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.163	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.498	1.5	5008
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.736	2	7818
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.534	3	2919
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.446	4.5	2629
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	972	medium positional	0.12	0.5
2	B	972	medium positional	0.11	0.5
3	C	972	medium positional	0.13	0.5
4	D	972	medium positional	0.12	0.5
1	A	841	loose positional	0.49	5
2	B	841	loose positional	0.52	5
3	C	841	loose positional	0.45	5
4	D	841	loose positional	0.58	5
1	A	972	medium thermal	0.68	2
2	B	972	medium thermal	0.54	2
3	C	972	medium thermal	0.48	2
4	D	972	medium thermal	0.46	2
1	A	841	loose thermal	1.32	10
2	B	841	loose thermal	1.07	10
3	C	841	loose thermal	0.98	10
4	D	841	loose thermal	1.08	10

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.276	231
R_work	0.221	4197

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3326	-1.2402	0.1496	2.112	-0.2557	0.9429	0.1633	0.1435	-0.1105	-0.3022	-0.1022	0.2736	-0.002	-0.1153	-0.0611	-0.1221	0.0155	-0.0344	-0.106	0.0181	-0.1061	32.6418	-5.9644	15.9009
2	1.6893	-1.0117	0.3251	2.2795	-0.1458	0.8105	-0.5452	-0.5032	0.0964	0.7718	0.5612	0.081	-0.1853	-0.1489	-0.0159	0.1109	0.2622	0.0211	0.0508	-0.0001	-0.1314	35.277	-2.9558	46.6357
3	1.3945	-0.8784	0.2147	2.0279	-0.0467	0.8408	0.1797	0.2521	-0.064	-0.3	-0.1269	-0.205	0.1328	0.1811	-0.0528	-0.0948	0.0565	0.0098	-0.0676	-0.0093	-0.0938	56.363	-26.2349	16.5767
4	1.2623	-1.1797	0.1226	2.3825	-0.2963	0.8244	-0.4467	-0.3807	-0.1342	0.7142	0.5335	0.0288	0.0943	-0.0358	-0.0868	0.0819	0.2204	-0.001	0.0162	0.024	-0.1134	52.344	-28.966	47.1169

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 247
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1248
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 247
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1248
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 247
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1248
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 247
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1248

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