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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2j7c | ||||||
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タイトル | Beta-glucosidase from Thermotoga maritima in complex with phenylaminomethyl-derived glucoimidazole | ||||||
要素 | BETA-GLUCOSIDASE A | ||||||
キーワード | HYDROLASE / FAMILY 1 / INHIBITOR / GLYCOSIDASE / POLYSACCHARIDE DEGRADATION / TRANSITION STATE MIMIC / CARBOHYDRATE METABOLISM / GLYCOSIDE HYDROLASE / CELLULOSE DEGRADATION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 scopolin beta-glucosidase activity / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å | ||||||
データ登録者 | Gloster, T.M. / Zechel, D. / Vasella, A. / Davies, G.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2007 タイトル: Glycosidase Inhibition: An Assessment of the Binding of 18 Putative Transition-State Mimics. 著者: Gloster, T.M. / Meloncelli, P. / Stick, R.V. / Zechel, D. / Vasella, A. / Davies, G.J. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2j7c.cif.gz | 207.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2j7c.ent.gz | 163.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2j7c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2j7c_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2j7c_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2j7c_validation.xml.gz | 39 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2j7c_validation.cif.gz | 57.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/2j7c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/2j7c | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 3 - 444 / Label seq-ID: 25 - 466
NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.01114, -0.98954, -0.14381), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53940.648 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 2-446 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q08638, beta-glucosidase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ACT / | #4: 化合物 | ChemComp-CA / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | SEQUENCE CRYSTALLIZED CONTAINS A HIS TAG FROM THE EXPRESSION VECTOR. THE CO-ORDINATES ARE NUMBERED ...SEQUENCE CRYSTALLIZ | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: STRUCTURE ISOMORPHOUS WITH STARTING MODEL |
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結晶化 | pH: 7 詳細: 10 MG/ML PROTEIN. 15% PEG 4K, 0.1 M IMIDAZOLE, PH 7, 0.2 M CALCIUM ACETATE. 25% ETHYLENE GLYCOL AS CRYO. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月7日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR |
放射 | モノクロメーター: DIAMOND (111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 60585 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17.88 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1OD0 解像度: 2.09→72.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 5.185 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.229 / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.83 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.09→72.74 Å
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拘束条件 |
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