PDB-2j7a: Crystal structure of cytochrome c nitrite reductase NrfHA complex...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2j7a

タイトル

Crystal structure of cytochrome c nitrite reductase NrfHA complex from Desulfovibrio vulgaris

要素

(CYTOCHROME C ...) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / QUINOL DEHYDROGENASE / CYTOCHROME C NITRITE REDUCTASE / NRFA / NRFH / NAPC/NIRT FAMILY / MEMBRANE COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming) / nitrite reductase (cytochrome, ammonia-forming) activity / anaerobic electron transport chain / denitrification pathway / anaerobic respiration / outer membrane-bounded periplasmic space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

DESULFOVIBRIO VULGARIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Rodrigues, M.L. / Oliveira, T.F. / Pereira, I.A.C. / Archer, M.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2006
タイトル: X-Ray Structure of the Membrane-Bound Cytochrome C Quinol Dehydrogenase Nrfh Reveals Novel Haem Coordination.
著者: Rodrigues, M.L. / Oliveira, T.F. / Pereira, I.A.C. / Archer, M.

履歴

登録	2006年10月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2019年9月25日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Non-polymer description / Other / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / exptl_crystal_grow / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.1	2019年11月6日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name / _software.version
改定 2.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2j7a.cif.gz	1.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2j7a.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2j7a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2j7a_validation.pdf.gz	31.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2j7a_full_validation.pdf.gz	31.1 MB	表示
XML形式データ	2j7a_validation.xml.gz	329.2 KB	表示
CIF形式データ	2j7a_validation.cif.gz	411.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/2j7a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/2j7a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5epi-2 5epi-4 6yj6-d 1urj-d 20550 6eny-d 5epi-1 5f4z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (3)
#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (1)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
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シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
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光化学系II (Photosystem II)
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#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: CYTOCHROME C NITRITE REDUCTASE NRFA

B: CYTOCHROME C NITRITE REDUCTASE NRFA

C: CYTOCHROME C QUINOL DEHYDROGENASE NRFH

D: CYTOCHROME C NITRITE REDUCTASE NRFA

E: CYTOCHROME C NITRITE REDUCTASE NRFA

F: CYTOCHROME C QUINOL DEHYDROGENASE NRFH

G: CYTOCHROME C NITRITE REDUCTASE NRFA

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ヘテロ分子

851 kDa, 18 ポリマー
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1

A: CYTOCHROME C NITRITE REDUCTASE NRFA

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F: CYTOCHROME C QUINOL DEHYDROGENASE NRFH

ヘテロ分子

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284 kDa, 6 ポリマー
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2

G: CYTOCHROME C NITRITE REDUCTASE NRFA

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3

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N: CYTOCHROME C NITRITE REDUCTASE NRFA

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ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	79.664, 258.117, 580.742
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	5	A	26 - 519
2	1	1	5	G	26 - 519
3	1	1	5	M	26 - 519
1	1	2	5	D	26 - 519
2	1	2	5	J	26 - 519
3	1	2	5	P	26 - 519
1	1	3	5	B	26 - 519
2	1	3	5	H	26 - 519
3	1	3	5	N	26 - 519
1	1	4	5	E	26 - 519
2	1	4	5	K	26 - 519
3	1	4	5	Q	26 - 519
1	1	5	5	C	12 - 158
2	1	5	5	I	12 - 158
3	1	5	5	O	12 - 158
1	1	6	5	F	14 - 158
2	1	6	5	L	14 - 158
3	1	6	5	R	14 - 158

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

-
CYTOCHROME C ... , 2種, 18分子 ABDEGHJKMNPQCFILOR

#1: タンパク質	CYTOCHROME C NITRITE REDUCTASE NRFA / NRFA / CYTOCHROME C NITRITE REDUCTASE CATALYTIC SUBUNIT 分子量: 57570.242 Da / 分子数: 12 / 断片: RESIDUES 25-524 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DESULFOVIBRIO VULGARIS (バクテリア) / 株: HILDENBOROUGH / 参照: UniProt: Q72EF3
#2: タンパク質	CYTOCHROME C QUINOL DEHYDROGENASE NRFH / NRFH / CYTOCHROME C NITRITE REDUCTASE ELECTRON DONOR SUBUNIT / NAPC/NIRT CYTOCHROME C 分子量: 17290.113 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DESULFOVIBRIO VULGARIS (バクテリア) / 株: HILDENBOROUGH / 参照: UniProt: Q72EF4

-
糖 , 1種, 6分子

#5: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 4種, 2436分子

#3: 化合物	... ChemComp-HEC / HEME C 分子量: 618.503 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₄FeN₄O₄
#4: 化合物	... ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 10% PEG 4K, 0.1 M HEPES PH 7.5, 30 MM GLYCYL-GLYCYL-GLYCINE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.7393
検出器	タイプ: MARRESEACH / 検出器: CCD
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.7393 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→53 Å / Num. obs: 443656 / % possible obs: 83.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 8.3
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 67.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.3→288.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.92 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.886 / SU B: 6.055 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.292 / ESU R Free: 0.227 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24	22270	5 %	RANDOM
R_work	0.201	-	-	-
obs	0.203	421309	83.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.47 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.19 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.84 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→288.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	54627	0	3858	2325	60810

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	60662
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.463	2.132	83298
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.479	5	6832
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.518	24.243	2670
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.264	15	9740
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.827	15	281
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	7943
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	46923
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.254	0.2	28686
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.298	0.2	39648
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	3136
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.228	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.186	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.639	1.5	34767
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.084	2	55016
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.636	3	30079
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.519	4.5	28095
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1968	medium positional	0.07	0.5
1	2	G	1968	medium positional	0.07	0.5
1	3	M	1968	medium positional	0.07	0.5
2	1	D	1968	medium positional	0.08	0.5
2	2	J	1968	medium positional	0.07	0.5
2	3	P	1968	medium positional	0.08	0.5
3	1	B	1972	medium positional	0.08	0.5
3	2	H	1972	medium positional	0.08	0.5
3	3	N	1972	medium positional	0.1	0.5
4	1	E	1967	medium positional	0.12	0.5
4	2	K	1967	medium positional	0.11	0.5
4	3	Q	1967	medium positional	0.12	0.5
5	1	C	575	medium positional	0.16	0.5
5	2	I	575	medium positional	0.1	0.5
5	3	O	575	medium positional	0.1	0.5
6	1	F	579	medium positional	0.11	0.5
6	2	L	579	medium positional	0.14	0.5
6	3	R	579	medium positional	0.1	0.5
1	1	A	1996	loose positional	0.32	5
1	2	G	1996	loose positional	0.39	5
1	3	M	1996	loose positional	0.37	5
2	1	D	1996	loose positional	0.34	5
2	2	J	1996	loose positional	0.34	5
2	3	P	1996	loose positional	0.34	5
3	1	B	2004	loose positional	0.3	5
3	2	H	2004	loose positional	0.32	5
3	3	N	2004	loose positional	0.34	5
4	1	E	2011	loose positional	0.38	5
4	2	K	2011	loose positional	0.34	5
4	3	Q	2011	loose positional	0.42	5
5	1	C	496	loose positional	0.45	5
5	2	I	496	loose positional	0.33	5
5	3	O	496	loose positional	0.43	5
6	1	F	502	loose positional	0.53	5
6	2	L	502	loose positional	0.43	5
6	3	R	502	loose positional	0.46	5
1	1	A	1968	medium thermal	0.38	2
1	2	G	1968	medium thermal	0.36	2
1	3	M	1968	medium thermal	0.41	2
2	1	D	1968	medium thermal	0.53	2
2	2	J	1968	medium thermal	0.38	2
2	3	P	1968	medium thermal	0.58	2
3	1	B	1972	medium thermal	0.36	2
3	2	H	1972	medium thermal	0.41	2
3	3	N	1972	medium thermal	0.41	2
4	1	E	1967	medium thermal	0.51	2
4	2	K	1967	medium thermal	0.36	2
4	3	Q	1967	medium thermal	0.47	2
5	1	C	575	medium thermal	0.33	2
5	2	I	575	medium thermal	0.41	2
5	3	O	575	medium thermal	0.35	2
6	1	F	579	medium thermal	0.44	2
6	2	L	579	medium thermal	0.39	2
6	3	R	579	medium thermal	0.36	2
1	1	A	1996	loose thermal	1.2	10
1	2	G	1996	loose thermal	1.12	10
1	3	M	1996	loose thermal	1.23	10
2	1	D	1996	loose thermal	1.3	10
2	2	J	1996	loose thermal	1.11	10
2	3	P	1996	loose thermal	1.35	10
3	1	B	2004	loose thermal	1.13	10
3	2	H	2004	loose thermal	1.15	10
3	3	N	2004	loose thermal	1.09	10
4	1	E	2011	loose thermal	1.21	10
4	2	K	2011	loose thermal	1.12	10
4	3	Q	2011	loose thermal	1.21	10
5	1	C	496	loose thermal	1.09	10
5	2	I	496	loose thermal	1.13	10
5	3	O	496	loose thermal	1.05	10
6	1	F	502	loose thermal	1.21	10
6	2	L	502	loose thermal	1.06	10
6	3	R	502	loose thermal	1.04	10

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.321	1251
R_work	0.264	23494

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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