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- PDB-2j4m: Double dockerin from Piromyces equi Cel45A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j4m
タイトルDouble dockerin from Piromyces equi Cel45A
要素ENDOGLUCANASE 45A
キーワードPROTEIN BINDING / DOCKERIN / CELLULOSOME / SMALL CYSTEINE-RICH
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase / cellulase activity / cellulose catabolic process
類似検索 - 分子機能
Endoglucanase; Chain: A / Cellulose docking domain, dockering / Glycoside hydrolase, family 45 / : / Glycosyl hydrolase family 45 / Glycosyl hydrolases family 45 active site. / Fungal dockerin domain superfamily / Cellulose or protein binding domain / CBM10/dockerin domain / CBM10 (carbohydrate-binding type-10) domain profile. ...Endoglucanase; Chain: A / Cellulose docking domain, dockering / Glycoside hydrolase, family 45 / : / Glycosyl hydrolase family 45 / Glycosyl hydrolases family 45 active site. / Fungal dockerin domain superfamily / Cellulose or protein binding domain / CBM10/dockerin domain / CBM10 (carbohydrate-binding type-10) domain profile. / RlpA-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種PIROMYCES EQUI (菌類)
手法溶液NMR / CNS
データ登録者Nagy, T. / Tunnicliffe, R.B. / Higgins, L.D. / Walters, C. / Gilbert, H.J. / Williamson, M.P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Characterization of a Double Dockerin from the Cellulosome of the Anaerobic Fungus Piromyces Equi.
著者: Nagy, T. / Tunnicliffe, R.B. / Higgins, L.D. / Walters, C. / Gilbert, H.J. / Williamson, M.P.
履歴
登録2006年9月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDOGLUCANASE 45A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9111
ポリマ－10,9111
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)6 / 80RANDOM FROM BEST 25
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 ENDOGLUCANASE 45A / CEL45A ENDOGLUCANASE


分子量: 10910.516 Da / 分子数: 1 / 断片: FIRST TWO DOCKERIN DOMAINS, RESIDUES 21-118 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PIROMYCES EQUI (菌類) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9P868
配列の詳細N-TERMINAL MET AND C-TERMINAL CLONING ARTIFACTS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: TRIPLE RESONANCE SUITE
NMR実験の詳細Text: MODEL 1 IS A MINIMIZED AVERAGE. THESE STRUCTURES ARE THE MAJOR CONFORMER SEEN IN THE OVERALL ENSEMBLE, WHEREAS PDB 2J4N ARE THE MINOR CONFORMER

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試料調製

詳細内容: 90% WATER/10% D2O
試料状態イオン強度: 50 mM / pH: 6.5 / 圧: 1.0 atm / 温度: 298.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS, GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES, PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN精密化
FELIX構造決定
精密化手法: CNS / ソフトェア番号: 1 / 詳細: STANDARD METHODS
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: RANDOM FROM BEST 25 / 計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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