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万見
- PDB-6qbj: Structure determination of transmembrane- C-terminal fragment of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qbj
タイトルStructure determination of transmembrane- C-terminal fragment of UL49.5 protein from bovine herpesvirus 1 by NMR spectroscopy and molecular dynamics
要素Envelope glycoprotein N
キーワードVIRAL PROTEIN / Bovine herpesvirus 1 (BHV-1) / UL49.5 viral protein / transmembrane protein
機能・相同性Envelope glycoprotein N domain / Herpesvirus UL49.5 envelope/tegument protein / Envelope glycoprotein N / host cell membrane / host cell Golgi apparatus / viral envelope / membrane / Envelope glycoprotein N
機能・相同性情報
生物種Bovine alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Karska, N. / Rodziewicz-Motowidlo, S.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science CentreUMO-2014/14/E/NZ6/00164 ポーランド
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Biomembr / 年: 2019
タイトル: Structure determination of UL49.5 transmembrane protein from bovine herpesvirus 1 by NMR spectroscopy and molecular dynamics.
著者: Karska, N. / Graul, M. / Sikorska, E. / Zhukov, I. / Slusarz, M.J. / Kasprzykowski, F. / Lipinska, A.D. / Rodziewicz-Motowidlo, S.
履歴
登録2018年12月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein N


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,2161
ポリマ－4,2161
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area100 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4030 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Envelope glycoprotein N / UL49.5 / Virion protein


分子量: 4215.985 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Bovine alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: Q89806

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H TOCSY
121anisotropic12D 1H-1H NOESY
131isotropic12D DQF-COSY
141anisotropic12D 1H-1H ROESY

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試料調製

詳細タイプ: micelle
内容: 2.7 mM TMC.BHV, 100 mM DPC, 0.01 mM acetic acid -d4, 90 % H2O, 10 % D2O, 50% H2O/50% D2O
詳細: NMR experiments were performed using 100 mM DPC-d38 in water (90%:10% H2O:D2O).The peptide (TMC.BHV) concentration was 2.7 mM. The acetic acid -d4 concentration was 0.01mM.
Label: 1 / 溶媒系: 50% H2O/50% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2.7 mMTMC.BHVnatural abundance1
100 mMDPCnatural abundance1
0.01 mMacetic acid -d4natural abundance1
90 %H2Onatural abundance1
10 %D2Onatural abundance1
試料状態イオン強度: 0.05 mM / Label: 1 / pH: 5 / PH err: 0.05 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Agilent Uniform NMR System / 製造業者: Agilent / モデル: Uniform NMR System / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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