PDB-2j4h: Crystal structure of a H121A Escherichia coli dCTP deaminase muta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2j4h

タイトル

Crystal structure of a H121A Escherichia coli dCTP deaminase mutant enzyme

要素

DEOXYCYTIDINE TRIPHOSPHATE DEAMINASE

キーワード

HYDROLASE / DCTP DEAMINASE / NUCLEOTIDE METABOLISM / TRIMER

機能・相同性

機能・相同性情報

dCTP deaminase / dUTP biosynthetic process / dCTP deaminase activity / dUMP biosynthetic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / dTTP biosynthetic process / protein homotrimerization / response to radiation / nucleotide binding / protein-containing complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Johansson, E. / Thymark, M. / Bynck, J.H. / Fanoe, M. / Larsen, S. / Willemoes, M.

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2007
タイトル: Regulation of Dctp Deaminase from Escherichia Coli by Nonallosteric Dttp Binding to an Inactive Form of the Enzyme
著者: Johansson, E. / Thymark, M. / Bynck, J.H. / Fanoe, M. / Larsen, S. / Willemoes, M.

履歴

登録	2006年8月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年1月17日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.4	2019年3月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.5	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2j4h.cif.gz	80.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2j4h.ent.gz	61.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2j4h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2j4h_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2j4h_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	2j4h_validation.xml.gz	15 KB	表示
CIF形式データ	2j4h_validation.cif.gz	19.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/2j4h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/2j4h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2j4qC 1xs1 1xs4 1xs6 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2j4q-2 2j4q-1 1s1g-1 1xs1-2 1nn7-1 2qlp-1 1xs4-1 2qlp-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (4)

登録構造単位

A: DEOXYCYTIDINE TRIPHOSPHATE DEAMINASE

B: DEOXYCYTIDINE TRIPHOSPHATE DEAMINASE

ヘテロ分子

43.3 kDa, 2 ポリマー
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1

A: DEOXYCYTIDINE TRIPHOSPHATE DEAMINASE

ヘテロ分子

A: DEOXYCYTIDINE TRIPHOSPHATE DEAMINASE

ヘテロ分子

A: DEOXYCYTIDINE TRIPHOSPHATE DEAMINASE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
64.9 kDa, 3 ポリマー
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2

B: DEOXYCYTIDINE TRIPHOSPHATE DEAMINASE

ヘテロ分子

B: DEOXYCYTIDINE TRIPHOSPHATE DEAMINASE

ヘテロ分子

B: DEOXYCYTIDINE TRIPHOSPHATE DEAMINASE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
64.9 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	62.545, 62.545, 342.444
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:
NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.8738, 0.4863, 0.000542), (0.4863, 0.8738, -0.00739), (-0.004067, 0.006193, -1)
ベクター: 36.05, 1.061, 85.71)

#1: タンパク質	DEOXYCYTIDINE TRIPHOSPHATE DEAMINASE / DCTP DEAMINASE 分子量: 21209.186 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P28248, dCTP deaminase
#2: 化合物	ChemComp-YYY / DEOXYCYTIDINE DIPHOSPHATE / dCDP 分子量: 387.177 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₅N₃O₁₀P₂
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, HIS 121 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, HIS 121 TO ALA

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.39 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.8 詳細: VAPOUR DIFFUSION, 34% PEG400, 0.2M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1M HEPES PH6.8, 5MM DCTP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.046
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.046 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 11131 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 4.9
反射シェル	解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 75.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0001	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.7→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.914 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.879 / SU B: 12.605 / SU ML: 0.256 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.39 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.273	563	5.1 %	RANDOM
R_work	0.225	-	-	-
obs	0.228	10539	93.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.14 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.28 Å²	1.14 Å²	0 Å²
2-	-	2.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2656	0	52	0	2708

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	2764
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2606
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.579	1.988	3766
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.911	3	6008
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.884	5	344
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.765	22.241	116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.542	15	438
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.129	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	422
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3066
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	578
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	499
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.199	0.2	2510
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	1787
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.07	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.151	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.224	0.2	240
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.24	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.956	1.5	2160
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.061	2	2760
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.303	3	1179
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.093	4.5	1006
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2417 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
tight positional	0.03	0.05
tight thermal	0.1	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.323	29
R_work	0.321	562

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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