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- PDB-2j4g: Bacteroides thetaiotaomicron GH84 O-GlcNAcase in complex with n-b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j4g
タイトルBacteroides thetaiotaomicron GH84 O-GlcNAcase in complex with n-butyl- thiazoline inhibitor
要素HYALURONOGLUCOSAMINIDASE
キーワードINHIBITOR / GH84 / ENZYME / THIAZOLINE / INHIBITION / O-GLCNACASE
機能・相同性
機能・相同性情報


protein O-GlcNAcase / protein deglycosylation / [protein]-3-O-(N-acetyl-D-glucosaminyl)-L-serine/L-threonine O-N-acetyl-alpha-D-glucosaminase activity / beta-N-acetylglucosaminidase activity / carbohydrate metabolic process / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Carbohydrate binding module family 32 / Bacterial GH84, post-catalytic domain / Hyaluronidase post-catalytic domain-like / Beta-N-acetylglucosaminidase / beta-N-acetylglucosaminidase / Glycosyl hydrolases family 84 (GH84) domain profile. / : / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like ...: / : / Carbohydrate binding module family 32 / Bacterial GH84, post-catalytic domain / Hyaluronidase post-catalytic domain-like / Beta-N-acetylglucosaminidase / beta-N-acetylglucosaminidase / Glycosyl hydrolases family 84 (GH84) domain profile. / : / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like / Beta-hexosaminidase, bacterial type, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 20, domain 2 / Chitobiase; domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / Glycosyl hydrolase, all-beta / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-NB1 / O-GlcNAcase BT_4395
類似検索 - 構成要素
生物種BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Dennis, R.J. / Davies, G.J.
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2007
タイトル: Analysis of Pugnac and Nag-Thiazoline as Transition State Analogues for Human O-Glcnacase: Mechanistic and Structural Insights Into Inhibitor Selectivity and Transition State Poise.
著者: Whitworth, G.E. / Macauley, M.S. / Stubbs, K.A. / Dennis, R.J. / Taylor, E.J. / Davies, G.J. / Greig, I.R. / Vocadlo, D.J.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structure and Mechanism of a Bacterial Beta-Glucosaminidase Having O-Glcnacase Activity
著者: Dennis, R.J. / Taylor, E.J. / Macauley, M.S. / Stubbs, K.A. / Turkenburg, J.P. / Hart, S.J. / Black, G.N. / Vocadlo, D.J. / Davies, G.J.
履歴
登録2006年8月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYALURONOGLUCOSAMINIDASE
B: HYALURONOGLUCOSAMINIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,1738
ポリマ－164,3762
非ポリマー7976
水10,052558
1
A: HYALURONOGLUCOSAMINIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,5864
ポリマ－82,1881
非ポリマー3983
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: HYALURONOGLUCOSAMINIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,5864
ポリマ－82,1881
非ポリマー3983
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)185.106, 51.711, 172.782
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.11, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2250-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112A1 - 999
2112B1 - 999
1121A1590
2121B1590

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.99928, -0.00063, -0.03781), (0.00066, 1, 0.00077), (0.03781, -0.00079, 0.99928)
ベクター: -15.43601, -0.35141, 85.03981)

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要素

#1: タンパク質 HYALURONOGLUCOSAMINIDASE / O-GLCNACASE


分子量: 82187.984 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 23-737 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-BUTYL-THIAZOLINE
由来: (組換発現) BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)
株: VPI-5482 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q89ZI2, beta-N-acetylhexosaminidase
#2: 化合物 ChemComp-NB1 / (3AR,5R,6S,7R,7AR)-5-(HYDROXYMETHYL)-2-PROPYL-5,6,7,7A-TETRAHYDRO-3AH-PYRANO[3,2-D][1,3]THIAZOLE-6,7-DIOL / 1,2-[チオ(プロピルメチリジンニトリロ)]-1,2-ジデオキシ-α-D-グルコピラノ-ス


分子量: 247.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17NO4S
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 558 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細SIGNAL PEPTIDE FROM RESIDUE 1-22. SEQUENCE CLONED FROM N23. NUMBERED IN PDB AS IN MATURE PROTEIN, ...SIGNAL PEPTIDE FROM RESIDUE 1-22. SEQUENCE CLONED FROM N23. NUMBERED IN PDB AS IN MATURE PROTEIN, GLN1, ASN2, ETC.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化pH: 6
詳細: 0.4M SODIUM ACETATE,13%(V/V)PEG 3500, 0.1M MES PH6.0, 10% (V/V) GLYCEROL, pH 6.00

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→40 Å / Num. obs: 77267 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CHO

2cho


解像度: 2.25→169.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 8.002 / SU ML: 0.195 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.279 / ESU R Free: 0.241 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 3870 5 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.223 73055 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20 Å2-1.79 Å2
2---1.17 Å20 Å2
3---0.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→169.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9457 0 52 558 10067
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0229761
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5881.95413241
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.99551163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.66724.847489
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.627151671
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0211547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.21394
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027517
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.24665
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.26617
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2591
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2070.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.230.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7881.56005
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.34529427
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.93234371
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8824.53805
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A2319tight positional0.060.05
21A16tight positional0.030.05
22B16tight positional0.030.05
11A2379medium positional0.350.5
11A2319tight thermal0.130.5
21A16tight thermal0.240.5
22B16tight thermal0.240.5
11A2379medium thermal0.692
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.31 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.42 341
Rwork0.338 5132

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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