PDB-7k41: Bacterial O-GlcNAcase (OGA) with compound

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7k41

タイトル

Bacterial O-GlcNAcase (OGA) with compound

要素

O-GlcNAcase BT_4395

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / OGA /

virtual screening (バーチャルスクリーニング) / structure based drug design / SBDD /

TRANSFERASE (転移酵素) / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

O-GlcNAcアーゼ /

: /

: / [protein]-3-O-(N-acetyl-D-glucosaminyl)-L-serine/L-threonine O-N-acetyl-alpha-D-glucosaminase activity / protein deglycosylation /

beta-N-acetylglucosaminidase activity / carbohydrate metabolic process / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Lane, W. / Tjhen, R. / Snell, G. / Sang, B.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Discovery of a Novel and Brain-Penetrant O -GlcNAcase Inhibitor via Virtual Screening, Structure-Based Analysis, and Rational Lead Optimization.
著者: Tawada, M. / Fushimi, M. / Masuda, K. / Sun, H. / Uchiyama, N. / Kosugi, Y. / Lane, W. / Tjhen, R. / Endo, S. / Koike, T.

履歴

登録	2020年9月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年1月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2021年2月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7k41.cif.gz	248.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7k41.ent.gz	191.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7k41.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/7k41 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/7k41	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2chnS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2wca-d 4aiu-d 2jiw-1 2vvs-d 2w4x-d 2j4g-1 2wzh-d 2j47-d 2jiw-2 2v5c-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (8)

登録構造単位

A: O-GlcNAcase BT_4395

ヘテロ分子

83.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	188.771, 52.646, 84.464
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.693, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2779- HOH

#1: タンパク質	O-GlcNAcase BT_4395 / Beta-N-acetylglucosaminidase / Beta-N-acetylhexosaminidase / Beta-hexosaminidase / Hexosaminidase B ...Beta-N-acetylglucosaminidase / Beta-N-acetylhexosaminidase / Beta-hexosaminidase / Hexosaminidase B / N-acetyl-beta-glucosaminidase 分子量: 82517.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) 発現宿主: Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 参照: UniProt: Q89ZI2, O-GlcNAcアーゼ
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-VUA / 4-(4-methylpiperidin-1-yl)-N-(2-phenylethyl)pyrimidin-2-amine 分子量: 296.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₄N₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.93 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.5 M NaAcetate, 15% PEG 3350, 0.1 M MES pH 6.0, 20% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→41.63 Å / Num. obs: 52607 / % possible obs: 93.41 % / 冗長度: 3.6 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.05266 / Net I/σ(I): 17.46
反射シェル	解像度: 2→2.064 Å / R_merge(I) obs: 0.4469 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 3250 / CC_1/2: 0.781 / % possible all: 58.42

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2CHN

2chn

解像度: 2→41.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 10.531 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.143 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2183	2673	5.082 %
R_work	0.186	49929	-
all	0.188	-	-
obs	-	52602	93.432 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.748 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.848 Å²	-0 Å²	-2.838 Å²
2-	-	-1.759 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.776 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→41.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4759	0	70	154	4983

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	4953
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.356	1.65	6701
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.921	5	592
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.602	23.745	267
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.973	15	829
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.812	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	618
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3876
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	2278
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.311	0.2	3377
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.123	0.2	233
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.219	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.059	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.207	2.737	2364
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.976	4.094	2950
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.616	2.891	2589
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.52	4.242	3749
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.952	37.046	7585

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.993-2.045	0.341	117	0.333	2152	X-RAY DIFFRACTION	54.9395
2.045-2.101	0.274	160	0.301	2797	X-RAY DIFFRACTION	73.9065
2.101-2.161	0.329	180	0.289	3233	X-RAY DIFFRACTION	87.1553
2.161-2.228	0.277	197	0.252	3439	X-RAY DIFFRACTION	95.4581
2.228-2.301	0.288	180	0.224	3461	X-RAY DIFFRACTION	99.1288
2.301-2.381	0.28	212	0.219	3367	X-RAY DIFFRACTION	99.7214
2.381-2.471	0.25	156	0.203	3264	X-RAY DIFFRACTION	99.7085
2.471-2.571	0.226	157	0.193	3162	X-RAY DIFFRACTION	99.9398
2.571-2.685	0.203	150	0.198	3032	X-RAY DIFFRACTION	99.9058
2.685-2.816	0.268	167	0.2	2884	X-RAY DIFFRACTION	100
2.816-2.967	0.187	132	0.184	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
2.967-3.147	0.197	142	0.182	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
3.147-3.363	0.218	113	0.182	2468	X-RAY DIFFRACTION	100
3.363-3.63	0.218	120	0.174	2303	X-RAY DIFFRACTION	100
3.63-3.974	0.193	97	0.159	2145	X-RAY DIFFRACTION	100
3.974-4.439	0.159	91	0.154	1925	X-RAY DIFFRACTION	100
4.439-5.118	0.216	106	0.154	1692	X-RAY DIFFRACTION	99.9444
5.118-6.247	0.206	81	0.189	1456	X-RAY DIFFRACTION	99.935
6.247-8.751	0.2	76	0.163	1130	X-RAY DIFFRACTION	99.9172
8.751-41.664	0.194	39	0.174	638	X-RAY DIFFRACTION	93.8974

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -19.4176 Å / Origin y: -2.4944 Å / Origin z: 15.4681 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0236 Å²	0.041 Å²	0.0005 Å²	-	0.0918 Å²	0.002 Å²	-	-	0.0216 Å²
L	2.372 °²	0.7648 °²	1.4347 °²	-	1.1959 °²	0.6197 °²	-	-	2.0473 °²
S	0.0772 Å °	0.263 Å °	-0.1517 Å °	-0.0367 Å °	0.079 Å °	-0.0096 Å °	0.0668 Å °	0.1619 Å °	-0.1562 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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