PDB-2j3z: Crystal structure of the enzymatic component C2-I of the C2-toxin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2j3z

タイトル

Crystal structure of the enzymatic component C2-I of the C2-toxin from Clostridium botulinum at pH 6.1

要素

C2 TOXIN COMPONENT I

キーワード

TOXIN / ADP-RIBOSYLTRANSFERASE / CLOSTRIDIUM BOTULINUM

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

CLOSTRIDIUM BOTULINUM (ボツリヌス菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Schleberger, C. / Hochmann, H. / Barth, H. / Aktories, K. / Schulz, G.E.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structure and Action of the Binary C2 Toxin from Clostridium Botulinum.
著者: Schleberger, C. / Hochmann, H. / Barth, H. / Aktories, K. / Schulz, G.E.

履歴

登録	2006年8月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年10月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.4	2019年7月24日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.5	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2j3z.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2j3z.ent.gz	860.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2j3z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2j3z_validation.pdf.gz	523.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2j3z_full_validation.pdf.gz	562.1 KB	表示
XML形式データ	2j3z_validation.xml.gz	93.7 KB	表示
CIF形式データ	2j3z_validation.cif.gz	130.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j3/2j3z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j3/2j3z	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2j3vSC 2j3xC 2j42C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5eqa-2 5eq9-2 3ii1-d 5gqc-1 3fw6-d 5gqg-2 6w5x-d 2j3x-d 1i4h-d 6ptz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: C2 TOXIN COMPONENT I

B: C2 TOXIN COMPONENT I

C: C2 TOXIN COMPONENT I

D: C2 TOXIN COMPONENT I

E: C2 TOXIN COMPONENT I

F: C2 TOXIN COMPONENT I

ヘテロ分子

302 kDa, 6 ポリマー
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1

A: C2 TOXIN COMPONENT I

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: C2 TOXIN COMPONENT I

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: C2 TOXIN COMPONENT I

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: C2 TOXIN COMPONENT I

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.2 kDa, 1 ポリマー
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5

E: C2 TOXIN COMPONENT I

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.2 kDa, 1 ポリマー
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6

F: C2 TOXIN COMPONENT I

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	93.421, 272.898, 246.290
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
1	2	A
2	2	B
3	2	C
1	3	D
2	3	E
3	3	F
1	4	D
2	4	E
3	4	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PHE	PHE	PHE	PHE	A	A	10 - 221	10 - 221
2	1	PHE	PHE	PHE	PHE	B	B	10 - 221	10 - 221
3	1	PHE	PHE	PHE	PHE	C	C	10 - 221	10 - 221
1	2	TYR	TYR	VAL	VAL	A	A	222 - 420	222 - 420
2	2	TYR	TYR	VAL	VAL	B	B	222 - 420	222 - 420
3	2	TYR	TYR	VAL	VAL	C	C	222 - 420	222 - 420
1	3	PHE	PHE	PHE	PHE	D	D	10 - 221	10 - 221
2	3	PHE	PHE	PHE	PHE	E	E	10 - 221	10 - 221
3	3	PHE	PHE	PHE	PHE	F	F	10 - 221	10 - 221
1	4	TYR	TYR	VAL	VAL	D	D	222 - 420	222 - 420
2	4	TYR	TYR	VAL	VAL	E	E	222 - 420	222 - 420
3	4	TYR	TYR	VAL	VAL	F	F	222 - 420	222 - 420

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.999969, 0.007882, 0.000791), (0.003409, -0.518299, 0.855193), (0.00715, -0.855163, -0.518309)	-1.0429, 112.2725, 185.6765
2	given	(0.999966, -0.002033, -0.007963), (-0.007922, -0.495986, -0.868294), (-0.002184, 0.868328, -0.495986)	0.6703, 215.8952, -1.8538
3	given	(0.999958, -0.002249, 0.008904), (-0.008827, -0.502976, 0.864255), (0.002535, -0.864298, -0.502975)	-0.4305, 110.0379, 186.6458
4	given	(0.999365, -0.033918, -0.01088), (-0.025332, -0.462005, -0.886516), (0.025042, 0.886229, -0.462571)	3.8825, 215.4, -6.8478

#1: タンパク質	C2 TOXIN COMPONENT I / ADP-RIBOSYLTRANSFERASE C2-I 分子量: 49391.684 Da / 分子数: 6 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM BOTULINUM (ボツリヌス菌) プラスミド: PET-3B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O69275
#2: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 592 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, HIS 77 TO ARG ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, HIS 77 TO ARG ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, HIS 77 TO ARG ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, HIS 77 TO ARG ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, HIS 77 TO ARG ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, HIS 77 TO ARG ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, HIS 77 TO ARG ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, HIS 77 TO ARG

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.8 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: PROTEIN: 14 MG/ML IN H2O RESERVOIR: 0.1 M MES PH 6.1, 2.1 M (NH4)2SO4, 0.03 M COCL2 HANGING DROP 1:1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.813
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.813 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.26→91 Å / Num. obs: 136331 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 23.7
反射シェル	解像度: 2.26→2.36 Å / R_merge(I) obs: 0.13 / Mean I/σ(I) obs: 8.8 / % possible all: 77.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2J3V

2j3v

解像度: 2.3→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / SU B: 16.126 / SU ML: 0.194 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.325 / ESU R Free: 0.243 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.258	2650	2 %	RANDOM
R_work	0.2	-	-	-
obs	0.201	129810	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.4 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.73 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.51 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20631	0	279	592	21502

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	21214
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.603	1.977	28623
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.343	5	2547
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.818	25.367	1036
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.475	15	3968
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.429	15	108
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	3179
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	15682
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	9630
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	14431
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	1142
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.258	0.2	125
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.208	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.542	1.5	13170
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.899	2	20696
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.412	3	9110
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.194	4.5	7927
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1727	medium positional	0.38	0.5
1	2	B	1727	medium positional	0.33	0.5
1	3	C	1727	medium positional	0.37	0.5
2	1	A	1600	medium positional	0.31	0.5
2	2	B	1600	medium positional	0.36	0.5
2	3	C	1600	medium positional	0.32	0.5
3	1	D	1727	medium positional	0.35	0.5
3	2	E	1727	medium positional	0.35	0.5
3	3	F	1727	medium positional	0.43	0.5
4	1	D	1600	medium positional	0.31	0.5
4	2	E	1600	medium positional	0.33	0.5
4	3	F	1600	medium positional	0.34	0.5
1	1	A	1727	medium thermal	0.55	2
1	2	B	1727	medium thermal	0.58	2
1	3	C	1727	medium thermal	0.55	2
2	1	A	1600	medium thermal	0.47	2
2	2	B	1600	medium thermal	0.46	2
2	3	C	1600	medium thermal	0.45	2
3	1	D	1727	medium thermal	0.49	2
3	2	E	1727	medium thermal	0.49	2
3	3	F	1727	medium thermal	0.49	2
4	1	D	1600	medium thermal	0.49	2
4	2	E	1600	medium thermal	0.52	2
4	3	F	1600	medium thermal	0.5	2

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.344	197
R_work	0.24	9652

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2828	0.3253	-0.1381	1.4573	0.3802	1.2355	0.0051	-0.0977	-0.1897	0.0747	0.0274	-0.1316	0.2685	0.1305	-0.0325	-0.2209	0.0247	-0.0339	-0.1276	0.0188	-0.0758	-17.486	-21.87	-46.384
2	1.5223	-0.7605	-0.2364	3.2724	0.1052	1.5583	-0.0052	-0.1164	0.1516	0.0199	-0.0405	0.0398	-0.1618	-0.0109	0.0457	-0.2669	-0.0292	-0.0037	-0.1319	-0.0499	-0.1007	-26.47	6.572	-40.38
3	1.5601	-0.1467	-0.1972	1.0996	-0.0975	2.7033	-0.0333	-0.0308	0.1698	0.1194	0.057	-0.0089	-0.2052	0.0246	-0.0237	-0.2731	-0.0308	-0.0051	-0.1051	0.007	-0.0891	-17.244	66.477	-26.426
4	1.3866	0.6415	0.9832	2.2208	0.788	3.5323	-0.0306	0.1167	-0.0079	-0.1941	0.0575	0.0399	0.0549	-0.1156	-0.027	-0.3114	0.0046	0.013	-0.0518	0.0338	-0.1091	-26.467	56.836	-53.843
5	1.0314	-0.1761	0.296	1.8444	-0.1781	1.2838	0.0286	0.1444	-0.0042	-0.247	-0.0609	-0.1394	-0.0255	0.1065	0.0323	-0.2894	0.0102	0.0373	-0.1236	-0.0022	-0.0911	-17.568	39.561	-112.558
6	1.4268	0.7549	-0.9503	2.0118	-0.9274	2.8996	-0.0142	-0.089	-0.1266	0.0324	-0.0121	-0.0463	0.084	0.0577	0.0263	-0.2632	0.0196	-0.021	-0.1723	0.0229	-0.0525	-26.149	20.187	-90.879
7	1.0528	0.6836	0.2803	2.148	-0.5274	2.695	-0.0634	0.0091	0.053	-0.0198	0.1754	0.1855	-0.4847	-0.6189	-0.112	-0.2413	0.1138	0.0155	0.0098	0.0232	-0.1212	-33.766	73.463	-101.97
8	1.619	-0.5476	0.7222	0.9775	-0.7481	2.8303	-0.0227	-0.1401	-0.016	0.1884	0.0232	0.0854	-0.2195	-0.1939	-0.0005	-0.2189	-0.0084	0.0114	-0.1048	-0.0047	-0.1228	-22.348	60.168	-77.513
9	1.0471	-0.3617	-0.3805	2.2447	0.1326	1.9635	-0.0072	0.069	-0.1671	-0.2734	0.0463	0.2298	0.4062	0.0706	-0.0391	-0.1016	0.0084	-0.095	-0.1388	-0.0178	-0.0532	-33.433	-29.916	-80.948
10	1.7822	1.1765	0.1297	2.3483	-0.0543	0.6143	-0.0354	0.1231	0.1105	-0.1548	0.0354	0.0783	0.0387	0.0171	-0.0001	-0.2039	0.0296	-0.0074	-0.115	0.0288	-0.0822	-22.136	-2.11	-81.811
11	1.1735	-0.4641	0.2968	1.6727	0.7913	3.602	-0.1906	0.0267	0.0042	0.3093	-0.1302	0.2103	0.3063	-0.2187	0.3208	-0.2029	-0.0463	0.0796	-0.1349	-0.0406	-0.071	-33.15	40.857	-2.092
12	2.1405	-1.0258	-1.6801	2.4085	2.3134	2.7656	-0.159	0.1048	-0.16	0.3906	-0.0178	0.2371	0.5088	-0.1367	0.1768	-0.1329	-0.0397	0.0184	-0.1445	-0.0076	-0.0825	-21.949	25.599	-25.488

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 221
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	222 - 432
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 221
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	222 - 432
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	1 - 221
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	222 - 432
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	1 - 221
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	222 - 432
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	1 - 221
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	222 - 432
11	X-RAY DIFFRACTION	11	F	1 - 221
12	X-RAY DIFFRACTION	12	F	222 - 432

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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