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- PDB-2j3w: The crystal structure of the bet3-trs31-sedlin complex. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j3w
タイトルThe crystal structure of the bet3-trs31-sedlin complex.
要素
  • TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX PROTEIN 2
  • TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 3
  • ZGC 92866
キーワードTRANSPORT / MULTISUBUNIT TETHERING FACTOR / TRAPP / PALMITATE / LIPOPROTEIN / ER-GOLGI TRANSPORT / ENDOPLASMIC RETICULUM / TRANSCRIPTION / GOLGI APPARATUS / VESICLE TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


COPII-mediated vesicle transport / vesicle coating / vesicle tethering / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / TRAPPI protein complex / COPII-mediated vesicle transport / TRAPPII protein complex / TRAPPIII protein complex / TRAPP complex / COPII vesicle coating ...COPII-mediated vesicle transport / vesicle coating / vesicle tethering / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / TRAPPI protein complex / COPII-mediated vesicle transport / TRAPPII protein complex / TRAPPIII protein complex / TRAPP complex / COPII vesicle coating / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / transcription corepressor binding / Golgi membrane / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Beta-Lactamase - #70 / Trafficking protein particle complex subunit 3 / Trafficking protein particle complex subunit 2 / Sedlin, N-terminal conserved region / TRAPP I complex, subunit 5 / Bet3 family / Transport protein particle (TRAPP) component / Transport protein particle (TRAPP) component / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 / NO signalling/Golgi transport ligand-binding domain superfamily ...Beta-Lactamase - #70 / Trafficking protein particle complex subunit 3 / Trafficking protein particle complex subunit 2 / Sedlin, N-terminal conserved region / TRAPP I complex, subunit 5 / Bet3 family / Transport protein particle (TRAPP) component / Transport protein particle (TRAPP) component / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 / NO signalling/Golgi transport ligand-binding domain superfamily / Longin-like domain superfamily / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PALMITIC ACID / Trafficking protein particle complex subunit 3 / Trafficking protein particle complex subunit 5 / Trafficking protein particle complex subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
BRACHYDANIO RERIO (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Kim, Y.-G. / Oh, B.-H.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2006
タイトル: The Architecture of the Multisubunit Trapp I Complex Suggests a Model for Vesicle Tethering.
著者: Kim, Y.-G. / Raunser, S. / Munger, C. / Wagner, J. / Song, Y.-L. / Cygler, M. / Walz, T. / Oh, B.-H. / Sacher, M.
履歴
登録2006年8月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月26日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22013年8月7日Group: Other / Source and taxonomy
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX PROTEIN 2
B: ZGC 92866
C: TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX PROTEIN 2
D: TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 3
E: TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 3
F: ZGC 92866
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,9468
ポリマ－116,4336
非ポリマー5132
水3,873215
1
C: TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX PROTEIN 2
D: TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 3
F: ZGC 92866
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4734
ポリマ－58,2173
非ポリマー2561
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5090 Å2
ΔGint-41.5 kcal/mol
Surface area21370 Å2
手法PISA
2
A: TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX PROTEIN 2
B: ZGC 92866
E: TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4734
ポリマ－58,2173
非ポリマー2561
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5210 Å2
ΔGint-38.7 kcal/mol
Surface area21850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)232.211, 63.063, 72.018
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.72, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX PROTEIN 2 / SEDLIN


分子量: 16705.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PPROEXHTA, PET15B, PET30A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9CQP2
#2: タンパク質 ZGC 92866


分子量: 21059.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BRACHYDANIO RERIO (ゼブラフィッシュ)
プラスミド: PPROEXHTA, PET15B, PET30A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6DGL5
#3: タンパク質 TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 3 / BET3 HOMOLOG


分子量: 20452.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PPROEXHTA, PET15B, PET30A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O55013
#4: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化pH: 8
詳細: 20% (W/V) PEG3350, 0.2 M MGCL2, 2% (W/V) BENZAMIDINE AND 0.1 M TRIS HCL (PH 8.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 57111 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 29
反射 シェル最高解像度: 2.1 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 73.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→30 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2765 2892 4.7 %RANDOM
Rwork0.2296 ---
obs0.2296 57111 93.6 %-
溶媒の処理Bsol: 39.3699 Å2 / ksol: 0.347067 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.27 Å20 Å211.263 Å2
2--7.183 Å20 Å2
3----12.454 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7348 0 34 215 7597
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0073
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1519
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2PLM.PAR
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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