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- PDB-2j1d: Crystallization of hDaam1 C-terminal Fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j1d
タイトルCrystallization of hDaam1 C-terminal Fragment
要素DISHEVELED-ASSOCIATED ACTIVATOR OF MORPHOGENESIS 1
キーワードPROTEIN BINDING / ACTIN ASSEMBLY
機能・相同性
機能・相同性情報


presynaptic actin cytoskeleton organization / PCP/CE pathway / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / motile cilium / RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / stress fiber / RHO GTPases Activate Formins ...presynaptic actin cytoskeleton organization / PCP/CE pathway / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / motile cilium / RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / stress fiber / RHO GTPases Activate Formins / small GTPase binding / presynapse / actin binding / ciliary basal body / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Formin, FH2 domain / Diaphanous autoregulatory (DAD) domain / Diaphanous autoregulatory domain (DAD) profile. / Formin, FH3 domain / Formin, GTPase-binding domain / Diaphanous FH3 Domain / Diaphanous GTPase-binding Domain / Diaphanous FH3 Domain / Diaphanous GTPase-binding Domain ...: / Formin, FH2 domain / Diaphanous autoregulatory (DAD) domain / Diaphanous autoregulatory domain (DAD) profile. / Formin, FH3 domain / Formin, GTPase-binding domain / Diaphanous FH3 Domain / Diaphanous GTPase-binding Domain / Diaphanous FH3 Domain / Diaphanous GTPase-binding Domain / Rho GTPase-binding/formin homology 3 (GBD/FH3) domain / Rho GTPase-binding/formin homology 3 (GBD/FH3) domain profile. / Formin, FH2 domain / Formin, FH2 domain superfamily / Formin Homology 2 Domain / Formin homology-2 (FH2) domain profile. / Formin Homology 2 Domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Disheveled-associated activator of morphogenesis 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Lu, J. / Meng, W. / Poy, F. / Eck, M.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structure of the Fh2 Domain of Daam1: Implications for Formin Regulation of Actin Assembly.
著者: Lu, J. / Meng, W. / Poy, F. / Maiti, S. / Goode, B.L. / Eck, M.J.
履歴
登録2006年8月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: DISHEVELED-ASSOCIATED ACTIVATOR OF MORPHOGENESIS 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1903
ポリマ－56,0031
非ポリマー1872
水1,35175
1
G: DISHEVELED-ASSOCIATED ACTIVATOR OF MORPHOGENESIS 1
ヘテロ分子

G: DISHEVELED-ASSOCIATED ACTIVATOR OF MORPHOGENESIS 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,3796
ポリマ－112,0052
非ポリマー3744
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
Buried area10540 Å2
ΔGint-64.3 kcal/mol
Surface area41870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.897, 100.343, 148.397
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 DISHEVELED-ASSOCIATED ACTIVATOR OF MORPHOGENESIS 1 / DAAM1


分子量: 56002.605 Da / 分子数: 1 / 断片: FH2 DOMAIN, RESIDUES 596-1078 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET28 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y4D1
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.42 %
結晶化pH: 6.2 / 詳細: pH 6.20

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.008
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.008 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→20 Å / Num. obs: 24546 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 6.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.25→19.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 12.221 / SU ML: 0.156 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.283 / ESU R Free: 0.215 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 1500 6 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.22 23499 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.26 Å20 Å20 Å2
2--11.9 Å20 Å2
3----5.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→19.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3202 0 11 75 3288
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0223259
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.022324
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3071.984369
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90135683
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2155393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.35325.215163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.89115654
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4281521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2480
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023553
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02622
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.2737
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1880.22269
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1740.21596
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.21733
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1890.278
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2090.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2050.2100
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.5520.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8921.52594
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0571.5790
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.82423177
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.39831485
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0174.51192
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.31 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 18 -
Rwork0.242 296 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.77532.60431.66833.28710.72637.0474-0.37240.60530.6948-0.2309-0.04640.1702-0.5325-0.35410.4189-0.42280.1524-0.05610.0826-0.0405-0.229949.337132.788-41.1394
23.129-0.5539-1.18721.70650.08024.5541-0.14560.001-0.0609-0.02690.0008-0.24170.12-0.06720.1449-0.1581-0.0118-0.0333-0.0078-0.0261-0.124327.865923.5711-28.0768
31.1357-0.28161.8730.1488-0.18824.3836-0.1423-0.01950.0507-0.079-0.1542-0.0134-0.3064-0.10290.2965-0.0915-0.0019-0.03520.0062-0.0151-0.113233.852731.609713.7391
41.0953-1.16430.45765.9466-5.81818.2794-0.2444-0.2491-0.4278-0.27190.2892-0.02590.9938-0.2597-0.04480.1218-0.0161-0.03050.12160.14340.157242.54528.826841.6079
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1G601 - 653
2X-RAY DIFFRACTION2G683 - 768
3X-RAY DIFFRACTION3G769 - 961
4X-RAY DIFFRACTION4G962 - 1024

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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