PDB-2j0y: L-ficolin complexed to b-1,3-D-glucan

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2j0y

タイトル

L-ficolin complexed to b-1,3-D-glucan

要素

FICOLIN-2

キーワード

LECTIN / GLYCOPROTEIN / FICRINOGEN-LIKE / INNATE IMMUNITY / PATTERN RECOGNITION PROTEIN / COLLAGEN / IMMUNOLOGY / LECTIN- LIKE

機能・相同性

機能・相同性情報

mannan binding / recognition of apoptotic cell / Ficolins bind to repetitive carbohydrate structures on the target cell surface / Lectin pathway of complement activation / positive regulation of opsonization / opsonization / complement activation, lectin pathway / cell surface pattern recognition receptor signaling pathway / carbohydrate derivative binding / collagen trimer ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Garlatti, V. / Gaboriaud, C.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2007
タイトル: Structural Insights Into the Innate Immune Recognition Specificities of L- and H-Ficolins.
著者: Garlatti, V. / Belloy, N. / Martin, L. / Lacroix, M. / Matsushita, M. / Endo, Y. / Fujita, T. / Fontecilla-Camps, J.C. / Arlaud, G.J. / Thielens, N.M. / Gaboriaud, C.

履歴

登録	2006年8月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2019年4月3日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc ...entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb2j0y.ent.gz	216.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2j0y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/2j0y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/2j0y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2j0gC 2j0hC 2j1gC 2j2pC 2j3fC 2j3gC 2j3oC 2j3uC 2j5zC 2j60C 2j61C 2j64C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2j1g-1 2j3u-2 2j3u-1 2j3g-2 4r9j-d 2okk-d 4b2g-2 5ze3-2 2j3g-1 2j3f-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (8) #4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (8) #209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (8) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#83 - 2006年11月
フィブリン (Fibrin)
類似性 (8)
#4 - 2000年4月
コラーゲン (Collagen)
類似性 (1)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (8)
#209 - 2017年5月
組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (8)
#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
類似性 (1)
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抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#198 - 2016年6月
β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase)
類似性 (1)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (1)
#77 - 2006年5月
ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: FICOLIN-2

B: FICOLIN-2

C: FICOLIN-2

D: FICOLIN-2

E: FICOLIN-2

F: FICOLIN-2

ヘテロ分子

152 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FICOLIN-2

B: FICOLIN-2

C: FICOLIN-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: FICOLIN-2

E: FICOLIN-2

F: FICOLIN-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
76 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.080, 96.080, 140.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	2	A	79 - 84
2	1	1	2	B	79 - 84
3	1	1	2	C	79 - 84
4	1	1	2	D	79 - 84
5	1	1	2	E	79 - 84
6	1	1	2	F	79 - 84
1	2	1	2	A	87 - 96
2	2	1	2	B	87 - 96
3	2	1	2	C	87 - 96
4	2	1	2	D	87 - 96
5	2	1	2	E	87 - 96
6	2	1	2	F	87 - 96
1	3	1	2	A	106 - 121
2	3	1	2	B	106 - 121
3	3	1	2	C	106 - 121
4	3	1	2	D	106 - 121
5	3	1	2	E	106 - 121
6	3	1	2	F	106 - 121
1	4	1	2	A	123 - 157
2	4	1	2	B	123 - 157
3	4	1	2	C	123 - 157
4	4	1	2	D	123 - 157
5	4	1	2	E	123 - 157
6	4	1	2	F	123 - 157
1	5	1	2	A	184 - 191
2	5	1	2	B	184 - 191
3	5	1	2	C	184 - 191
4	5	1	2	D	184 - 191
5	5	1	2	E	184 - 191
6	5	1	2	F	184 - 191
1	6	1	2	A	248 - 271
2	6	1	2	B	248 - 271
3	6	1	2	C	248 - 271
4	6	1	2	D	248 - 271
5	6	1	2	E	248 - 271
6	6	1	2	F	248 - 271
1	1	2	2	C	224 - 231
2	1	2	2	B	224 - 231
3	1	2	2	E	224 - 231
4	1	2	2	F	224 - 231
1	1	3	2	C	273 - 286
2	1	3	2	A	273 - 286
3	1	3	2	D	273 - 286
4	1	3	2	F	273 - 286
1	1	4	2	B	273 - 286
2	1	4	2	E	273 - 286

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	FICOLIN-2 / COLLAGEN/FIBRINOGEN DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2 / FICOLIN-B / FICOLIN B / SERUM LECTIN P35 / EBP-37 ...COLLAGEN/FIBRINOGEN DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2 / FICOLIN-B / FICOLIN B / SERUM LECTIN P35 / EBP-37 / HUCOLIN / L-FICOLIN 分子量: 24729.318 Da / 分子数: 6 / 断片: C-TERMINAL BINDING DOMAIN, RESIDUES 96-313 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: PLASMA / 細胞株 (発現宿主): High Five 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q15485

#1: タンパク質

FICOLIN-2 / COLLAGEN/FIBRINOGEN DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2 / FICOLIN-B / FICOLIN B / SERUM LECTIN P35 / EBP-37 ...

分子量: 24729.318 Da / 分子数: 6 / 断片: C-TERMINAL BINDING DOMAIN, RESIDUES 96-313 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: PLASMA / 細胞株 (発現宿主): High Five
発現宿主:

SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q15485

-
糖 , 4種, 7分子

#2: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpb1-3DGlcpb1-3DGlcpb1-3DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1/a3-b1_b3-c1_c3-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#6: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#7: 糖

ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆

-
非ポリマー , 3種, 301分子

#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

構成要素の詳細	CALCIUM-DEPENDENT AND GLCNAC-BINDING LECTIN.
Has protein modification	Y
配列の詳細	C-TERMINAL DOMAIN CONFLICTS BETWEEN UNP SEQUENCE AND COORDINATES: THERE IS A DIFFERENCE BECAUSE ...C-TERMINAL DOMAIN CONFLICTS BETWEEN UNP SEQUENCE AND COORDINATES: THERE IS A DIFFERENCE BECAUSE POINTS OF POLYMORPHISM EXIST IN L FICOLIN FOR 247 AND 168. THE CDNA USED CORRESPONDS TO ONE WIDESPREAD ALLELE AND THE SEQUENCE IN UNP TO ANOTHER

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.8 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 1.0718
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0718 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→19.95 Å / Num. obs: 58888 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 12

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.35→19.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 16.678 / SU ML: 0.205 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.405 / ESU R Free: 0.251 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE A AND D CHAIN ARE NOT CLEARLY DEFINE IN DENSITY BECAUSE THEY ARE QUITE FLEXIBLE.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.242	2990	5 %	RANDOM
R_work	0.196	-	-	-
obs	0.198	56804	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.98 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.06 Å²	0.53 Å²	0 Å²
2-	-	1.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→19.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10125	0	215	294	10634

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	10650
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.303	1.935	14437
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.943	5	1250
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.979	23.622	566
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.904	15	1615
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.227	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	1485
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	8298
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.237	0.3	4938
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.328	0.5	7015
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.211	0.5	1002
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.255	0.3	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.334	0.5	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.679	2	6305
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.058	3	9866
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.231	3	5018
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.74	4	4571
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	364	tight positional	0	0.05
1	2	B	364	tight positional	0	0.05
1	3	C	364	tight positional	0	0.05
1	4	D	364	tight positional	0	0.05
1	5	E	364	tight positional	0	0.05
1	6	F	364	tight positional	0	0.05
2	1	C	32	tight positional	0	0.05
2	2	B	32	tight positional	0	0.05
2	3	E	32	tight positional	0	0.05
2	4	F	32	tight positional	0	0.05
3	1	C	44	tight positional	0	0.05
3	2	A	44	tight positional	0	0.05
3	3	D	44	tight positional	0	0.05
3	4	F	44	tight positional	0	0.05
4	1	B	56	tight positional	0	0.05
1	1	A	363	medium positional	0.08	0.5
1	2	B	363	medium positional	0.09	0.5
1	3	C	363	medium positional	0.07	0.5
1	4	D	363	medium positional	0.07	0.5
1	5	E	363	medium positional	0.09	0.5
1	6	F	363	medium positional	0.08	0.5
2	1	C	27	medium positional	0.1	0.5
2	2	B	27	medium positional	0.09	0.5
2	3	E	27	medium positional	0.08	0.5
2	4	F	27	medium positional	0.08	0.5
3	1	C	52	medium positional	0.07	0.5
3	2	A	52	medium positional	0.07	0.5
3	3	D	52	medium positional	0.07	0.5
3	4	F	52	medium positional	0.07	0.5
4	1	B	64	medium positional	0.03	0.5
1	1	A	364	tight thermal	0	0.5
1	2	B	364	tight thermal	0	0.5
1	3	C	364	tight thermal	0	0.5
1	4	D	364	tight thermal	0	0.5
1	5	E	364	tight thermal	0	0.5
1	6	F	364	tight thermal	0	0.5
2	1	C	32	tight thermal	0	0.5
2	2	B	32	tight thermal	0	0.5
2	3	E	32	tight thermal	0.01	0.5
2	4	F	32	tight thermal	0.01	0.5
3	1	C	44	tight thermal	0.01	0.5
3	2	A	44	tight thermal	0.01	0.5
3	3	D	44	tight thermal	0.01	0.5
3	4	F	44	tight thermal	0.01	0.5
4	1	B	56	tight thermal	0	0.5
1	1	A	363	medium thermal	0.06	2
1	2	B	363	medium thermal	0.06	2
1	3	C	363	medium thermal	0.06	2
1	4	D	363	medium thermal	0.05	2
1	5	E	363	medium thermal	0.06	2
1	6	F	363	medium thermal	0.06	2
2	1	C	27	medium thermal	0.06	2
2	2	B	27	medium thermal	0.07	2
2	3	E	27	medium thermal	0.06	2
2	4	F	27	medium thermal	0.06	2
3	1	C	52	medium thermal	0.05	2
3	2	A	52	medium thermal	0.06	2
3	3	D	52	medium thermal	0.06	2
3	4	F	52	medium thermal	0.08	2
4	1	B	64	medium thermal	0.03	2

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.43 Å / Total num. of bins used: 15 /

	R_factor	反射数
R_free	0.35	260
R_work	0.266	4942

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.538	6.0147	2.0596	16.9135	1.3397	1.2071	0.1641	-0.7302	-1.1037	-0.7453	-0.3944	-1.3906	-0.1471	0.0532	0.2303	-0.1108	0.1265	0.0938	-0.167	0.1101	0.0033	-49.526	39.425	7.329
2	1.4867	-0.7293	-0.3981	2.452	0.4125	2.2126	0.1763	0.0441	0.4673	-0.0859	0.122	-0.2053	-0.6467	-0.0355	-0.2983	-0.0932	0.0071	0.0946	-0.2301	0.0408	-0.057	-38.284	34.027	7.106
3	1.2694	-0.3967	0.234	2.9001	-2.1025	3.959	0.0225	-0.1809	-0.2116	0.3435	0.3178	0.6699	0.0181	-0.5102	-0.3402	-0.2024	-0.0153	0.0606	-0.1443	0.0469	-0.041	-42.225	42.564	2.285
4	21.4246	-1.122	2.5149	3.8993	0.5606	2.5459	-1.0082	-0.3217	-1.9558	-0.0742	0.6936	-0.2985	0.0079	-0.0363	0.3146	0.0062	0.114	0.1642	-0.2452	0.0307	0.0239	-9.363	7.14	-27.852
5	1.6737	-0.7005	0.1876	2.4807	-0.548	2.0358	0.1037	-0.0426	0.1062	0.0743	0.1811	0.5487	-0.3571	-0.4813	-0.2848	-0.1821	0.0578	0.0905	-0.1504	0.0593	-0.0532	-10.325	-5.295	-27.773
6	1.7976	-0.6637	-1.3716	1.8133	1.0597	3.6725	0.2849	0.3072	0.3367	-0.4397	-0.0732	-0.3355	-0.4546	0.0304	-0.2117	-0.1313	0.0049	0.0551	-0.1828	0.0531	-0.1118	-18.881	1.649	-24.755

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	75 - 288
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	75 - 288
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	75 - 288
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	75 - 288
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	75 - 288
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	75 - 288

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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