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- PDB-2j0o: Shigella Flexneri IpaD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j0o
タイトルShigella Flexneri IpaD
要素INVASIN IPAD
キーワードCELL INVASION / SHIGELLA FLEXNERI / TYPE III SECRETION / IPAD / T3SS / PLASMID / INVASIN / VIRULENCE
機能・相同性
機能・相同性情報


effector-mediated activation of programmed cell death in host / extracellular region
類似検索 - 分子機能
IpaD-like / IpaD-like / Type III secretion systems tip complex components / BipD-like superfamily / Type III secretion systems tip complex components / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Shigella flexneri 2a str. 301 (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Johnson, S. / Roversi, P. / Lea, S.M.
引用
ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2007
タイトル: Self-chaperoning of the type III secretion system needle tip proteins IpaD and BipD.
著者: Steven Johnson / Pietro Roversi / Marianela Espina / Andrew Olive / Janet E Deane / Susan Birket / Terry Field / William D Picking / Ariel J Blocker / Edouard E Galyov / Wendy L Picking / Susan M Lea /
要旨: Bacteria expressing type III secretion systems (T3SS) have been responsible for the deaths of millions worldwide, acting as key virulence elements in diseases ranging from plague to typhoid fever. ...Bacteria expressing type III secretion systems (T3SS) have been responsible for the deaths of millions worldwide, acting as key virulence elements in diseases ranging from plague to typhoid fever. The T3SS is composed of a basal body, which traverses both bacterial membranes, and an external needle through which effector proteins are secreted. We report multiple crystal structures of two proteins that sit at the tip of the needle and are essential for virulence: IpaD from Shigella flexneri and BipD from Burkholderia pseudomallei. The structures reveal that the N-terminal domains of the molecules are intramolecular chaperones that prevent premature oligomerization, as well as sharing structural homology with proteins involved in eukaryotic actin rearrangement. Crystal packing has allowed us to construct a model for the tip complex that is supported by mutations designed using the structure.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006
タイトル: Expression, Limited Proteolysis and Preliminary Crystallographic Analysis of Ipad, a Component of the Shigella Flexneri Type III Secretion System
著者: Johnson, S. / Roversi, P. / Espina, M. / Deane, J.E. / Birket, S. / Picking, W.D. / Blocker, A. / Picking, W.L. / Lea, S.M.
履歴
登録2006年8月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月28日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_variant / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INVASIN IPAD
B: INVASIN IPAD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,5893
ポリマ－70,4962
非ポリマー921
水37821
1
A: INVASIN IPAD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3402
ポリマ－35,2481
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: INVASIN IPAD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2481
ポリマ－35,2481
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)55.867, 100.693, 111.993
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-1, -0.00234, 0.0002), (-0.00234, 0.99992, 0.01279), (-0.00023, 0.01279, -0.99992)
ベクター: 56.02134, -0.49937, 98.56983)

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要素

#1: タンパク質 INVASIN IPAD / IPAD / 36 KDA MEMBRANE ANTIGEN


分子量: 35248.234 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 15-332 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri 2a str. 301 (フレクスナー赤痢菌)
プラスミド: PET-15B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P18013
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS IS THE N102H VARIANT (FROM PLASMID PMYSH6000 AND PLASMID PCP301). THE HIS IN THE SEQUENCE IS A ...THIS IS THE N102H VARIANT (FROM PLASMID PMYSH6000 AND PLASMID PCP301). THE HIS IN THE SEQUENCE IS A NATURALLY OCCURRING VARIANT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.48 %
結晶化pH: 8.5
詳細: 25-28 % (W/V) PEG 4000, 0.1 M TRIS-HCL, PH 8.5, 0.2 M MGCL2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→75 Å / Num. obs: 14594 / % possible obs: 90.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 3.9
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 68.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
直接法モデル構築
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
SOLOMON位相決定
直接法位相決定
直接法位相決定
TNT5.6.1精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3→20 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO / 詳細: REFINED IN BUSTER-TNT BETA 1.9.2 /
Rfactor反射数
Rwork0.235 -
all0.2368 -
obs0.235 12157
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET SCALING / Bsol: 145 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4422 0 6 21 4449
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00244943
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.5960643
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.0041482
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0096235
X-RAY DIFFRACTIONt_it0.614449420
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.02716110
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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