PDB-2j0g: L-ficolin complexed to N-acetyl-mannosamine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2j0g

タイトル

L-ficolin complexed to N-acetyl-mannosamine

要素

FICOLIN-2

キーワード

LECTIN / GLYCOPROTEIN / INNATE IMMUNITY / FIBRINOGEN-LIKE DOMAIN / COLLAGEN / IMMUNOLOGY / LECTIN-LIKE / PATTERN- RECOGNITION-PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

mannan binding / recognition of apoptotic cell / Ficolins bind to repetitive carbohydrate structures on the target cell surface / Lectin pathway of complement activation / positive regulation of opsonization / opsonization / cell surface pattern recognition receptor signaling pathway / complement activation, lectin pathway / carbohydrate derivative binding / collagen trimer ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Garlatti, V. / Gaboriaud, C.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2007
タイトル: Structural Insights Into the Innate Immune Recognition Specificities of L- and H-Ficolins.
著者: Garlatti, V. / Belloy, N. / Martin, L. / Lacroix, M. / Matsushita, M. / Endo, Y. / Fujita, T. / Fontecilla-Camps, J.C. / Arlaud, G.J. / Thielens, N.M. / Gaboriaud, C.

履歴

登録	2006年8月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2019年4月3日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc ...entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2j0g.cif.gz	259.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2j0g.ent.gz	213.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2j0g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2j0g_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2j0g_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	2j0g_validation.xml.gz	51.9 KB	表示
CIF形式データ	2j0g_validation.cif.gz	67.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/2j0g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/2j0g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2j0hC 2j0yC 2j1gC 2j2pC 2j3fC 2j3gC 2j3oC 2j3uC 2j5zC 2j60C 2j61C 2j64C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2j3g-1 2j0h-1 2j3f-2 4r9j-d 4nyt-d 2j3u-1 2j0y-2 2j1g-1 2j3f-1 2j2p-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (9) #4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (8) #209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (8) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#83 - 2006年11月
フィブリン (Fibrin)
類似性 (9)
#4 - 2000年4月
コラーゲン (Collagen)
類似性 (1)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (8)
#209 - 2017年5月
組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (8)
#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
類似性 (1)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (1)
#74 - 2006年2月
α-アミラーゼ (alpha-Amylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: FICOLIN-2

B: FICOLIN-2

C: FICOLIN-2

D: FICOLIN-2

E: FICOLIN-2

F: FICOLIN-2

ヘテロ分子

151 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FICOLIN-2

B: FICOLIN-2

C: FICOLIN-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: FICOLIN-2

E: FICOLIN-2

F: FICOLIN-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.940, 96.940, 139.470
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
1	2	C
2	2	B
3	2	E
4	2	F

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	2	A	79 - 84
2	1	1	2	B	79 - 84
3	1	1	2	C	79 - 84
4	1	1	2	D	79 - 84
5	1	1	2	E	79 - 84
6	1	1	2	F	79 - 84
1	2	1	2	A	87 - 96
2	2	1	2	B	87 - 96
3	2	1	2	C	87 - 96
4	2	1	2	D	87 - 96
5	2	1	2	E	87 - 96
6	2	1	2	F	87 - 96
1	3	1	2	A	106 - 121
2	3	1	2	B	106 - 121
3	3	1	2	C	106 - 121
4	3	1	2	D	106 - 121
5	3	1	2	E	106 - 121
6	3	1	2	F	106 - 121
1	4	1	2	A	123 - 157
2	4	1	2	B	123 - 157
3	4	1	2	C	123 - 157
4	4	1	2	D	123 - 157
5	4	1	2	E	123 - 157
6	4	1	2	F	123 - 157
1	5	1	2	A	184 - 191
2	5	1	2	B	184 - 191
3	5	1	2	C	184 - 191
4	5	1	2	D	184 - 191
5	5	1	2	E	184 - 191
6	5	1	2	F	184 - 191
1	6	1	2	A	248 - 271
2	6	1	2	B	248 - 271
3	6	1	2	C	248 - 271
4	6	1	2	D	248 - 271
5	6	1	2	E	248 - 271
6	6	1	2	F	248 - 271
1	7	1	2	A	273 - 286
2	7	1	2	B	273 - 286
3	7	1	2	C	273 - 286
4	7	1	2	D	273 - 286
5	7	1	2	E	273 - 286
6	7	1	2	F	273 - 286
1	1	2	2	C	224 - 231
2	1	2	2	B	224 - 231
3	1	2	2	E	224 - 231
4	1	2	2	F	224 - 231

NCSアンサンブル:

ID
1
2

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	FICOLIN-2 / COLLAGEN/FIBRINOGEN DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2 / L-FICOLIN / FICOLIN-B / SERUM LECTIN P35 / EBP-37 / HUCOLIN 分子量: 24729.318 Da / 分子数: 6 / 断片: BINDING DOMAIN, RESIDUES 97-313 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: PLASMA / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q15485

#1: タンパク質

FICOLIN-2 / COLLAGEN/FIBRINOGEN DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2 / L-FICOLIN / FICOLIN-B / SERUM LECTIN P35 / EBP-37 / HUCOLIN

分子量: 24729.318 Da / 分子数: 6 / 断片: BINDING DOMAIN, RESIDUES 97-313 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: PLASMA / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主:

TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q15485

-
糖 , 4種, 7分子

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-6DManpa1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-2-3/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c6-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(2+?)][]{[(?+2)][b-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(2+?)][]{[(?+2)][b-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 糖

ChemComp-BM3 / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-mannopyranose / 2-(アセチルアミノ)-2-デオキシ-α-D-マンノピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DManpNAca	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-a-D-mannopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
a-D-ManpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
ManNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#6: 糖

ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / α-D-マンノピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆

-
非ポリマー , 2種, 52分子

#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	C-TERMINAL DOMAIN CONFLICTS BETWEEN UNP SEQUENCE AND COORDINATES: THERE IS A DIFFERENCE BECAUSE ...C-TERMINAL DOMAIN CONFLICTS BETWEEN UNP SEQUENCE AND COORDINATES: THERE IS A DIFFERENCE BECAUSE POINTS OF POLYMORPHISM EXIST IN L FICOLIN FOR 247 AND 168. THE CDNA USED CORRESPONDS TO ONE WIDESPREAD ALLELE AND THE SEQUENCE IN UNP TO ANOTHER

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.47 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 33923 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.6

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.85→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.894 / SU B: 35.37 / SU ML: 0.322 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.414 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.248	1681	5 %	RANDOM
R_work	0.193	-	-	-
obs	0.196	31942	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.37 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.61 Å²	-0.3 Å²	0 Å²
2-	-	-0.61 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.85→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10328	0	186	46	10560

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	10819
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.394	1.927	14663
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.202	5	1287
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.768	23.644	579
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.408	15	1645
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.552	15	73
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	1487
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	8499
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.252	0.3	4755
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.336	0.5	7095
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.194	0.5	699
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.294	0.3	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.263	0.5	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.596	2	6446
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.998	3	10088
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.066	3	5057
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.58	4	4575
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	448	tight positional	0	0.05
1	2	B	448	tight positional	0	0.05
1	3	C	448	tight positional	0	0.05
1	4	D	448	tight positional	0	0.05
1	5	E	448	tight positional	0	0.05
1	6	F	448	tight positional	0	0.05
2	1	C	32	tight positional	0	0.05
2	2	B	32	tight positional	0	0.05
2	3	E	32	tight positional	0	0.05
2	4	F	32	tight positional	0	0.05
1	1	A	443	medium positional	0.1	0.5
1	2	B	443	medium positional	0.11	0.5
1	3	C	443	medium positional	0.11	0.5
1	4	D	443	medium positional	0.1	0.5
1	5	E	443	medium positional	0.11	0.5
1	6	F	443	medium positional	0.1	0.5
2	1	C	27	medium positional	0.12	0.5
2	2	B	27	medium positional	0.11	0.5
2	3	E	27	medium positional	0.12	0.5
2	4	F	27	medium positional	0.1	0.5
1	1	A	448	tight thermal	0	0.5
1	2	B	448	tight thermal	0	0.5
1	3	C	448	tight thermal	0	0.5
1	4	D	448	tight thermal	0	0.5
1	5	E	448	tight thermal	0	0.5
1	6	F	448	tight thermal	0	0.5
2	1	C	32	tight thermal	0	0.5
2	2	B	32	tight thermal	0	0.5
2	3	E	32	tight thermal	0	0.5
2	4	F	32	tight thermal	0	0.5
1	1	A	443	medium thermal	0.05	2
1	2	B	443	medium thermal	0.06	2
1	3	C	443	medium thermal	0.06	2
1	4	D	443	medium thermal	0.05	2
1	5	E	443	medium thermal	0.05	2
1	6	F	443	medium thermal	0.05	2
2	1	C	27	medium thermal	0.05	2
2	2	B	27	medium thermal	0.06	2
2	3	E	27	medium thermal	0.06	2
2	4	F	27	medium thermal	0.06	2

LS精密化シェル

解像度: 2.85→2.95 Å / Total num. of bins used: 15 /

	R_factor	反射数
R_free	0.384	163
R_work	0.31	3089

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3153	0.2133	0.1411	1.9207	-0.7583	2.2986	0.0017	-0.2499	-0.7408	0.0989	-0.0661	0.1872	0.008	0.1685	0.0644	0.158	0.092	0.0744	-0.0922	0.075	0.1368	46.868	39.643	4.418
2	1.4883	-0.4868	-0.104	2.9459	-0.0418	1.9173	0.1408	0.1196	0.3362	-0.0925	0.0126	-0.1939	-0.4031	0.1477	-0.1534	-0.0824	-0.0037	0.0683	-0.1412	0.0407	-0.0657	63.363	27.597	5.243
3	1.0656	-0.0982	-0.0269	3.4546	-2.1225	3.9585	-0.0447	-0.222	-0.0272	0.8311	0.1848	0.57	-0.4848	-0.3148	-0.1401	0.0492	0.0258	0.0855	-0.1018	0.0378	-0.0457	56.497	45.232	1.243
4	2.4679	-0.5587	1.1924	3.5333	0.9609	2.6306	-0.0507	0.2381	-0.6011	-0.2323	-0.0467	0.3561	-0.2451	0.0113	0.0974	-0.0836	-0.063	0.0046	0.2051	-0.1478	0.1424	10.917	4.445	15.589
5	3.567	0.5451	-0.0241	1.6667	0.3463	1.7102	-0.0026	-0.1803	0.2246	0.0358	0.247	-0.5159	-0.2524	0.6061	-0.2445	-0.1123	-0.0575	-0.0149	0.0861	-0.1663	0.0443	1.552	10.92	15.131
6	3.2881	1.0266	2.0752	1.3563	1.202	3.8747	-0.0971	0.9007	-0.6227	-0.2247	0.3068	-0.256	-0.0335	0.589	-0.2097	-0.086	-0.0591	0.0119	0.0898	-0.1498	-0.0051	10.888	15.628	18.795

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	76 - 287
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	75 - 288
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	75 - 288
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	75 - 288
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	75 - 288
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	77 - 288

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

-
糖 , 4種, 7分子

-
非ポリマー , 2種, 52分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

-糖 , 4種, 7分子

-非ポリマー , 2種, 52分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

-
糖 , 4種, 7分子

-
非ポリマー , 2種, 52分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)