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- PDB-2izw: Crystal structure of Ryegrass Mottle Virus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2izw
タイトルCrystal structure of Ryegrass Mottle Virus
要素RYEGRASS MOTTLE VIRUS COAT PROTEIN
キーワードVIRUS / RNA / ASSEMBLY / CAPSID PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral capsid / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Icosahedral viral capsid protein, S domain / Viral coat protein (S domain) / Jelly Rolls - #20 / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種RYEGRASS MOTTLE VIRUS (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Plevka, P. / Tars, K. / Zeltins, A. / Balke, I. / Truve, E. / Liljas, L.
引用ジャーナル: Virology / 年: 2007
タイトル: The Three-Dimensional Structure of Ryegrass Mottle Virus at 2.9 A Resolution.
著者: Plevka, P. / Tars, K. / Zeltins, A. / Balke, I. / Truve, E. / Liljas, L.
履歴
登録2006年7月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42019年2月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: RYEGRASS MOTTLE VIRUS COAT PROTEIN
B: RYEGRASS MOTTLE VIRUS COAT PROTEIN
C: RYEGRASS MOTTLE VIRUS COAT PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5723
ポリマ－76,5723
非ポリマー00
水00
1
A: RYEGRASS MOTTLE VIRUS COAT PROTEIN
B: RYEGRASS MOTTLE VIRUS COAT PROTEIN
C: RYEGRASS MOTTLE VIRUS COAT PROTEIN
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,594,299180
ポリマ－4,594,299180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: RYEGRASS MOTTLE VIRUS COAT PROTEIN
B: RYEGRASS MOTTLE VIRUS COAT PROTEIN
C: RYEGRASS MOTTLE VIRUS COAT PROTEIN
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 383 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)382,85815
ポリマ－382,85815
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: RYEGRASS MOTTLE VIRUS COAT PROTEIN
B: RYEGRASS MOTTLE VIRUS COAT PROTEIN
C: RYEGRASS MOTTLE VIRUS COAT PROTEIN
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 459 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)459,43018
ポリマ－459,43018
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: RYEGRASS MOTTLE VIRUS COAT PROTEIN
B: RYEGRASS MOTTLE VIRUS COAT PROTEIN
C: RYEGRASS MOTTLE VIRUS COAT PROTEIN
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 4.59 MDa, 180 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,594,299180
ポリマ－4,594,299180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation59
単位格子
Length a, b, c (Å)277.641, 298.719, 392.485
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.74, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.806549, 0.213728, -0.55118), (0.396439, 0.496092, 0.772482), (0.438537, -0.841554, 0.315393)66.5407, -101.36774, 38.71558
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18generate(-0.695113, -0.38515, 0.607024), (-0.38515, -0.513459, -0.766825), (0.607024, -0.766825, 0.208571)50.21389, 100.0826, 38.28054
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20generate(-0.576292, -0.750642, -0.323148), (-0.750642, 0.329838, 0.572489), (-0.323148, 0.572489, -0.753546)133.68904, -7.52757, 192.77741
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23generate(-0.100815, 0.994892, -0.005162), (-0.116674, -0.016975, -0.993025), (-0.98804, -0.099509, 0.117789)71.75061, 104.87654, 150.41057
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51generate(-0.316238, -0.515151, 0.796626), (-0.468049, 0.815129, 0.341314), (-0.825181, -0.264924, -0.498891)7.11043, -3.15966, 200.31049
52generate(-0.109938, -0.993555, 0.027609), (0.095323, 0.01711, 0.995299), (-0.989357, 0.112053, 0.092828)69.12923, -103.71759, 152.94225
53generate(-0.470447, -0.539626, -0.6982), (0.520141, -0.808737, 0.274587), (-0.712835, -0.233984, 0.661149)163.59722, -60.57557, 79.34508
54generate(-0.899554, 0.219321, -0.377758), (0.219321, -0.521119, -0.824823), (-0.377758, -0.824823, 0.420673)159.96284, 66.6456, 81.22776
55generate(-0.804248, 0.234448, 0.546095), (-0.391414, 0.482485, -0.783584), (-0.447192, -0.843945, -0.296271)63.24869, 102.13058, 155.9885
56generate(-0.485838, -0.858461, -0.164337), (0.757379, -0.319631, -0.569397), (0.436278, -0.4011, 0.805469)112.26999, 6.78843, -9.17011
57generate(-0.804248, -0.391414, -0.447192), (0.234448, 0.482485, -0.843945), (0.546095, -0.783584, -0.296271)160.59978, 67.54071, 91.70294
58generate(-0.999947, 0.010269, -0.000116), (0.010269, 0.99969, -0.022686), (-0.000116, -0.022686, -0.999743)129.44803, 1.55885, 196.00031
59generate(-0.802487, -0.208524, 0.559046), (0.39465, 0.517225, 0.759428), (-0.447511, 0.830058, -0.332772)61.8654, -99.97247, 159.58658
60generate(-0.48475, -0.745428, 0.457552), (0.856389, -0.298161, 0.421542), (-0.177805, 0.596185, 0.78291)51.24879, -96.74041, 32.78429

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要素

#1: タンパク質 RYEGRASS MOTTLE VIRUS COAT PROTEIN / COAT PROTEIN


分子量: 25523.885 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 2-235 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) RYEGRASS MOTTLE VIRUS (ウイルス) / 参照: UniProt: Q9E962

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶解説: NONE
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.3M LITHIUM SULPHATE, 0.05 M NATRIUM CITRATE, PH 3.0, 1% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→34.9 Å / Num. obs: 569869 / % possible obs: 40.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.5 % / Biso Wilson estimate: 28.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / 冗長度: 1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.06 / % possible all: 22.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CCP4Iモデル構築
SCALEPACKデータスケーリング
AVE位相決定
CNS位相決定
GLRF位相決定
CCP4I位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NG0

1ng0


解像度: 2.9→34.9 Å / Data cutoff high absF: 10376268.11 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: RESIDUAL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rwork0.294 ---
obs0.294 569869 40.5 %-
Rfree---DUE TO HIGH NON- CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY, R-FREE FOR VIRUSES IS ALWAYS VERY SIMILAR TO R- OBSERVED. THEREFORE, NO REFLECTIONS WERE SELECTED FOR R-FREE DETERMINATION.
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 22.1609 Å2 / ksol: 0.318571 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.04 Å20 Å2-2 Å2
2--19.91 Å20 Å2
3----6.87 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.55 Å0.56 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.95 Å0.94 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→34.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4324 0 0 0 4324
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.88
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Total num. of bins used: 6 /
Rfactor反射数
Rwork0.41 53405
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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