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- PDB-2iyn: The co-factor-induced pre-active conformation in PhoB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2iyn
タイトルThe co-factor-induced pre-active conformation in PhoB
要素PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION FACTOR / PHOSPHATE TRANSPORT / ACTIVATOR / SENSORY TRANSDUCTION / PHOSPHATE REGULATION / TWO-COMPONENT REGULATORY SYSTEM / ALPHA/BETA DOUBLY-WOUND FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type RNA polymerase holo enzyme binding / phosphate ion transport / phosphorelay response regulator activity / regulation of DNA-templated transcription initiation / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Signal transduction response regulator, phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. ...Signal transduction response regulator, phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Sola, M. / Drew, D.L. / Blanco, A.G. / Gomis-Ruth, F.X. / Coll, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / : 2006
タイトル: The Cofactor-Induced Pre-Active Conformation in Phob.
著者: Sola, M. / Drew, D.L. / Blanco, A.G. / Gomis-Ruth, F.X. / Coll, M.
履歴
登録2006年7月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB
B: PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB
C: PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6206
ポリマ-43,5473
非ポリマー733
1,946108
1
A: PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5402
ポリマ-14,5161
非ポリマー241
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5402
ポリマ-14,5161
非ポリマー241
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
C: PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5402
ポリマ-14,5161
非ポリマー241
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
4
A: PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB
B: PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0804
ポリマ-29,0322
非ポリマー492
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1370 Å2
ΔGint-29.6 kcal/mol
Surface area11740 Å2
手法PISA
5
C: PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB
ヘテロ分子

C: PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0804
ポリマ-29,0322
非ポリマー492
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area1310 Å2
ΔGint-30.6 kcal/mol
Surface area10450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.742, 105.829, 135.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB


分子量: 14515.757 Da / 分子数: 3 / 断片: RECEIVER DOMAIN, RESIDUES 1-127 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PBAT4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0AFJ5
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.55 %

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.837
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.837 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→45.2 Å / Num. obs: 20372 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 5.2

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.1.24 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.08→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 8.194 / SU ML: 0.212 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.295 / ESU R Free: 0.253 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.305 658 3.2 %RANDOM
Rwork0.231 ---
obs0.233 19679 91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.39 Å20 Å20 Å2
2---2.04 Å20 Å2
3----0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2741 0 3 108 2852
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222798
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5031.9763784
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7295337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2423
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022121
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.21372
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1860.2132
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.190.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2110.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7791.51716
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.40322790
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.35131082
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7334.5994
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.08→2.13 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.333 36
Rwork0.259 1189
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9465-1.73530.22637.67550.25662.7647-0.1074-0.12540.0674-0.13030.2176-0.75730.01780.0494-0.11030.10960.07840.10270.193-0.04130.247533.058-0.57519.047
26.2477-3.2566-0.75925.72210.27290.9919-0.15410.0850.14490.00390.1896-0.0146-0.0576-0.2809-0.03560.17810.10270.06730.22480.03390.025612.2221.55922.735
368.7192-0.7768-5.806838.8206-5.2718-12.10931.01330.91361.0363-1.5383-0.37682.01132.1687-1.8394-0.63650.5829-0.25420.10460.7006-0.15530.5311.7069.66417.655
42.76691.824-0.01064.0039-2.39543.8859-0.16950.04980.16710.3070.0924-0.1379-0.5695-0.06280.07710.39470.0448-0.08950.1784-0.02990.12118.09314.64-4.999
50.64380.1983-2.9023-0.8186-2.1689.9839-0.1594-0.04370.1328-0.3999-0.00080.0898-0.15030.09110.16020.246-0.009-0.02130.24340.04190.215816.7744.92712.869
61.06590.06590.28430.2652-0.43430.6499-0.0166-0.01380.04140.01240.0514-0.00650.0952-0.0711-0.03480.19450.07880.03270.27-0.02780.172520.4219.93413.957
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 86
2X-RAY DIFFRACTION1A96 - 121
3X-RAY DIFFRACTION2B1 - 84
4X-RAY DIFFRACTION2B98 - 124
5X-RAY DIFFRACTION3B85 - 97
6X-RAY DIFFRACTION4C3 - 84
7X-RAY DIFFRACTION4C97 - 122
8X-RAY DIFFRACTION5A1122
9X-RAY DIFFRACTION5B1125
10X-RAY DIFFRACTION5C1123
11X-RAY DIFFRACTION6A2001 - 2042
12X-RAY DIFFRACTION6B2001 - 2032
13X-RAY DIFFRACTION6C2001 - 2034

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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