PDB-2iyn: The co-factor-induced pre-active conformation in PhoB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2iyn

タイトル

The co-factor-induced pre-active conformation in PhoB

要素

PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB

キーワード

TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION FACTOR / PHOSPHATE TRANSPORT / ACTIVATOR / SENSORY TRANSDUCTION / PHOSPHATE REGULATION / TWO-COMPONENT REGULATORY SYSTEM / ALPHA/BETA DOUBLY-WOUND FOLD

機能・相同性

機能・相同性情報

bacterial-type RNA polymerase holo enzyme binding / phosphate ion transport / phosphorelay response regulator activity / regulation of DNA-templated transcription initiation / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Sola, M. / Drew, D.L. / Blanco, A.G. / Gomis-Ruth, F.X. / Coll, M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2006
タイトル: The Cofactor-Induced Pre-Active Conformation in Phob.
著者: Sola, M. / Drew, D.L. / Blanco, A.G. / Gomis-Ruth, F.X. / Coll, M.

履歴

登録	2006年7月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2019年7月24日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2iyn.cif.gz	82.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2iyn.ent.gz	63.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2iyn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2iyn_validation.pdf.gz	445 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2iyn_full_validation.pdf.gz	454.4 KB	表示
XML形式データ	2iyn_validation.xml.gz	16.1 KB	表示
CIF形式データ	2iyn_validation.cif.gz	22 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/2iyn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/2iyn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1b00 1gxp 1gxq 1qqi 1zes
類似構造データ	2whn-2 2hdx-4 2a9o-d 5i2l-d 5lbd-2 3wgd-5 6roz-1 3dav-1 4hu9-d 3wgd-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (12) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB

B: PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB

C: PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB

ヘテロ分子

43.6 kDa, 3 ポリマー
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1

A: PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
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4

A: PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB

B: PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
29.1 kDa, 2 ポリマー
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5

C: PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB

ヘテロ分子

C: PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
29.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	50.742, 105.829, 135.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB 分子量: 14515.757 Da / 分子数: 3 / 断片: RECEIVER DOMAIN, RESIDUES 1-127 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PBAT4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0AFJ5
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.55 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.837
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.837 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→45.2 Å / Num. obs: 20372 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 5.2

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.1.24 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.08→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / SU B: 8.194 / SU ML: 0.212 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.295 / ESU R Free: 0.253 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.305	658	3.2 %	RANDOM
R_work	0.231	-	-	-
obs	0.233	19679	91 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.36 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.39 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.08→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2741	0	3	108	2852

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	2798
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.503	1.976	3784
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.729	5	337
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	423
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2121
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	1372
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	132
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.19	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.211	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.779	1.5	1716
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.403	2	2790
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.351	3	1082
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.733	4.5	994
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.08→2.13 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.333	36
R_work	0.259	1189

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9465	-1.7353	0.2263	7.6755	0.2566	2.7647	-0.1074	-0.1254	0.0674	-0.1303	0.2176	-0.7573	0.0178	0.0494	-0.1103	0.1096	0.0784	0.1027	0.193	-0.0413	0.2475	33.058	-0.575	19.047
2	6.2477	-3.2566	-0.7592	5.7221	0.2729	0.9919	-0.1541	0.085	0.1449	0.0039	0.1896	-0.0146	-0.0576	-0.2809	-0.0356	0.1781	0.1027	0.0673	0.2248	0.0339	0.0256	12.22	21.559	22.735
3	68.7192	-0.7768	-5.8068	38.8206	-5.2718	-12.1093	1.0133	0.9136	1.0363	-1.5383	-0.3768	2.0113	2.1687	-1.8394	-0.6365	0.5829	-0.2542	0.1046	0.7006	-0.1553	0.531	1.706	9.664	17.655
4	2.7669	1.824	-0.0106	4.0039	-2.3954	3.8859	-0.1695	0.0498	0.1671	0.307	0.0924	-0.1379	-0.5695	-0.0628	0.0771	0.3947	0.0448	-0.0895	0.1784	-0.0299	0.1211	8.093	14.64	-4.999
5	0.6438	0.1983	-2.9023	-0.8186	-2.168	9.9839	-0.1594	-0.0437	0.1328	-0.3999	-0.0008	0.0898	-0.1503	0.0911	0.1602	0.246	-0.009	-0.0213	0.2434	0.0419	0.2158	16.774	4.927	12.869
6	1.0659	0.0659	0.2843	0.2652	-0.4343	0.6499	-0.0166	-0.0138	0.0414	0.0124	0.0514	-0.0065	0.0952	-0.0711	-0.0348	0.1945	0.0788	0.0327	0.27	-0.0278	0.1725	20.421	9.934	13.957

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 86
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	96 - 121
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 84
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	98 - 124
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	85 - 97
6	X-RAY DIFFRACTION	4	C	3 - 84
7	X-RAY DIFFRACTION	4	C	97 - 122
8	X-RAY DIFFRACTION	5	A	1122
9	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1125
10	X-RAY DIFFRACTION	5	C	1123
11	X-RAY DIFFRACTION	6	A	2001 - 2042
12	X-RAY DIFFRACTION	6	B	2001 - 2032
13	X-RAY DIFFRACTION	6	C	2001 - 2034

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