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- PDB-2iyk: Crystal structure of the UPF2-interacting domain of nonsense medi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2iyk
タイトルCrystal structure of the UPF2-interacting domain of nonsense mediated mRNA decay factor UPF1
要素REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 1
キーワードHYDROLASE / NMD / ZINC / UPF1 / HELICASE / ZINC-FINGER / NUCLEOTIDE-BINDING / SURVEILLANCE COMPLEX / NONSENSE-MEDIATED MRNA DECAY / ALTERNATIVE SPLICING / NONSENSE MEDIATED MRNA DECAY / ATP-BINDING / METAL-BINDING / PHOSPHORYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


double-stranded DNA helicase activity / supraspliceosomal complex / positive regulation of mRNA cis splicing, via spliceosome / exon-exon junction complex / telomere maintenance via semi-conservative replication / positive regulation of mRNA catabolic process / cell cycle phase transition / regulation of translational termination / histone mRNA catabolic process / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization ...double-stranded DNA helicase activity / supraspliceosomal complex / positive regulation of mRNA cis splicing, via spliceosome / exon-exon junction complex / telomere maintenance via semi-conservative replication / positive regulation of mRNA catabolic process / cell cycle phase transition / regulation of translational termination / histone mRNA catabolic process / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / regulation of telomere maintenance / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / DNA duplex unwinding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / telomeric DNA binding / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / cellular response to interleukin-1 / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / mRNA export from nucleus / helicase activity / P-body / cellular response to lipopolysaccharide / DNA replication / DNA helicase / chromosome, telomeric region / RNA helicase activity / RNA helicase / DNA repair / chromatin binding / protein-containing complex binding / chromatin / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Upf1 cysteine-histidine-rich (CH-rich) domain profile. / RNA helicase UPF1, 1B domain / RNA helicase (UPF2 interacting domain) / RNA helicase UPF1, 1B domain / RNA helicase UPF1, Cys/His rich zinc-binding domain / : / DNA2/NAM7 helicase, helicase domain / DNA2/NAM7-like helicase / AAA domain / Helicase/UvrB, N-terminal ...Upf1 cysteine-histidine-rich (CH-rich) domain profile. / RNA helicase UPF1, 1B domain / RNA helicase (UPF2 interacting domain) / RNA helicase UPF1, 1B domain / RNA helicase UPF1, Cys/His rich zinc-binding domain / : / DNA2/NAM7 helicase, helicase domain / DNA2/NAM7-like helicase / AAA domain / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulator of nonsense transcripts 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Kadlec, J. / Guilligay, D. / Ravelli, R.B. / Cusack, S.
引用ジャーナル: RNA / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of the Upf2-Interacting Domain of Nonsense-Mediated Mrna Decay Factor Upf1.
著者: Kadlec, J. / Guilligay, D. / Ravelli, R.B. / Cusack, S.
履歴
登録2006年7月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 1
B: REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8248
ポリマ－36,4322
非ポリマー3926
水00
1
A: REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4124
ポリマ－18,2161
非ポリマー1963
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4124
ポリマ－18,2161
非ポリマー1963
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)64.560, 72.980, 73.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROPROPROAA9 - 889 - 88
21PROPROPROPROBB9 - 889 - 88
12VALVALALAALAAA95 - 10495 - 104
22VALVALALAALABB95 - 10495 - 104
13TRPTRPTRPTRPAA119 - 159119 - 159
23TRPTRPTRPTRPBB119 - 159119 - 159

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.08963, -0.99565, -0.0254), (-0.99562, -0.08889, -0.02902), (0.02663, 0.02789, -0.99926)
ベクター: 14.87955, 17.0413, 16.57996)

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要素

#1: タンパク質 REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 1 / ATP-DEPENDENT HELICASE RENT1 / NONSENSE MRNA REDUCING FACTOR 1 / NORF1 / UP-FRAMESHIFT SUPPRESSOR 1 ...ATP-DEPENDENT HELICASE RENT1 / NONSENSE MRNA REDUCING FACTOR 1 / NORF1 / UP-FRAMESHIFT SUPPRESSOR 1 HOMOLOG / HUPF1 / UPF1


分子量: 18215.969 Da / 分子数: 2 / 断片: UPF2-INTERACTING DOMAIN, RESIDUES 115-272 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CYSTEINE-HISTIDINE RICH / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PPROEXHTB / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q92900, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
構成要素の詳細PART OF A POST-SPLICING MULTIPROTEIN COMPLEX. INVOLVED IN NONSENSE-MEDIATED DECAY (NMD) OF MRNAS ...PART OF A POST-SPLICING MULTIPROTEIN COMPLEX. INVOLVED IN NONSENSE-MEDIATED DECAY (NMD) OF MRNAS CONTAINING PREMATURE STOP CODONS. ESSENTIAL FOR EMBRYONIC VIABILITY.
配列の詳細FOUR RESIDUES AT THE N-TERMINUS ORIGINATING FROM THE VECTOR

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.2 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 30% PENTAERYTHRITOL ETHOXYLATE (15/4EO/OH) (V/V), 50 MM AMMONIUM SULPHATE,50 MM BIS-TRIS PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.2821
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2821 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→20 Å / Num. obs: 7000 / % possible obs: 90.9 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.95→3 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXD位相決定
SHARP位相決定
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.95→51.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.901 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.861 / SU B: 35.521 / SU ML: 0.338 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.484 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 315 4.5 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.223 6685 91.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 7.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20 Å20 Å2
2--0.17 Å20 Å2
3----0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→51.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2452 0 6 0 2458
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0222508
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2291.9393402
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3585308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.62524.561114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.01515438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.7041514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2376
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021886
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.21006
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.21687
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.10.251
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2640.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2710.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.291.51579
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.51622502
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.66531061
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.1564.5900
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1041 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
tight positional0.040.05
tight thermal0.050.5
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.03 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.257 26
Rwork0.277 523
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8576-0.30961.7633.20560.17897.69510.0670.059-0.0556-0.57220.08370.2930.292-0.1861-0.15070.2456-0.0532-0.01460.1960.0270.23613.2466-9.23448.2527
23.8075-0.94943.13911.2089-1.18473.9314-0.0080.3233-0.036-0.1246-0.0695-0.24160.04490.5960.07750.27730.01390.0060.24760.00480.22919.3349-10.381920.7306
36.9549-1.47771.08643.8902-1.57625.8245-0.1230.31030.4735-0.5230.15650.7307-0.0591-0.4922-0.03350.2942-0.1241-0.1720.11390.03170.3567-1.326-1.53224.852
44.1171-0.2115-2.09333.10810.97385.5344-0.0064-0.2359-0.04840.08960.1571-0.0644-0.06020.3349-0.15080.1717-0.0051-0.01360.2169-0.02340.190324.10714.67128.3252
51.7841-1.8248-2.02234.70262.82455.4563-0.1528-0.0376-0.4250.16020.07740.18490.64190.29420.07530.2352-0.0083-0.0260.2070.00810.227326.4854-1.981-3.8898
65.7387-0.1067-1.1587.82510.71285.43820.0919-0.4690.50080.34740.14470.6004-0.5389-0.269-0.2366-0.0126-0.00390.05550.2759-0.09260.152815.948318.288111.6759
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 73
2X-RAY DIFFRACTION2A74 - 130
3X-RAY DIFFRACTION3A131 - 162
4X-RAY DIFFRACTION4B8 - 72
5X-RAY DIFFRACTION5B73 - 130
6X-RAY DIFFRACTION6B131 - 162

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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