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- PDB-2iy4: X-ray structure of Dps from Listeria monocytogenes -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2iy4
タイトルX-ray structure of Dps from Listeria monocytogenes
要素NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / IRON / IRON STORAGE / METAL-BINDING / OXIDATIVE DAMAGE / DPSLM (DNA-BINDING PROTEIN FROM STARVED CELLS) FROM LISTER IRON-INCORPORATION / METAL-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / oxidoreductase activity, acting on metal ions / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dps protein family signature 2. / Dps protein family signature 1. / DNA-binding protein Dps, conserved site / DNA-binding protein Dps / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily ...Dps protein family signature 2. / Dps protein family signature 1. / DNA-binding protein Dps, conserved site / DNA-binding protein Dps / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA protection during starvation protein
類似検索 - 構成要素
生物種LISTERIA MONOCYTOGENES (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Ilari, A. / Bellapadrona, G. / Stefanini, S. / Chiancone, E.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2007
タイトル: The Mutations Lys 114 --> Gln and Asp 126 --> Asn Disrupt an Intersubunit Salt Bridge and Convert Listeria Innocua Dps Into its Natural Mutant Listeria Monocytogenes Dps. Effects on ...タイトル: The Mutations Lys 114 --> Gln and Asp 126 --> Asn Disrupt an Intersubunit Salt Bridge and Convert Listeria Innocua Dps Into its Natural Mutant Listeria Monocytogenes Dps. Effects on Protein Stability at Low Ph.
著者: Bellapadrona, G. / Chiaraluce, R. / Consalvi, V. / Ilari, A. / Stefanini, S. / Chiancone, E.
履歴
登録2006年7月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
B: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
C: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
D: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
E: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
F: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
G: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
H: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
I: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
J: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
K: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
L: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
M: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
N: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
O: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
P: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
Q: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
R: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
S: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
T: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
U: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
V: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
X: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
Y: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)434,98548
ポリマ－433,64424
非ポリマー1,34024
水33,1661841
1
A: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
B: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
C: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
D: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
E: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
F: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
G: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
H: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
I: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
J: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
K: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
L: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,43623
ポリマ－216,82212
非ポリマー61411
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
M: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
N: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
O: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
P: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
Q: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
R: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
S: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
T: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
U: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
V: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
X: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
Y: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,54825
ポリマ－216,82212
非ポリマー72613
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)89.288, 172.708, 135.312
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.11, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
91I
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111K
121L
12M
22N
32O
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52Q
62R
72S
82T
92U
102V
112X
122Y

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A7 - 156
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NCSアンサンブル:
ID
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2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.66987, -0.43939, 0.5985), (-0.42564, -0.43323, -0.79445), (0.60836, -0.78692, 0.10318)87.94193, 44.36348, -16.10238
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7given(0.89827, -0.30564, 0.31575), (-0.42255, -0.40336, 0.81164), (-0.12071, -0.86249, -0.49147)9.9426, 43.83567, 20.36374
8given(-0.27109, -0.5026, 0.82092), (0.94977, -0.27822, 0.1433), (0.15637, 0.81853, 0.55277)69.94353, -24.77862, -21.06433
9given(-0.48846, -0.11163, 0.86541), (-0.14353, 0.98855, 0.0465), (-0.8607, -0.1015, -0.4989)73.90559, 7.33132, 43.50167
10given(0.90005, -0.41847, -0.12165), (-0.3068, -0.41022, -0.85883), (0.30949, 0.81031, -0.4976)11.92862, 38.14132, -28.36028
11given(-0.27449, 0.94807, 0.16066), (-0.49535, -0.28262, 0.82143), (0.82418, 0.14589, 0.54721)46.00891, 45.39384, -42.44532
12given(-0.13093, -0.4224, -0.8969), (0.95504, -0.29649, 0.00022), (-0.26601, -0.85655, 0.44223)61.66048, -24.6578, 27.29772
13given(-0.26981, -0.44023, 0.85639), (-0.94524, 0.29072, -0.14835), (-0.18366, -0.84952, -0.49456)24.37774, 24.29491, 89.20048
14given(0.89053, -0.36786, 0.26766), (0.41073, 0.39715, -0.82072), (0.19561, 0.8408, 0.50476)-32.87338, -43.1897, 42.77665
15given(-0.19917, 0.95201, -0.23241), (0.40825, 0.29621, 0.86348), (0.89088, 0.0771, -0.44765)-2.1296, -41.35884, 21.74933
16given(-0.42068, -0.15263, -0.89428), (0.12718, -0.98593, 0.10844), (-0.89825, -0.06812, 0.43418)26.9893, -6.28697, 110.91061
17given(0.92547, -0.34899, -0.14734), (0.29503, 0.42007, 0.85819), (-0.23761, -0.8377, 0.49173)-34.66243, -37.87757, 91.54849
18given(-0.55359, -0.12697, 0.82305), (0.13895, -0.98854, -0.05904), (0.82111, 0.08168, 0.56489)33.11501, -6.91447, 25.1215
19given(-0.1593, -0.47556, -0.86514), (-0.95656, 0.29109, 0.01613), (0.24417, 0.83013, -0.50127)19.80008, 24.68988, 40.84167
20given(-0.20431, 0.95969, 0.19303), (0.51532, 0.2731, -0.81232), (-0.83229, -0.0665, -0.55034)-1.83071, -46.12675, 107.70573
21given(-0.54204, -0.48995, -0.68275), (0.54776, 0.41015, -0.7292), (0.6373, -0.76924, 0.04606)38.59351, -50.07966, 48.04673
22given(0.15254, 0.98821, -0.01284), (-0.98616, 0.15134, -0.06767), (-0.06493, 0.02298, 0.99763)-19.53154, 28.31102, 68.88398
23given(0.99724, -0.01303, 0.07307), (-0.01426, -0.99976, 0.0164), (0.07284, -0.01739, -0.99719)-44.08088, 0.77736, 62.83349
24given(-0.61206, -0.49318, 0.61819), (0.44439, 0.43212, 0.78472), (-0.65415, 0.75501, -0.04532)41.8353, -45.34182, 85.24316

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要素

#1: タンパク質 ...
NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN / FERRITIN-LIKE PROTEIN / DPS FROM LISTERIA MONOCYTOGENES


分子量: 18068.516 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) LISTERIA MONOCYTOGENES (バクテリア)
プラスミド: PET11A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8Y8G1
#2: 化合物...
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1841 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.91 %
結晶化pH: 7 / 詳細: PEG 400 15-30 % W/V, HEPES 0.1 M PH=7.0, pH 7.00

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.2
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 179045 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0005 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QGH

1qgh


解像度: 2.31→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 7.413 / SU ML: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.359 / ESU R Free: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 8944 5 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.185 169821 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.43 Å20 Å2-0.76 Å2
2--1.56 Å20 Å2
3----2.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29398 0 24 1841 31263
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02230078
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2461.9540582
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.35553587
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.56825.7171569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.318155492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4761572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.24412
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0222760
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.216465
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.220860
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1470.21890
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X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2620.289
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1460.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7361.518570
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.838228913
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.403312968
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2334.511669
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1218medium positional0.480.5
12B1218medium positional0.420.5
13C1218medium positional0.50.5
14D1218medium positional0.370.5
15E1218medium positional0.470.5
16F1218medium positional0.460.5
17G1218medium positional0.470.5
18H1218medium positional0.450.5
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110J1218medium positional0.390.5
111K1218medium positional0.580.5
112L1218medium positional0.460.5
21M1211medium positional0.270.5
22N1211medium positional0.380.5
23O1211medium positional0.310.5
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27S1211medium positional0.380.5
28T1211medium positional0.430.5
29U1211medium positional0.420.5
210V1211medium positional0.380.5
211X1211medium positional0.370.5
212Y1211medium positional0.560.5
11A1218medium thermal0.642
12B1218medium thermal0.532
13C1218medium thermal0.62
14D1218medium thermal0.712
15E1218medium thermal0.522
16F1218medium thermal0.62
17G1218medium thermal0.532
18H1218medium thermal0.742
19I1218medium thermal0.532
110J1218medium thermal0.552
111K1218medium thermal0.632
112L1218medium thermal0.512
21M1211medium thermal0.62
22N1211medium thermal0.672
23O1211medium thermal0.522
24P1211medium thermal0.682
25Q1211medium thermal0.522
26R1211medium thermal0.612
27S1211medium thermal0.62
28T1211medium thermal0.512
29U1211medium thermal0.562
210V1211medium thermal0.582
211X1211medium thermal0.512
212Y1211medium thermal0.612
LS精密化 シェル解像度: 2.31→2.37 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.304 595
Rwork0.228 11612

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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