PDB-2ix1: RNase II D209N mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ix1

タイトル

RNase II D209N mutant

要素

5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP *AP*AP*A)-3'
EXORIBONUCLEASE 2

キーワード

HYDROLASE / S1 / RNA / CSD / RNB / NUCLEASE / RNASE II / RNA- BINDING / EXONUCLEASE

機能・相同性

機能・相同性情報

exoribonuclease II / exoribonuclease II activity / tRNA decay / mRNA catabolic process / 3'-5' exonuclease activity / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

ESCHERICHIA COLI BL21 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.74 Å

データ登録者

Frazao, C. / McVey, C.E. / Amblar, M. / Barbas, A. / Vonrhein, C. / Arraiano, C.M. / Carrondo, M.A.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2006
タイトル: Unravelling the Dynamics of RNA Degradation by Ribonuclease II and its RNA-Bound Complex
著者: Frazao, C. / Mcvey, C.E. / Amblar, M. / Barbas, A. / Vonrhein, C. / Arraiano, C.M. / Carrondo, M.A.

履歴

登録	2006年7月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2019年3月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.4	2019年7月24日	Group: Data collection / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity / entity_src_nat / Item: _entity.src_method
改定 1.5	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	2ix1_full_validation.pdf.gz	471.7 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/2ix1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/2ix1	HTTPS FTP

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関連構造データ

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シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
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登録構造単位

A: EXORIBONUCLEASE 2

B: 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP *AP*AP*A)-3'

ヘテロ分子

78.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.316, 86.316, 279.245
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	EXORIBONUCLEASE 2 / RNASE II D209N MUTANT / EXORIBONUCLEASE II / RIBONUCLEASE II / RNASE II 分子量: 74683.062 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 6-644 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: C600 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P30850, exoribonuclease II
#2: RNA鎖	5'-D(APAPAPAPAPAPAPAPAPAP APAPA)-3' 分子量: 4234.718 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然詳細: CHAIN B CONSISTS OF A 13 NUCLEOTIDE RNA FRAGMENT TRAPPED BY THE INACTIVE RNASE II D209N MUTANT DURING PURIFICATION. IT WAS PUTATIVELY MODELLED AS A POLY-ADENINE OLIGONUCLEOTIDE. 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI BL21(DE3)* (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 209 TO ASN
配列の詳細	N-TERMINAL HIS-TAGGED PROTEIN, WHERE THE FIRST 5 RESIDUES, MFQDN, ARE REPLACED BY ...N-TERMINAL HIS-TAGGED PROTEIN, WHERE THE FIRST 5 RESIDUES, MFQDN, ARE REPLACED BY MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMLEAD. N- TERMINUS INVISIBLE IN ELECTRON DENSITY.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: VAPOUR DIFFUSION IN SITTING DROPS WITH 1.5 MICRO-L OF PROTEIN SOLUTION, 20 MM TRIS-HCL PH 8, 150 MM NACL, 10% GLYCEROL AND 1 MM DTT, AND 1.5 MICRO-L OF WELL SOLUTION,2.4 M SODIUM MALONATE PH 6.0, AT 293 K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.934
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.74→51 Å / Num. obs: 30737 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.2 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 28.6
反射シェル	解像度: 2.74→2.85 Å / R_merge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SHARP		モデル構築
SCALEPACK		データスケーリング
SHELXCD		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		位相決定
SHARP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.74→29.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 21.858 / SU ML: 0.217 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.445 / ESU R Free: 0.272 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DISORDERED C-TERMINUS WAS NOT MODELLED.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.225	1547	5 %	RANDOM
R_work	0.185	-	-	-
obs	0.187	29091	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.83 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.06 Å²	-0.03 Å²	0 Å²
2-	-	-0.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.74→29.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5092	287	1	48	5428

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	5533
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.428	2.03	7559
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.408	5	642
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.052	23.516	256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.332	15	910
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.713	15	51
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	849
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4124
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	2446
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.313	0.2	3690
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	200
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.218	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.092	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.003	2	3278
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.396	3	5174
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.874	4	2598
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.574	6	2385
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.74→2.81 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.403	99
R_work	0.356	2144

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.7757	2.261	2.3797	17.9893	2.8253	4.9508	0.2851	-0.3981	0.412	1.7131	-0.0225	-1.598	0.1715	0.7118	-0.2626	0.2309	-0.0671	-0.0795	0.0251	0.0041	0.0528	27.612	71.6152	12.8406
2	3.2043	0.1693	-0.9094	7.0158	-4.074	7.508	0.2245	0.065	-0.1889	-0.552	-0.4543	-0.2307	0.4545	0.2512	0.2298	0.1993	-0.1052	0.0377	-0.0273	0.073	0.085	24.8443	49.0548	11.6725
3	3.1684	-0.0946	1.0631	4.19	-2.3976	5.3882	0.0159	-0.2956	0.1075	0.3575	-0.3305	-0.5522	-0.7177	0.8593	0.3146	0.0835	-0.2201	-0.0031	0.1318	0.1196	0.085	29.8942	39.3641	33.6623
4	1.9691	0.7964	-0.132	1.1661	-0.1439	1.5785	-0.0552	-0.1281	-0.036	0.0705	-0.0601	-0.0159	-0.0047	-0.0595	0.1153	0.1043	0.0155	0.0032	0.1005	0.0431	0.1166	-0.041	18.8587	41.4269
5	1.4366	0.2113	0.2932	1.753	0.0103	3.1328	-0.0743	0.0661	-0.2137	-0.1397	0.0099	0.0113	0.46	-0.1789	0.0644	0.0828	-0.0758	0.0382	0.0522	0.0256	0.1173	-11.2346	6.8759	33.1064
6	17.1143	2.5932	9.2357	3.9894	2.9091	10.8133	-0.2308	0.0093	-1.0479	-0.2991	0.0258	-0.3289	0.1604	-0.3587	0.205	0.0991	-0.0053	0.2015	-0.0199	0.0493	0.2398	11.962	10.5093	26.035
7	0.3638	-0.1332	0.3153	0.0993	-0.4845	2.9677	-0.1135	0.1075	0.0983	-0.1295	-0.0129	0.0374	-0.4119	-0.0372	0.1264	0.1229	-0.0261	-0.0511	0.0198	0.0211	0.0921	-8.852	25.6998	18.9505
8	5.8284	0.0773	-0.7771	0.8335	-0.2913	1.0865	0.171	0.1172	0.703	-0.049	-0.1624	0.091	-0.3719	-0.1384	-0.0086	0.1867	0.0087	-0.0368	0.0427	0.0037	0.1873	-2.0734	29.7436	35.0879
9	4.5381	-0.2312	2.0751	2.1922	-1.1966	6.743	-0.0742	0.902	-0.0172	-0.322	0.0355	0.0263	-0.1004	0.6479	0.0387	-0.0203	0.0136	0.1212	0.1179	0.0023	0.0979	19.8017	19.4618	8.1427

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 21
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	22 - 82
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	83 - 150
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	151 - 265
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	266 - 358
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	359 - 382
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	383 - 507
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	508 - 549
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	550 - 643

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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