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万見
- PDB-2ivh: Crystal structure of the nuclease domain of ColE7 (H545Q mutant) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ivh
タイトルCrystal structure of the nuclease domain of ColE7 (H545Q mutant) in complex with an 18-bp duplex DNA
要素
  • 5'-D(*GP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*AP*TP *CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*C)-3'
  • COLCIN-E7
キーワードHYDROLASE / BACTERIOCIN / ENDONUCLEASE / ANTIMICROBIAL / METAL-BINDING / HYDROLASE-DNA COMPLEX / ZINC / PLASMID / NUCLEASE / ANTIBIOTIC
機能・相同性
機能・相同性情報


extrachromosomal circular DNA / endonuclease activity / killing of cells of another organism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / defense response to bacterium / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Colicin E7 immunity protein; Chain B, fragment: Endonuclease domain / Colicin/pyocin, DNase domain / Colicin/pyocin, DNase domain superfamily / Colicin/Pyocin-S2, DNase domain / Colicin, receptor domain / Coiled-coil receptor-binding R-domain of colicin E2 / Cloacin colicin family / Colicin-like bacteriocin tRNase domain / Pyosin/cloacin translocation domain / Pyosin/cloacin translocation domain superfamily ...Colicin E7 immunity protein; Chain B, fragment: Endonuclease domain / Colicin/pyocin, DNase domain / Colicin/pyocin, DNase domain superfamily / Colicin/Pyocin-S2, DNase domain / Colicin, receptor domain / Coiled-coil receptor-binding R-domain of colicin E2 / Cloacin colicin family / Colicin-like bacteriocin tRNase domain / Pyosin/cloacin translocation domain / Pyosin/cloacin translocation domain superfamily / HNH nucleases / HNH nuclease / His-Me finger superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Colicin-E7
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Wang, Y.T. / Yang, W.J. / Li, C.L. / Doudeva, L.G. / Yuan, H.S.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2007
タイトル: Structural Basis for Sequence-Dependent DNA Cleavage by Nonspecific Endonucleases.
著者: Wang, Y.T. / Yang, W.J. / Li, C.L. / Doudeva, L.G. / Yuan, H.S.
履歴
登録2006年6月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COLCIN-E7
B: 5'-D(*GP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*AP*TP *CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*C)-3'
C: 5'-D(*GP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*AP*TP *CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7484
ポリマ－25,6833
非ポリマー651
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)106.800, 106.800, 60.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 COLCIN-E7


分子量: 14651.606 Da / 分子数: 1 / 断片: NUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 449-576 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: W3110 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15
参照: UniProt: Q47112, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*AP*TP *CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*C)-3'


分子量: 5515.591 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THIS PLASMID-CODED BACTERICIDAL PROTEIN IS AN ENDONUCLEASE ACTIVE ON BOTH SINGLE- AND DOUBLE- ...THIS PLASMID-CODED BACTERICIDAL PROTEIN IS AN ENDONUCLEASE ACTIVE ON BOTH SINGLE- AND DOUBLE-STRANDED DNA BUT WITH UNDEFINED SPECIFICITY. ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, HIS 545 TO GLN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.8 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD BY MIXING 1 MICRO L COMPLEX SOLUTION AND 1 MICRO L RESERVOIR SOLUTION CONSISTING OF 40 % MPD, 0.4 M AMMONIUM FORMATE AND 0.1 M ACETATE BUFFER (PH4.8) AT ...詳細: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD BY MIXING 1 MICRO L COMPLEX SOLUTION AND 1 MICRO L RESERVOIR SOLUTION CONSISTING OF 40 % MPD, 0.4 M AMMONIUM FORMATE AND 0.1 M ACETATE BUFFER (PH4.8) AT ROOM TEMPERATURE., pH 4.80

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月14日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 9047 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.74 % / Biso Wilson estimate: 36.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 31.7
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 6.05 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PT3

1pt3


解像度: 2.8→47.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 106441.89 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 919 10.5 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.193 8744 97.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.0364 Å2 / ksol: 0.307386 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 45.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.91 Å20 Å20 Å2
2---4.91 Å20 Å2
3---9.82 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.5 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→47.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1006 732 1 87 1826
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.17
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.371.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it7.522
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it8.172
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it11.112.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.035 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.408 137 10.1 %
Rwork0.322 1225 -
obs--93.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA-VVN.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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