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- PDB-2iv3: Crystal structure of AviGT4, a glycosyltransferase involved in Av... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2iv3
タイトルCrystal structure of AviGT4, a glycosyltransferase involved in Avilamycin A biosynthesis
要素GLYCOSYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / GLYCOSYLTRANSFERASE / ANTIBIOTICS / FAMILY GT-4 / AVILAMYCIN A
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosyltransferase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 1 / Glycosyl transferases group 1 / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Putative glycosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOMYCES VIRIDOCHROMOGENES (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Martinez-Fleites, C. / Proctor, M. / Roberts, S. / Bolam, D.N. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2006
タイトル: Insights Into the Synthesis of Lipopolysaccharide and Antibiotics Through the Structures of Two Retaining Glycosyltransferases from Family Gt4
著者: Martinez-Fleites, C. / Proctor, M. / Roberts, S. / Bolam, D.N. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J.
履歴
登録2006年6月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLYCOSYLTRANSFERASE
B: GLYCOSYLTRANSFERASE
C: GLYCOSYLTRANSFERASE
D: GLYCOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,54912
ポリマ－144,5644
非ポリマー1,9858
水7,963442
1
A: GLYCOSYLTRANSFERASE
B: GLYCOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,2746
ポリマ－72,2822
非ポリマー9934
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: GLYCOSYLTRANSFERASE
D: GLYCOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,2746
ポリマ－72,2822
非ポリマー9934
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)51.470, 74.370, 90.640
Angle α, β, γ (deg.)89.99, 92.70, 100.73
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A1 - 1000
2114B1 - 1000
3114C1 - 1000
4114D1 - 1000

-
要素

#1: タンパク質
GLYCOSYLTRANSFERASE / AVIGT4


分子量: 36140.930 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOMYCES VIRIDOCHROMOGENES (バクテリア)
解説: DSM 40721 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q93KV2
#2: 化合物
ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 442 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 %
結晶化詳細: 18% PEG 3350, 0.2M LI2SO4, 0.1M MES PH6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 56829 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 92.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2IUY

2iuy


解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / SU B: 18.759 / SU ML: 0.231 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.473 / ESU R Free: 0.286 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 2869 5 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.21 53958 97.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.98 Å2-0.19 Å2-0.04 Å2
2--0.62 Å20 Å2
3---0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10034 0 124 442 10600
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.02210469
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7041.9714331
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.52951345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.08722.19420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.785151441
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.371596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.21579
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.028124
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2370.25364
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3160.26942
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1980.2628
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2870.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2290.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.551.56856
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.825210746
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.47934137
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1124.53584
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2507 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.40.5
2Bmedium positional0.440.5
3Cmedium positional0.410.5
4Dmedium positional0.410.5
1Amedium thermal0.772
2Bmedium thermal0.782
3Cmedium thermal0.742
4Dmedium thermal0.732
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.357 214
Rwork0.266 3557
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9817-0.89220.87471.7864-0.06991.92950.0521-0.03350.14020.0742-0.0289-0.17530.08310.0664-0.0232-0.1772-0.0422-0.004-0.0699-0.0095-0.052612.796610.14469.8803
21.30661.0063-0.76422.3829-0.59961.8922-0.02170.0734-0.04760.09550.0464-0.04730.14140.0554-0.0247-0.14690.01460.009-0.0747-0.0218-0.08667.478333.836931.0663
31.28760.46090.85121.63450.39371.90210.07230.0430.02410.0709-0.0025-0.04360.0408-0.0781-0.0698-0.08020.0307-0.0142-0.08420.0073-0.1053-3.7574-30.8128-15.3584
41.4874-0.5493-0.80371.04680.46411.86210.0503-0.00930.0010.108-0.01410.039-0.1375-0.0819-0.0361-0.0368-0.01260.0181-0.09710.0382-0.0966-6.5673-6.7282-36.2587
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A13 - 352
2X-RAY DIFFRACTION1A1353 - 1354
3X-RAY DIFFRACTION2B13 - 352
4X-RAY DIFFRACTION2B1353 - 1354
5X-RAY DIFFRACTION3C13 - 352
6X-RAY DIFFRACTION3C1353 - 1354
7X-RAY DIFFRACTION4D13 - 352
8X-RAY DIFFRACTION4D1353 - 1354

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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