PDB-2iub: Crystal structure of a divalent metal ion transporter CorA at 2.9...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2iub

タイトル

Crystal structure of a divalent metal ion transporter CorA at 2.9 A resolution.

要素

DIVALENT CATION TRANSPORT-RELATED PROTEIN

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / CORA / DIVALENT CATION / ION TRANSPORTER

機能・相同性

機能・相同性情報

magnesium ion transmembrane transport / cobalt ion transport / cobalt ion transmembrane transporter activity / magnesium ion transmembrane transporter activity / cobalt ion binding / protein homooligomerization / magnesium ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Eshaghi, S. / Niegowski, D. / Kohl, A. / Martinez Molina, D. / Lesley, S.A. / Nordlund, P.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of a Divalent Metal Ion Transporter Cora at 2.9 Angstrom Resolution.
著者: Eshaghi, S. / Niegowski, D. / Kohl, A. / Martinez Molina, D. / Lesley, S.A. / Nordlund, P.

履歴

登録	2006年6月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2iub.cif.gz	661.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2iub.ent.gz	547.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2iub.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2iub_validation.pdf.gz	540.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2iub_full_validation.pdf.gz	659.7 KB	表示
XML形式データ	2iub_validation.xml.gz	123 KB	表示
CIF形式データ	2iub_validation.cif.gz	162.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/2iub ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/2iub	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2bbh 2bbj
類似構造データ	6lba-d 9954 5jtg-d 2hn2-d 4e80-d 4e7x-d 7bvr-d 3n4f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DIVALENT CATION TRANSPORT-RELATED PROTEIN

B: DIVALENT CATION TRANSPORT-RELATED PROTEIN

C: DIVALENT CATION TRANSPORT-RELATED PROTEIN

D: DIVALENT CATION TRANSPORT-RELATED PROTEIN

E: DIVALENT CATION TRANSPORT-RELATED PROTEIN

F: DIVALENT CATION TRANSPORT-RELATED PROTEIN

G: DIVALENT CATION TRANSPORT-RELATED PROTEIN

H: DIVALENT CATION TRANSPORT-RELATED PROTEIN

I: DIVALENT CATION TRANSPORT-RELATED PROTEIN

J: DIVALENT CATION TRANSPORT-RELATED PROTEIN

ヘテロ分子

430 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DIVALENT CATION TRANSPORT-RELATED PROTEIN

B: DIVALENT CATION TRANSPORT-RELATED PROTEIN

C: DIVALENT CATION TRANSPORT-RELATED PROTEIN

D: DIVALENT CATION TRANSPORT-RELATED PROTEIN

E: DIVALENT CATION TRANSPORT-RELATED PROTEIN

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
215 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

F: DIVALENT CATION TRANSPORT-RELATED PROTEIN

G: DIVALENT CATION TRANSPORT-RELATED PROTEIN

H: DIVALENT CATION TRANSPORT-RELATED PROTEIN

I: DIVALENT CATION TRANSPORT-RELATED PROTEIN

J: DIVALENT CATION TRANSPORT-RELATED PROTEIN

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
215 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.230, 151.460, 143.320
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.88, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	LYS	LYS	A	A	8 - 286	20 - 298
2	1	ALA	ALA	LYS	LYS	B	B	8 - 286	20 - 298
3	1	ALA	ALA	LYS	LYS	C	C	8 - 286	20 - 298
4	1	ALA	ALA	LYS	LYS	D	D	8 - 286	20 - 298
5	1	ALA	ALA	LYS	LYS	E	E	8 - 286	20 - 298
6	1	ALA	ALA	LYS	LYS	F	F	8 - 286	20 - 298
7	1	ALA	ALA	LYS	LYS	G	G	8 - 286	20 - 298
8	1	ALA	ALA	LYS	LYS	H	H	8 - 286	20 - 298
9	1	ALA	ALA	LYS	LYS	I	I	8 - 286	20 - 298
10	1	ALA	ALA	LYS	LYS	J	J	8 - 286	20 - 298
1	2	THR	THR	TYR	TYR	A	A	287 - 311	299 - 323
2	2	THR	THR	TYR	TYR	B	B	287 - 311	299 - 323
3	2	THR	THR	TYR	TYR	C	C	287 - 311	299 - 323
4	2	THR	THR	TYR	TYR	D	D	287 - 311	299 - 323
5	2	THR	THR	TYR	TYR	E	E	287 - 311	299 - 323
6	2	THR	THR	TYR	TYR	F	F	287 - 311	299 - 323
7	2	THR	THR	TYR	TYR	G	G	287 - 311	299 - 323
8	2	THR	THR	TYR	TYR	H	H	287 - 311	299 - 323
9	2	THR	THR	TYR	TYR	I	I	287 - 311	299 - 323
10	2	THR	THR	TYR	TYR	J	J	287 - 311	299 - 323
1	3	TYR	TYR	LYS	LYS	A	A	327 - 349	339 - 361
2	3	TYR	TYR	LYS	LYS	B	B	327 - 349	339 - 361
3	3	TYR	TYR	LYS	LYS	C	C	327 - 349	339 - 361
4	3	TYR	TYR	LYS	LYS	D	D	327 - 349	339 - 361
5	3	TYR	TYR	LYS	LYS	E	E	327 - 349	339 - 361
6	3	TYR	TYR	LYS	LYS	F	F	327 - 349	339 - 361
7	3	TYR	TYR	LYS	LYS	G	G	327 - 349	339 - 361
8	3	TYR	TYR	LYS	LYS	H	H	327 - 349	339 - 361
9	3	TYR	TYR	LYS	LYS	I	I	327 - 349	339 - 361
10	3	TYR	TYR	LYS	LYS	J	J	327 - 349	339 - 361

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9574, 0.2784, -0.07667), (-0.02003, 0.3289, 0.9442), (0.2881, -0.9024, 0.3204)
ベクター: 0.718, -3.592, -0.0532)

#1: タンパク質	DIVALENT CATION TRANSPORT-RELATED PROTEIN / CORA 分子量: 42959.703 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WZ31
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	... ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.2 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.1 M MGCL2 0.1 M NACL 10% PEG 1500 1.6 % OCTYL.GLUCOPYRANOSIDE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 97952 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.14

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0005 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.9→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.903 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.875 / SU B: 22.342 / SU ML: 0.416 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.484 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. LOOP REGIONS SUBSTITUTET WITH ALA

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.291	4921	5 %	RANDOM
R_work	0.26	-	-	-
obs	0.262	92996	90.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 69.57 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.32 Å²	0 Å²	1.74 Å²
2-	-	0.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	27539	0	28	13	27580

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	28114
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.718	1.976	38106
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.379	5	3333
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.308	23.64	1305
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.053	15	5172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.446	15	205
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	4452
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	20741
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.26	0.2	13346
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.324	0.2	19669
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.324	0.2	599
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.469	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.503	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.724	1.5	17137
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.294	2	27584
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.574	3	12186
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.833	4.5	10522
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	2324	tight positional	0.06	0.05
1	2	B	2324	tight positional	0.07	0.05
1	3	C	2324	tight positional	0.06	0.05
1	4	D	2324	tight positional	0.07	0.05
1	5	E	2324	tight positional	0.07	0.05
1	6	F	2324	tight positional	0.07	0.05
1	7	G	2324	tight positional	0.07	0.05
1	8	H	2324	tight positional	0.07	0.05
1	9	I	2324	tight positional	0.07	0.05
1	10	J	2324	tight positional	0.07	0.05
2	1	A	195	tight positional	0.04	0.05
2	2	B	195	tight positional	0.05	0.05
2	3	C	195	tight positional	0.05	0.05
2	4	D	195	tight positional	0.05	0.05
2	5	E	195	tight positional	0.05	0.05
2	6	F	195	tight positional	0.05	0.05
2	7	G	195	tight positional	0.05	0.05
2	8	H	195	tight positional	0.06	0.05
2	9	I	195	tight positional	0.05	0.05
2	10	J	195	tight positional	0.05	0.05
3	1	A	181	tight positional	0.04	0.05
3	2	B	181	tight positional	0.04	0.05
3	3	C	181	tight positional	0.06	0.05
3	4	D	181	tight positional	0.03	0.05
3	5	E	181	tight positional	0.04	0.05
3	6	F	181	tight positional	0.04	0.05
3	7	G	181	tight positional	0.04	0.05
3	8	H	181	tight positional	0.04	0.05
3	9	I	181	tight positional	0.04	0.05
3	10	J	181	tight positional	0.04	0.05
1	1	A	2324	tight thermal	0.11	0.5
1	2	B	2324	tight thermal	0.11	0.5
1	3	C	2324	tight thermal	0.11	0.5
1	4	D	2324	tight thermal	0.12	0.5
1	5	E	2324	tight thermal	0.12	0.5
1	6	F	2324	tight thermal	0.11	0.5
1	7	G	2324	tight thermal	0.12	0.5
1	8	H	2324	tight thermal	0.12	0.5
1	9	I	2324	tight thermal	0.13	0.5
1	10	J	2324	tight thermal	0.11	0.5
2	1	A	195	tight thermal	0.06	0.5
2	2	B	195	tight thermal	0.07	0.5
2	3	C	195	tight thermal	0.07	0.5
2	4	D	195	tight thermal	0.08	0.5
2	5	E	195	tight thermal	0.07	0.5
2	6	F	195	tight thermal	0.08	0.5
2	7	G	195	tight thermal	0.08	0.5
2	8	H	195	tight thermal	0.08	0.5
2	9	I	195	tight thermal	0.06	0.5
2	10	J	195	tight thermal	0.07	0.5
3	1	A	181	tight thermal	0.05	0.5
3	2	B	181	tight thermal	0.04	0.5
3	3	C	181	tight thermal	0.05	0.5
3	4	D	181	tight thermal	0.04	0.5
3	5	E	181	tight thermal	0.06	0.5
3	6	F	181	tight thermal	0.06	0.5
3	7	G	181	tight thermal	0.05	0.5
3	8	H	181	tight thermal	0.05	0.5
3	9	I	181	tight thermal	0.05	0.5
3	10	J	181	tight thermal	0.05	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.98 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.4	363
R_work	0.354	6665

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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