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万見
- PDB-2hn2: Crystal structure of the CorA Mg2+ transporter homologue from T. ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hn2
タイトルCrystal structure of the CorA Mg2+ transporter homologue from T. maritima in complex with divalent cations
要素Magnesium transport protein corA
キーワードMETAL TRANSPORT / integral membrane protein / metal transporter protein / divalent cations
機能・相同性
機能・相同性情報


cobalt ion transport / magnesium ion transmembrane transport / cobalt ion transmembrane transporter activity / magnesium ion transmembrane transporter activity / cobalt ion binding / protein homooligomerization / magnesium ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Magnesium transport protein CorA, transmembrane region / CorA soluble domain-like / Magnesium/cobalt transport protein CorA / Mg2+ transporter protein, CorA-like/Zinc transport protein ZntB / CorA, cytoplasmic domain / CorA, transmembrane region / CorA-like Mg2+ transporter protein / Beta Polymerase; domain 2 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle ...Magnesium transport protein CorA, transmembrane region / CorA soluble domain-like / Magnesium/cobalt transport protein CorA / Mg2+ transporter protein, CorA-like/Zinc transport protein ZntB / CorA, cytoplasmic domain / CorA, transmembrane region / CorA-like Mg2+ transporter protein / Beta Polymerase; domain 2 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cobalt/magnesium transport protein CorA
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Payandeh, J. / Pai, E.F.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2006
タイトル: A structural basis for Mg(2+) homeostasis and the CorA translocation cycle.
著者: Payandeh, J. / Pai, E.F.
履歴
登録2006年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42020年3月11日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_biol / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Magnesium transport protein corA
B: Magnesium transport protein corA
C: Magnesium transport protein corA
D: Magnesium transport protein corA
E: Magnesium transport protein corA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,42318
ポリマ－208,9025
非ポリマー52113
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24710 Å2
ΔGint-242 kcal/mol
Surface area69150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)214.246, 86.298, 181.527
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.230, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-6301-

CA

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要素

#1: タンパク質
Magnesium transport protein corA / CorA


分子量: 41780.355 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: full-length protein
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: ATCC 43589D / 遺伝子: CorA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q9WZ31
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.91 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG 400, 0.2 M CaCl2, 0.1 M HEPES pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.9799 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9799 Å / 相対比: 1
ReflectionAv σ(I) over netI: 24.9 / 数: 156841 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 1.54 / D res high: 3.7 Å / D res low: 100 Å / Num. obs: 31076 / % possible obs: 91.6
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squared
7.9710097.910.0281.905
6.337.9710010.0451.568
5.536.3399.510.0661.476
5.025.5398.310.0731.61
4.665.0295.710.081.654
4.394.6691.710.1121.542
4.174.3987.610.1591.449
3.994.178310.2351.352
3.833.9981.710.321.344
3.73.838010.4611.28
反射解像度: 3.7→100 Å / Num. all: 31076 / Num. obs: 30297 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 1.538 / Net I/σ(I): 24.9
反射 シェル解像度: 3.7→3.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.461 / Num. unique all: 2694 / Χ2: 1.28 / % possible all: 80

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位相決定

Phasing MRCor.coef. Fo:Fc: 0.435 / Packing: 0.396
最高解像度最低解像度手法Reflection percentσ(F)
Rotation4 Å15 Åfast direct94.8 0
Translation4 Å15 Ågeneral94.8 0

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 2BBJ

2bbj


解像度: 3.7→20 Å / FOM work R set: 0.723 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.316 1488 4.5 %5% total
Rwork0.295 ---
all0.2951 30297 --
obs0.2951 30297 92 %-
溶媒の処理Bsol: 50.388 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 137.131 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13686 0 13 0 13699
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.09
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
3.7-3.740.478440.437875919
3.74-3.790.436550.402851906
3.79-3.840.388410.388855896
3.84-3.890.359570.37851908
3.89-3.940.368490.38891940
3.94-40.325380.387890928
4-4.050.387370.371908945
4.05-4.120.337470.359919966
4.12-4.180.359440.338892936
4.18-4.260.328440.333922966
4.26-4.330.37550.3269761031
4.33-4.410.326550.33940995
4.41-4.50.361470.3179691016
4.5-4.60.377500.33510161066
4.6-4.710.276440.3079991043
4.71-4.820.26590.28310691128
4.82-4.950.367620.2839921054
4.95-5.090.361570.30610831140
5.09-5.260.322550.30810411096
5.26-5.440.39500.27310591109
5.44-5.650.301520.30610721124
5.65-5.90.295520.30610701122
5.9-6.210.39580.31911001158
6.21-6.580.379580.31610731131
6.58-7.070.386580.2810951153
7.07-7.740.292450.24711101155
7.74-8.780.186570.21710771134
8.78-10.770.214590.18910961155
10.77-200.303590.29511181177

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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