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Yorodumi- PDB-2hn2: Crystal structure of the CorA Mg2+ transporter homologue from T. ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2hn2 | ||||||
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Title | Crystal structure of the CorA Mg2+ transporter homologue from T. maritima in complex with divalent cations | ||||||
Components | Magnesium transport protein corA | ||||||
Keywords | METAL TRANSPORT / integral membrane protein / metal transporter protein / divalent cations | ||||||
Function / homology | Function and homology information magnesium ion transmembrane transport / cobalt ion transport / cobalt ion transmembrane transporter activity / magnesium ion transmembrane transporter activity / cobalt ion binding / protein homooligomerization / magnesium ion binding / identical protein binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Thermotoga maritima (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.7 Å | ||||||
Authors | Payandeh, J. / Pai, E.F. | ||||||
Citation | Journal: Embo J. / Year: 2006 Title: A structural basis for Mg(2+) homeostasis and the CorA translocation cycle. Authors: Payandeh, J. / Pai, E.F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2hn2.cif.gz | 347 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2hn2.ent.gz | 277.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2hn2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2hn2_validation.pdf.gz | 479.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2hn2_full_validation.pdf.gz | 538.4 KB | Display | |
Data in XML | 2hn2_validation.xml.gz | 62.6 KB | Display | |
Data in CIF | 2hn2_validation.cif.gz | 81.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hn/2hn2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hn/2hn2 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2hn1C 2bbjS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 41780.355 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: full-length protein / Source: (gene. exp.) Thermotoga maritima (bacteria) / Strain: ATCC 43589D / Gene: CorA / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / References: UniProt: Q9WZ31 #2: Chemical | ChemComp-CA / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.72 Å3/Da / Density % sol: 66.91 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 20% PEG 400, 0.2 M CaCl2, 0.1 M HEPES pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X8C / Wavelength: 0.9799 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Jun 19, 2005 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9799 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Av σ(I) over netI: 24.9 / Number: 156841 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 1.54 / D res high: 3.7 Å / D res low: 100 Å / Num. obs: 31076 / % possible obs: 91.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 3.7→100 Å / Num. all: 31076 / Num. obs: 30297 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 1.538 / Net I/σ(I): 24.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 3.7→3.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.461 / Num. unique all: 2694 / Χ2: 1.28 / % possible all: 80 |
-Phasing
Phasing MR | Cor.coef. Fo:Fc: 0.435 / Packing: 0.396
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB 2BBJ Resolution: 3.7→20 Å / FOM work R set: 0.723 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
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Solvent computation | Bsol: 50.388 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 137.131 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.7→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 29
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