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- PDB-2itm: Crystal structure of the E. coli xylulose kinase complexed with x... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2itm
タイトルCrystal structure of the E. coli xylulose kinase complexed with xylulose
要素Xylulose kinase
キーワードTRANSFERASE / xylulokinase / xylulose / kinase / ATPase / FGGY kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


1-deoxy-D-xylulose kinase activity / D-xylulokinase activity / xylulokinase / xylulose catabolic process / D-xylose catabolic process / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの） / protein homodimerization activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Xylulokinase / FGGY family of carbohydrate kinases signature 1. / FGGY family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate kinase, FGGY, conserved site / Carbohydrate kinase, FGGY / Carbohydrate kinase, FGGY, N-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain / Carbohydrate kinase, FGGY, C-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain / ATPase, nucleotide binding domain ...Xylulokinase / FGGY family of carbohydrate kinases signature 1. / FGGY family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate kinase, FGGY, conserved site / Carbohydrate kinase, FGGY / Carbohydrate kinase, FGGY, N-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain / Carbohydrate kinase, FGGY, C-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AMMONIUM ION / D-XYLULOSE / Xylulose kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者di Luccio, E. / Voegtli, J. / Wilson, D.K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural and kinetic studies of induced fit in xylulose kinase from Escherichia coli.
著者: Di Luccio, E. / Petschacher, B. / Voegtli, J. / Chou, H.T. / Stahlberg, H. / Nidetzky, B. / Wilson, D.K.
履歴
登録2006年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月5日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xylulose kinase
B: Xylulose kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,04718
ポリマ－105,3382
非ポリマー70916
水7,764431
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3580 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area36590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.883, 112.605, 143.073
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
51A
61B
71A
81B
91A
101B
111A
121B
131A
141B
151A
161B
171A
181B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 3

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETGLNGLNAA1 - 761 - 76
21METMETGLNGLNBB1 - 761 - 76
32METMETLEULEUAA77 - 15077 - 150
42METMETLEULEUBB77 - 15077 - 150
53LEULEUMETMETAA151 - 160151 - 160
63LEULEUMETMETBB151 - 160151 - 160
74THRTHRTHRTHRAA161 - 224161 - 224
84THRTHRTHRTHRBB161 - 224161 - 224
95VALVALGLYGLYAA225 - 242225 - 242
105VALVALGLYGLYBB225 - 242225 - 242
116METMETTRPTRPAA243 - 300243 - 300
126METMETTRPTRPBB243 - 300243 - 300
137ALAALAASNASNAA301 - 359301 - 359
147ALAALAASNASNBB301 - 359301 - 359
158GLUGLUTHRTHRAA360 - 418360 - 418
168GLUGLUTHRTHRBB360 - 418360 - 418
179GLYGLYALAALAAA419 - 484419 - 484
189GLYGLYALAALABB419 - 484419 - 484

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要素

#1: タンパク質 Xylulose kinase / Xylulokinase


分子量: 52669.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: xylB / プラスミド: pTYB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21* / 参照: UniProt: P09099, xylulokinase
#2: 糖 ChemComp-XUL / D-XYLULOSE / D-キシルロ-ス


タイプ: D-saccharide / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10O5
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 431 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.02 %
結晶化温度: 298 K / pH: 6
詳細: Drops containing equal volume of 26 mg/ml protein solution and precipitant solution comprising of 1.5 M ammonium sulfate, 50 mM sodium citrate, 1% w/v t-butanol, suspended over a 1 ml ...詳細: Drops containing equal volume of 26 mg/ml protein solution and precipitant solution comprising of 1.5 M ammonium sulfate, 50 mM sodium citrate, 1% w/v t-butanol, suspended over a 1 ml reservoir containing the precipitant solution, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 6.00

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.954
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月9日
放射モノクロメーター: VERTICAL FOCUSING MIRROR SINGLE CRYSTAL SI(311) BENT MONOCHROMATOR (HORIZONTAL FOCUSING)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→29.85 Å / Num. obs: 58656 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): 1
Reflection scaleGroup code: 1
反射 シェル解像度: 2.1→30 Å / % possible all: 89.88

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.1→29.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 6.563 / SU ML: 0.172 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.25 / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 2278 4 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs0.204 56530 96.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.22 Å20 Å20 Å2
2---2.27 Å20 Å2
3---1.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7257 0 42 431 7730
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0227440
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.024969
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3321.96410113
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg4.313312129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.0565947
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.14124.214318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.822151206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.71548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.340.21119
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.028345
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021439
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2860.21982
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.3130.25524
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2010.23615
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1190.24098
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2680.2358
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.2560.24
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3020.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3370.2118
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2110.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it8.4821.55876
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.0741.51929
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.3527520
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it13.833081
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it15.2794.52593
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
2782tight positional0.710.05
3316loose positional0.925
2782tight thermal3.950.5
3316loose thermal7.1210
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 296 -
Rwork0.267 7313 -
obs--89.88 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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