PDB-2isb: Crystal structure of Fumarase of FUM-1 (NP_069927.1) from Archaeo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2isb

タイトル

Crystal structure of Fumarase of FUM-1 (NP_069927.1) from Archaeoglobus Fulgidus at 1.66 A resolution

要素

Fumarase

キーワード

LYASE / NP_069927.1 / Fumarase of FUM-1 / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics / JCSG

機能・相同性

fumarase / Fe-S hydro-lyase, tartrate dehydratase beta-type, catalytic domain / Fe-S hydro-lyase, tartrate dehydratase beta-type, catalytic domain / Fe-S hydro-lyase, tartrate dehydratase beta-type, catalytic domain superfamily / Fumarase C-terminus / hydro-lyase activity / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / Fumarase (Fum-1)

機能・相同性情報

生物種

Archaeoglobus fulgidus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.66 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Fumarase of FUM-1 (NP_069927.1) from Archaeoglobus Fulgidus at 1.66 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2006年10月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2006年11月28日	ID: 1VPJ
改定 1.0	2006年11月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

Remark 300

BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb2isb.ent.gz	39.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2isb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2isb_validation.pdf.gz	418 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2isb_full_validation.pdf.gz	419.1 KB	表示
XML形式データ	2isb_validation.xml.gz	11 KB	表示
CIF形式データ	2isb_validation.cif.gz	15.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/2isb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/2isb	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	6pbs-6 6pbs-5 6pbs-8 6hln-d 6pbs-12 3gey-3 6pbs-11 4rth-2 2cxl-d 1upi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 356698

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fumarase

21.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.664, 51.664, 157.756
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Fumarase / Fum-1 分子量: 21882.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 遺伝子: FUM-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O29167, fumarate hydratase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.84 %
結晶化	温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 7.8 詳細: 0.2M Li Acetate, 20.0% PEG-3350, No Buffer, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.00000, 0.97966, 0.97950

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月26日

放射

モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	0.97966	1
3	0.9795	1

反射

解像度: 1.66→21.152 Å / Num. obs: 25660 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 19.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.088 / R_sym value: 0.088 / Net I/σ(I): 5.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.66-1.75	4	0.664	1	12686	3134	0.664	86.2
1.75-1.86	5.5	0.434	1.5	19150	3509	0.434	99.1
1.86-1.98	6.8	0.288	1.8	22818	3353	0.288	99.9
1.98-2.14	7.1	0.187	3.4	22276	3137	0.187	99.9
2.14-2.35	7.1	0.13	4.1	20497	2907	0.13	100
2.35-2.62	7	0.102	6.3	18612	2651	0.102	100
2.62-3.03	6.9	0.079	7.7	16403	2365	0.079	100
3.03-3.71	6.7	0.061	9.3	13709	2031	0.061	99.9
3.71-5.25	6.5	0.054	9.7	10590	1621	0.054	99.9
5.25-21.18	5.9	0.054	7.8	5600	952	0.054	97.8

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MolProbity	3beta29	モデル構築
SHELX		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.66→21.152 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 3.292 / SU ML: 0.056 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.087
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY 3. DENSITY IS WEAK FOR THE FOLLOWING REGIONS: A-3 - 1, A70 - 73.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.197	1256	4.9 %	RANDOM
R_work	0.174	-	-	-
obs	0.175	25585	97.54 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.333 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.72 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.72 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.66→21.152 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1399	0	0	182	1581

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	1510
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1035
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.501	1.962	2069
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.941	3	2538
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.332	5	213
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.554	23.036	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.611	15	262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.826	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	235
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1709
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	312
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	258
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.197	0.2	1092
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	726
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	814
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	118
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.157	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.188	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.096	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.226	3	988
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.505	3	393
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.835	5	1553
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.953	8	608
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.889	11	500

LS精密化シェル

解像度: 1.66→1.703 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.329	70	-
R_work	0.249	1447	-
obs	-	1517	80.65 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 41.8297 Å / Origin y: 28.2611 Å / Origin z: 12.9866 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0226 Å²	0.0142 Å²	-0.0086 Å²	-	-0.0657 Å²	-0.0001 Å²	-	-	-0.039 Å²
L	0.8986 °²	0.0358 °²	0.3968 °²	-	0.7952 °²	-0.0901 °²	-	-	1.4651 °²
S	0.0216 Å °	-0.0074 Å °	-0.0807 Å °	0.0546 Å °	-0.0006 Å °	-0.0205 Å °	0.1782 Å °	0.0415 Å °	-0.021 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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