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- PDB-2irp: Crystal structure of the l-fuculose-1-phosphate aldolase (aq_1979... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2irp
タイトルCrystal structure of the l-fuculose-1-phosphate aldolase (aq_1979) from aquifex aeolicus VF5
要素Putative aldolase class 2 protein aq_1979
キーワードLYASE / aldolase / aldehyde / enzymatic mechanism / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


methylthioribulose 1-phosphate dehydratase / methylthioribulose 1-phosphate dehydratase activity / L-methionine salvage from S-adenosylmethionine / L-methionine salvage from methylthioadenosine / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methylthioribulose-1-phosphate dehydratase / L-fuculose-1-phosphate Aldolase / Class II aldolase/adducin N-terminal domain / Class II aldolase/adducin N-terminal / Class II Aldolase and Adducin N-terminal domain / Class II Aldolase and Adducin N-terminal domain / Class II aldolase/adducin N-terminal domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Methylthioribulose-1-phosphate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Jeyakanthan, J. / Gayathri, D. / Yogavel, M. / Velmurugan, D. / Baba, S. / Ebihara, A. / Kuramitsu, S. / Shinkai, A. / Shiro, Y. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the l-fuculose-1-phosphate aldolase (aq_1979) from aquifex aeolicus VF5
著者: Jeyakanthan, J. / Gayathri, D. / Yogavel, M. / Velmurugan, D. / Baba, S. / Ebihara, A. / Kuramitsu, S. / Shinkai, A. / Shiro, Y. / Yokoyama, S.
履歴
登録2006年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Putative aldolase class 2 protein aq_1979
B: Putative aldolase class 2 protein aq_1979
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5816
ポリマ－47,3542
非ポリマー2274
水6,125340
1
A: Putative aldolase class 2 protein aq_1979
ヘテロ分子

A: Putative aldolase class 2 protein aq_1979
ヘテロ分子

A: Putative aldolase class 2 protein aq_1979
ヘテロ分子

A: Putative aldolase class 2 protein aq_1979
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,16112
ポリマ－94,7074
非ポリマー4548
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area9020 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area33850 Å2
手法PISA, PQS
2
B: Putative aldolase class 2 protein aq_1979
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7903
ポリマ－23,6771
非ポリマー1142
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
A: Putative aldolase class 2 protein aq_1979
ヘテロ分子

A: Putative aldolase class 2 protein aq_1979
ヘテロ分子

A: Putative aldolase class 2 protein aq_1979
ヘテロ分子

A: Putative aldolase class 2 protein aq_1979
ヘテロ分子

B: Putative aldolase class 2 protein aq_1979
ヘテロ分子

B: Putative aldolase class 2 protein aq_1979
ヘテロ分子

B: Putative aldolase class 2 protein aq_1979
ヘテロ分子

B: Putative aldolase class 2 protein aq_1979
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,32324
ポリマ－189,4148
非ポリマー90916
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation5_454x-1/2,y+1/2,z-1/21
crystal symmetry operation6_654-x+3/2,-y+1/2,z-1/21
crystal symmetry operation7_544-y+1/2,x-1/2,z-1/21
crystal symmetry operation8_564y+1/2,-x+3/2,z-1/21
Buried area22180 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area62600 Å2
手法PISA
4
B: Putative aldolase class 2 protein aq_1979
ヘテロ分子

B: Putative aldolase class 2 protein aq_1979
ヘテロ分子

B: Putative aldolase class 2 protein aq_1979
ヘテロ分子

B: Putative aldolase class 2 protein aq_1979
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,16112
ポリマ－94,7074
非ポリマー4548
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
crystal symmetry operation3_645-y+1,x-1,z1
crystal symmetry operation4_665y+1,-x+1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)102.500, 102.500, 116.045
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1315-

HOH

21A-1356-

HOH

31B-1306-

HOH

41B-1336-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Putative aldolase class 2 protein aq_1979 / L-fuculose-1-phosphate aldolase


分子量: 23676.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / プラスミド: PET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 Condon Plus (DE3)-RIl-x / 参照: UniProt: O67788, L-fuculose-phosphate aldolase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 0.1M HEPES, 55% PEG 200, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 0.9788, 0.9793, 0.9000
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年7月7日 / 詳細: RH Coated Bent-cyrindrical Mirror
放射モノクロメーター: SI 111 Double Crystal Monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97881
20.97931
30.91
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 26703 / Num. obs: 22865 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 34.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.07
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.59 / Rsym value: 0.642 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→19.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 352366.07 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 1106 4.8 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.2 22865 97.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 113.166 Å2 / ksol: 0.360583 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 53.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8 Å20 Å20 Å2
2---0.8 Å20 Å2
3---1.6 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.32 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3280 0 10 340 3630
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.661.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it7.282
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it8.432
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it11.042.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 168 4.6 %
Rwork0.255 3450 -
obs--93.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4BME.paramBME.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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