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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2inn | ||||||
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タイトル | Structure of the Phenol Hydroxyalse-Regulatory Protein Complex | ||||||
![]() | (Phenol hydroxylase component ...) x 4 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / hydroxylase / four-helix bundle / diiron / phenol / complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() phenol 2-monooxygenase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / : / monooxygenase activity / oxidoreductase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sazinsky, M.H. / Dunten, P.W. / McCormick, M.S. / Lippard, S.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: X-ray Structure of a Hydroxylase-Regulatory Protein Complex from a Hydrocarbon-Oxidizing Multicomponent Monooxygenase, Pseudomonas sp. OX1 Phenol Hydroxylase. 著者: Sazinsky, M.H. / Dunten, P.W. / McCormick, M.S. / Didonato, A. / Lippard, S.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 408 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 346.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 513.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 644.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 86.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 117.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is an alpha, beta, gamma heterodimer complexed to one molecule of the regulatory protein. The molecule in asymmetric unit is the biologically relavent asembly. |
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要素
-Phenol hydroxylase component ... , 4種, 7分子 ABCDEFL
#1: タンパク質 | 分子量: 61058.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: phN / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 39255.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: phL / 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 13482.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: phO / 発現宿主: ![]() ![]() #4: タンパク質 | | 分子量: 10770.048 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: phM / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 4種, 311分子 ![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MOO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MOO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-FE / #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-MOO / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.89 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100 mM Tris, pH 7.0, 150 mM Na2MoO4, 5% glycerol, and 17-20% PEG 8000 (w/w), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月15日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 68087 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 17.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 2565 / Rsym value: 0.26 / % possible all: 54 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.988 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
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