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- PDB-2inn: Structure of the Phenol Hydroxyalse-Regulatory Protein Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2inn
タイトルStructure of the Phenol Hydroxyalse-Regulatory Protein Complex
要素(Phenol hydroxylase component ...) x 4
キーワードOXIDOREDUCTASE / hydroxylase / four-helix bundle / diiron / phenol / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phenol 2-monooxygenase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / monooxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phenol hydroxylase / Phenol hydroxylase / Phenol hydroxylase domain superfamily / Phenol hydroxylase conserved region / YHS domain / YHS domain / Monooxygenase component MmoB/DmpM / Phenol Hydroxylase P2 Protein / Monooxygenase component MmoB/DmpM / Monooxygenase component MmoB/DmpM superfamily ...Phenol hydroxylase / Phenol hydroxylase / Phenol hydroxylase domain superfamily / Phenol hydroxylase conserved region / YHS domain / YHS domain / Monooxygenase component MmoB/DmpM / Phenol Hydroxylase P2 Protein / Monooxygenase component MmoB/DmpM / Monooxygenase component MmoB/DmpM superfamily / MmoB/DmpM family / Methane/phenol monooxygenase, hydroxylase component / Propane/methane/phenol/toluene hydroxylase / Methane/Phenol/Alkene Hydroxylase / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / MOLYBDATE ION / Phenol hydroxylase component PheO / Phenol hydroxylase component PheN / Phenol hydroxylase component PheM / Phenol hydroxylase component PheL
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas stutzeri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Sazinsky, M.H. / Dunten, P.W. / McCormick, M.S. / Lippard, S.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: X-ray Structure of a Hydroxylase-Regulatory Protein Complex from a Hydrocarbon-Oxidizing Multicomponent Monooxygenase, Pseudomonas sp. OX1 Phenol Hydroxylase.
著者: Sazinsky, M.H. / Dunten, P.W. / McCormick, M.S. / Didonato, A. / Lippard, S.J.
履歴
登録2006年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenol hydroxylase component phN
B: Phenol hydroxylase component phN
C: Phenol hydroxylase component phL
D: Phenol hydroxylase component phL
E: Phenol hydroxylase component phO
F: Phenol hydroxylase component phO
L: Phenol hydroxylase component phM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)238,87814
ポリマ－238,3647
非ポリマー5147
水5,477304
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area32270 Å2
ΔGint-191 kcal/mol
Surface area61910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.453, 146.925, 189.787
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is an alpha, beta, gamma heterodimer complexed to one molecule of the regulatory protein. The molecule in asymmetric unit is the biologically relavent asembly.

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要素

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Phenol hydroxylase component ... , 4種, 7分子 ABCDEFL

#1: タンパク質 Phenol hydroxylase component phN


分子量: 61058.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas stutzeri (バクテリア)
遺伝子: phN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q84AQ2
#2: タンパク質 Phenol hydroxylase component phL


分子量: 39255.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas stutzeri (バクテリア)
遺伝子: phL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q84AQ4
#3: タンパク質 Phenol hydroxylase component phO


分子量: 13482.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas stutzeri (バクテリア)
遺伝子: phO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q84AQ1
#4: タンパク質 Phenol hydroxylase component phM


分子量: 10770.048 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas stutzeri (バクテリア)
遺伝子: phM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q84AQ3

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非ポリマー , 4種, 311分子

#5: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物 ChemComp-MOO / MOLYBDATE ION / MOLYBDATE


分子量: 159.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: MoO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.89 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM Tris, pH 7.0, 150 mM Na2MoO4, 5% glycerol, and 17-20% PEG 8000 (w/w), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月15日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 68087 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 2565 / Rsym value: 0.26 / % possible all: 54

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQUANTUMデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 11.992 / SU ML: 0.247 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.396 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 2973 5.1 %RANDOM
Rwork0.202 ---
all0.213 68087 --
obs0.206 58555 86.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.988 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5 Å20 Å20 Å2
2---0.76 Å20 Å2
3----0.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16074 0 11 304 16389
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0330.02216542
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.6291.93122420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.99251955
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.64624.276877
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.042152772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.9841589
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.170.22286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212942
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2910.28830
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3430.211040
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1860.2856
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1630.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2710.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0390.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5221.510072
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.098215717
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.54137643
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.14.56703
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.402 137 -
Rwork0.24 2565 -
obs-2702 54.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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