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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2imo | ||||||
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タイトル | Crystal structure of allantoate amidohydrolase from Escherichia coli at pH 4.6 | ||||||
要素 | Allantoate amidohydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / allantoate amidohydrolase / apoenzyme / allC / T1507 / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 allantoate deiminase / allantoate deiminase activity / allantoin assimilation pathway / purine nucleobase metabolic process / manganese ion binding / protein homodimerization activity / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Agarwal, R. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007 タイトル: Structural Analysis of a Ternary Complex of Allantoate Amidohydrolase from Escherichia coli Reveals its Mechanics. 著者: Agarwal, R. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2imo.cif.gz | 161 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2imo.ent.gz | 134.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2imo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2imo_validation.pdf.gz | 446.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2imo_full_validation.pdf.gz | 486 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2imo_validation.xml.gz | 34.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2imo_validation.cif.gz | 45.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/2imo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/2imo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47756.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: allC_ecoli / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P77425, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミジンに作用 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.69 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.05 M KH2PO4, 20%PEG8000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9877,0.9792,0.94 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月25日 / 詳細: Mirrors | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Graphite / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 19631 / Num. obs: 19631 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 6.9 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.88 Å / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1501 / % possible all: 84.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→48.78 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Data cutoff high absF: 105623.69 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: The missing residues listed in Remark 465 are due to lack of or weak electron density.
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溶媒の処理 | Bsol: 61.0507 Å2 / ksol: 0.399288 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 53.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→48.78 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.064 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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