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- PDB-2ill: Anomalous substructure of Titin-A168169 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ill
タイトルAnomalous substructure of Titin-A168169
要素Titin
キーワードTRANSFERASE / long wavelength
機能・相同性
機能・相同性情報


sarcomerogenesis / structural molecule activity conferring elasticity / telethonin binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / cardiac myofibril assembly / muscle alpha-actinin binding / detection of muscle stretch / cardiac muscle tissue morphogenesis / protein kinase regulator activity / cardiac muscle hypertrophy ...sarcomerogenesis / structural molecule activity conferring elasticity / telethonin binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / cardiac myofibril assembly / muscle alpha-actinin binding / detection of muscle stretch / cardiac muscle tissue morphogenesis / protein kinase regulator activity / cardiac muscle hypertrophy / mitotic chromosome condensation / actinin binding / Striated Muscle Contraction / M band / I band / cardiac muscle cell development / structural constituent of muscle / sarcomere organization / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / cardiac muscle contraction / striated muscle contraction / muscle contraction / protein kinase A signaling / condensed nuclear chromosome / positive regulation of protein secretion / Z disc / response to calcium ion / actin filament binding / Platelet degranulation / protein tyrosine kinase activity / protease binding / non-specific serine/threonine protein kinase / calmodulin binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / enzyme binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
PPAK motif / PPAK motif / Titin, Z repeat / Titin Z / MyBP-C, tri-helix bundle domain / Tri-helix bundle domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain ...PPAK motif / PPAK motif / Titin, Z repeat / Titin Z / MyBP-C, tri-helix bundle domain / Tri-helix bundle domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin V-set domain / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Mueller-Dieckmann, C. / Weiss, M.S.
引用ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2007
タイトル: On the routine use of soft X-rays in macromolecular crystallography. Part IV. Efficient determination of anomalous substructures in biomacromolecules using longer X-ray wavelengths
著者: Mueller-Dieckmann, C. / Panjikar, S. / Schmidt, A. / Mueller, S. / Kuper, J. / Geerlof, A. / Wilmanns, M. / Singh, R.K. / Tucker, P.A. / Weiss, M.S.
履歴
登録2006年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Titin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7093
ポリマ－21,6381
非ポリマー712
水1,69394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.260, 89.120, 103.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Titin / Connectin / Rhabdomyosarcoma antigen MU-RMS-40.14


分子量: 21637.691 Da / 分子数: 1 / 断片: Titin-A168169 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8WZ42, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.67 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 2 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→99 Å / Num. all: 16570 / Num. obs: 16486 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 11.8 % / Biso Wilson estimate: 47.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 34.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 8.818 / SU ML: 0.118 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24266 323 2 %RANDOM
Rwork0.21176 ---
obs0.21237 16151 99.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.868 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.78 Å20 Å20 Å2
2---1.77 Å20 Å2
3----1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1524 0 2 94 1620
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0221566
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021426
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2241.9492125
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93633328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1865198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.77724.36671
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.78615270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.374159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2238
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021747
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02308
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2370.2285
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2070.21353
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.2724
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0950.21013
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.3440.292
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3160.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2760.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0880.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0381.51218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3571.5402
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.72.51578
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.0195686
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.51210545
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.416 21 -
Rwork0.282 1137 -
obs--95.39 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.0123 Å / Origin y: 56.0772 Å / Origin z: -6.4602 Å
111213212223313233
T-0.0671 Å2-0.0719 Å2-0.0313 Å2--0.1167 Å20.0066 Å2---0.0564 Å2
L0.2485 °2-0.0832 °21.0478 °2-0.1803 °2-0.073 °2--5.7382 °2
S0.0265 Å °0.0409 Å °-0.0078 Å °-0.0234 Å °0.1126 Å °-0.0913 Å °0.271 Å °-0.0015 Å °-0.1391 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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