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- PDB-2il4: Crystal structure of At1g77540-Coenzyme A Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2il4
タイトルCrystal structure of At1g77540-Coenzyme A Complex
要素Protein At1g77540
キーワードTRANSFERASE / CoA / Coenzyme-A / COG2388 Family / acetyltransferase / At1g77540 / STRUCTURAL GENOMICS FUNCTIONAL FOLLOW-UP STUDY / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / CENTER FOR EUKARYOTIC STRUCTURAL GENOMICS / CESG
機能・相同性
機能・相同性情報


histone acetyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / peroxisome
類似検索 - 分子機能
Yjdj-type Gcn5-related N-acetyltransferase / Gcn5-related N-acetyltransferase / GCN5-related N-acetyl-transferase / Yjdj-type Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Acetyltransferase At1g77540
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.054 Å
データ登録者Bitto, E. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Bingman, C.A. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Structure of Arabidopsis thaliana At1g77540 Protein, a Minimal Acetyltransferase from the COG2388 Family.
著者: Tyler, R.C. / Bitto, E. / Berndsen, C.E. / Bingman, C.A. / Singh, S. / Lee, M.S. / Wesenberg, G.E. / Denu, J.M. / Phillips, G.N. / Markley, J.L.
履歴
登録2006年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2006年10月17日ID: 2GDB
改定 1.02006年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein At1g77540
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5202
ポリマ－11,7521
非ポリマー7681
水1,09961
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)27.905, 63.941, 29.525
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.860, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Protein At1g77540


分子量: 11752.433 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At1g77540 / プラスミド: PVP13-GW / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL834(DE3) PLACI+RARE / 参照: UniProt: Q9CAQ2
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.08 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML PROTEIN, 0.050 M SODIUM CHLORIDE, 0.003 M SODIUM AZIDE, 0.0003 M TCEP, 0.005 M MES PH 6.0) MIXED IN A 1:1 RATIO WITH THE WELL SOLUTION (29% PEG 5000, 0.10 M SODIUM ...詳細: PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML PROTEIN, 0.050 M SODIUM CHLORIDE, 0.003 M SODIUM AZIDE, 0.0003 M TCEP, 0.005 M MES PH 6.0) MIXED IN A 1:1 RATIO WITH THE WELL SOLUTION (29% PEG 5000, 0.10 M SODIUM CITRATE, 0.10 M PIPES PH 6.5). CRYSTALS SOAKED 16 HOURS IN WELL SOLUTION SUPPLEMENTED WITH 0.009 M acetyl-Coenzyme. Crystals cryo-protected with fomblin 2500, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 8-BM / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月30日
詳細: Double crystal monochromator, Si111, 2nd crystal sagital focus followed by Rh coated bent cylinder vertically focusing mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→31.98 Å / Num. obs: 6473 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Χ2: 0.993 / Net I/σ(I): 18.303
反射 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.251 / Mean I/σ(I) obs: 4.993 / Num. unique all: 432 / Χ2: 0.902 / % possible all: 98

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位相決定

Phasing MRRfactor: 0.462 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.533
最高解像度最低解像度
Rotation2.1 Å31.97 Å
Translation2.1 Å31.97 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1XMT

1xmt


解像度: 2.054→31.976 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / WRfactor Rfree: 0.213 / WRfactor Rwork: 0.16 / SU B: 8.596 / SU ML: 0.125 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.202 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 636 9.848 %RANDOM
Rwork0.16 ---
obs0.166 6458 99.095 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.963 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.716 Å20 Å22.045 Å2
2---0.701 Å20 Å2
3---0.046 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.054→31.976 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数728 0 48 61 837
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.022813
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6642.0031107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.958591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.24122.35334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.08415126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.802155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2117
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02605
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.2371
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.2543
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1630.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0830.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6082465
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6214738
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.8826392
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.5148368
LS精密化 シェル解像度: 2.054→2.107 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 39 -
Rwork0.18 419 -
all-474 -
obs--96.624 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.8965 Å / Origin y: 0.2197 Å / Origin z: 3.6025 Å
111213212223313233
T-0.1145 Å2-0.01 Å20.0029 Å2--0.1183 Å20.0095 Å2---0.1085 Å2
L2.7878 °2-0.5311 °20.4441 °2-3.1089 °2-0.8882 °2--3.4672 °2
S0.0357 Å °-0.0451 Å °-0.0978 Å °0.1331 Å °0.0866 Å °0.0418 Å °-0.1296 Å °-0.0907 Å °-0.1223 Å °
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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