PDB-2iik: Crystal Structure of human peroxisomal acetyl-CoA acyl transferas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2iik

タイトル

Crystal Structure of human peroxisomal acetyl-CoA acyl transferase 1 (ACAA1)

要素

3-ketoacyl-CoA thiolase, peroxisomal

キーワード

TRANSFERASE / FATTY ACID METABOLISM / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

palmitoyl-CoA oxidase activity / acetyl-CoA C-myristoyltransferase activity / TYSND1 cleaves peroxisomal proteins / protein targeting to peroxisome / fatty acid beta-oxidation using acyl-CoA oxidase / alpha-linolenic acid metabolic process / alpha-linolenic acid (ALA) metabolism / acetate CoA-transferase activity / acetyl-CoA C-acyltransferase / Beta-oxidation of very long chain fatty acids ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Papagrigoriou, E. / Johansson, C. / Smee, C. / Kavanagh, K. / Pike, A.C.W. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Arrowsmith, C.H. / Gileadi, O. ...

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of human peroxisomal acetyl-CoA acyl transferase 1 (ACAA1)
著者: Papagrigoriou, E. / Johansson, C. / Smee, C. / Kavanagh, K. / Pike, A.C.W. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Arrowsmith, C.H. / Gileadi, O. / Gorrec, F. / Umeano, C. / von Delft, ...

履歴

登録	2006年9月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2iik.cif.gz	154.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2iik.ent.gz	119.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2iik.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2iik_validation.pdf.gz	439.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2iik_full_validation.pdf.gz	444.8 KB	表示
XML形式データ	2iik_validation.xml.gz	29 KB	表示
CIF形式データ	2iik_validation.cif.gz	41.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/2iik ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/2iik	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2c7zS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2wua-d 3d12-3 2wu9-d 4h6d-4 6pdl-3 4h65-d 5upt-d 1fj4-1 5w5q-d 1xpk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (12) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-ketoacyl-CoA thiolase, peroxisomal

B: 3-ketoacyl-CoA thiolase, peroxisomal

87.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.147, 96.845, 142.055
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	A
4	1	B
5	1	A
6	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 3

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	LEU	LEU	A	A	47 - 155	41 - 149
2	1	ALA	ALA	LEU	LEU	B	B	47 - 155	41 - 149
3	2	THR	THR	VAL	VAL	A	A	166 - 231	159 - 224
4	2	THR	THR	VAL	VAL	B	B	166 - 231	159 - 224
5	3	SER	SER	GLU	GLU	A	A	240 - 421	233 - 414
6	3	SER	SER	GLU	GLU	B	B	240 - 421	233 - 414

#1: タンパク質	3-ketoacyl-CoA thiolase, peroxisomal / Beta- ketothiolase / Acetyl-CoA acyltransferase / Peroxisomal 3-oxoacyl-CoA thiolase 分子量: 43969.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACAA1 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P09110, acetyl-CoA C-acyltransferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

3-ketoacyl-CoA thiolase, peroxisomal / Beta- ketothiolase / Acetyl-CoA acyltransferase / Peroxisomal 3-oxoacyl-CoA thiolase

分子量: 43969.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACAA1 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P09110, acetyl-CoA C-acyltransferase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.94 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M Amonium Sulphate, 0.1M Hepes, 25% PEG3350., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年7月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→80.06 Å / Num. all: 25624 / Num. obs: 25358 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.66 % / R_merge(I) obs: 0.1099 / Net I/σ(I): 9.65
反射シェル	解像度: 2.55→2.65 Å / 冗長度: 2.79 % / R_merge(I) obs: 0.401 / Mean I/σ(I) obs: 2.17 / Num. unique all: 2760 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MLPHARE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2C7Z

2c7z

解像度: 2.55→80.06 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 17.811 / SU ML: 0.198 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.527 / ESU R Free: 0.288 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22345	1274	5 %	RANDOM
R_work	0.17869	-	-	-
obs	0.18108	24037	99 %	-
all	-	25624	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.615 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.82 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.76 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→80.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5639	0	0	226	5865

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	5718
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3798
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.402	1.981	7752
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.192	3	9355
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.42	5	782
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.375	24.619	197
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.782	15	943
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.936	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	929
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	6456
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1038
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	1201
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.195	0.2	3970
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	2903
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	3049
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	247
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.223	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.194	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.178	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.487	1.5	4009
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.14	1.5	1608
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.733	2	6208
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.516	3	1914
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.314	4.5	1544
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
2086	tight positional	0.04	0.05
2135	loose positional	0.27	5
2086	tight thermal	0.08	0.5
2135	loose thermal	0.74	10

LS精密化シェル

解像度: 2.55→2.616 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.355	86	-
R_work	0.242	1702	-
obs	-	-	95.21 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5671	-0.0271	-0.0837	0.9494	0.2924	1.8841	-0.0289	-0.1769	0.0195	0.1663	-0.0206	0.0226	-0.0733	0.0174	0.0495	-0.0869	0.0085	0.0054	-0.1002	0.0199	-0.1023	6.1548	-7.0898	-20.068
2	1.6416	-0.1882	-0.2852	0.8699	-0.1854	1.6313	-0.0063	0.1493	-0.0469	-0.1815	-0.0566	0.0841	-0.0424	0.0494	0.063	-0.0939	-0.0039	-0.0251	-0.0987	-0.0239	-0.084	-5.504	-8.9773	-49.4576

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	33 - 423	27 - 416
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	21 - 423	15 - 416

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