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万見
- PDB-2iif: single chain Integration Host Factor mutant protein (scIHF2-K45aE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2iif
タイトルsingle chain Integration Host Factor mutant protein (scIHF2-K45aE) in complex with DNA
要素
  • DNA (5'-D(*DGP*DCP*DTP*DTP*DAP*DTP*DCP*DAP*DAP*DTP*DTP*DTP*DGP*DTP*DTP*DGP*DCP*DAP*DCP*DC)-3')
  • DNA (5'-D(*DGP*DGP*DCP*DCP*DAP*DAP*DAP*DAP*DAP*DAP*DGP*DCP*DAP*DTP*DT)-3')
  • Integration host factor
  • Phage P H' site
キーワードRECOMBINATION/DNA / DNA Kinking / bending / U-turn / intercalation / divalent / RECOMBINATION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


IHF-DNA complex / DNA-binding transcription activator activity / protein-DNA complex / structural constituent of chromatin / regulation of translation / chromosome / DNA recombination / DNA replication / transcription cis-regulatory region binding / DNA-templated transcription ...IHF-DNA complex / DNA-binding transcription activator activity / protein-DNA complex / structural constituent of chromatin / regulation of translation / chromosome / DNA recombination / DNA replication / transcription cis-regulatory region binding / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Integration host factor, alpha subunit / Integration host factor, beta subunit / HU Protein; Chain A / IHF-like DNA-binding proteins / Histone-like DNA-binding protein, conserved site / Bacterial histone-like DNA-binding proteins signature. / Histone-like DNA-binding protein / Bacterial DNA-binding protein / bacterial (prokaryotic) histone like domain / Integration host factor (IHF)-like DNA-binding domain superfamily ...Integration host factor, alpha subunit / Integration host factor, beta subunit / HU Protein; Chain A / IHF-like DNA-binding proteins / Histone-like DNA-binding protein, conserved site / Bacterial histone-like DNA-binding proteins signature. / Histone-like DNA-binding protein / Bacterial DNA-binding protein / bacterial (prokaryotic) histone like domain / Integration host factor (IHF)-like DNA-binding domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Integration host factor subunit alpha / Integration host factor subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Bao, Q. / Droege, P. / Davey, C.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: A Divalent Metal-mediated Switch Controlling Protein-induced DNA Bending
著者: Bao, Q. / Chen, H. / Liu, Y. / Yan, J. / Droge, P. / Davey, C.A.
#1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2003
タイトル: Activation of site-specific DNA integration in human cells by a single chain integration host factor
著者: Corona, T. / Bao, Q. / Christ, N. / Schwartz, T. / Li, J. / Droege, P.
#2: ジャーナル: Gene / 年: 2004
タイトル: Single-chain integration host factors as probes for high-precision nucleoprotein complex formation
著者: Bao, Q. / Christ, N. / Droege, P.
履歴
登録2006年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年8月9日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.42017年8月16日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn
Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.52021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Phage P H' site
D: DNA (5'-D(*DGP*DGP*DCP*DCP*DAP*DAP*DAP*DAP*DAP*DAP*DGP*DCP*DAP*DTP*DT)-3')
E: DNA (5'-D(*DGP*DCP*DTP*DTP*DAP*DTP*DCP*DAP*DAP*DTP*DTP*DTP*DGP*DTP*DTP*DGP*DCP*DAP*DCP*DC)-3')
A: Integration host factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,81212
ポリマ－44,3734
非ポリマー4408
水2,936163
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9300 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area20170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.239, 54.444, 177.865
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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DNA鎖 , 3種, 3分子 CDE

#1: DNA鎖 Phage P H' site


分子量: 10801.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*DGP*DGP*DCP*DCP*DAP*DAP*DAP*DAP*DAP*DAP*DGP*DCP*DAP*DTP*DT)-3')


分子量: 4611.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*DGP*DCP*DTP*DTP*DAP*DTP*DCP*DAP*DAP*DTP*DTP*DTP*DGP*DTP*DTP*DGP*DCP*DAP*DCP*DC)-3')


分子量: 6074.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#4: タンパク質 Integration host factor / IHF-alpha / IHF-beta


分子量: 22884.816 Da / 分子数: 1 / Mutation: K89E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6X7, UniProt: P0A6Y1

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非ポリマー , 2種, 171分子

#5: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.28 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1:1 mix water/ well solution containing: 50mM Tris(pH 7.5), 25% PEG5000-MME, 20% glycerol, 50mM NaCl, 7.5mM MnCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG5000-MME11
2Tris11
3glycerol11
4sodium chloride11
5magnesium chloride11
6H2O11
7PEG5000-MME12
8sodium chloride12
9magnesium chloride12
10H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年10月1日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.72→45 Å / Num. all: 12904 / Num. obs: 12530 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.72→2.87 Å / % possible all: 95.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ収集
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.72→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 381 2.9 %copied from scIHF2 (wild type) data set
Rwork0.237 ---
all0.238 12978 --
obs0.238 12511 96.4 %-
溶媒の処理Bsol: 29.174 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 52.478 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.72→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1610 1426 8 163 3207
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0042
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.852.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.6442
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.7622.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.0062.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.1273
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep_nopuck.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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