PDB-2ii2: Crystal Structure of Alpha-11 Giardin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ii2

タイトル

Crystal Structure of Alpha-11 Giardin

要素

Alpha-11 giardin

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Helix-Turn-Helix

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium-dependent phospholipid binding / phosphatidylserine binding / cytoskeleton organization / microtubule / calcium ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Giardia intestinalis (真核生物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Pathuri, P. / Nguyen, E.T. / Luecke, H.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Apo and Calcium-bound Crystal Structures of Alpha-11 Giardin, an Unusual Annexin from Giardia lamblia
著者: Pathuri, P. / Nguyen, E.T. / Svard, S.G. / Luecke, H.

履歴

登録	2006年9月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ii2.cif.gz	161.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ii2.ent.gz	125.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ii2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ii2_validation.pdf.gz	427.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ii2_full_validation.pdf.gz	428.6 KB	表示
XML形式データ	2ii2_validation.xml.gz	18.9 KB	表示
CIF形式データ	2ii2_validation.cif.gz	31.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/2ii2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/2ii2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2iicC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4evh-d 4evf-d 3f9u-d 3chj-d 4lgt-1 1rzn-d 3dh3-1 1x11-3 1hg5-d 2q4c-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-11 giardin

ヘテロ分子

35.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.951, 60.954, 119.909
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Alpha-11 giardin 分子量: 35252.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Giardia intestinalis (真核生物) / プラスミド: pGEX-6P3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: Q4VPP2
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 620 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.7 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 200mM Lithium Sulfate, 100mM MES pH 6.0, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

ID	Crystal-ID
1	1
2	1
3	1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.979,0.905

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月4日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.979	1
2	0.905	1

Reflection

D res high: 1.92 Å / D res low: 50 Å

冗長度 (%)	ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	Χ²	Num. obs	% possible obs
5.3	1	12.1	256287	0.073	0.84	48518	98.6
6	2	10.4	291574	0.095	2.09	48700	98.6
5.2	3	10.8	260134	0.075	0.81	49602	99.3

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy	Rejects
5.21	50	99.4	1	0.034	1.18	5.6	4836
4.14	5.21	99.8	1	0.039	1.112	5.2	3755
3.61	4.14	100	1	0.048	1.026	5.5	431
3.28	3.61	100	1	0.053	0.969	5.5	53
3.05	3.28	100	1	0.06	0.893	5.5	1
2.87	3.05	99.9	1	0.069	0.84	5.4	2
2.72	2.87	99.9	1	0.077	0.851	5.4	8
2.61	2.72	99.7	1	0.087	0.837	5.3	4
2.51	2.61	99.5	1	0.094	0.8	5.4	2
2.42	2.51	99.8	1	0.104	0.812	5.3
2.34	2.42	99.1	1	0.112	0.794	5.3
2.28	2.34	99.7	1	0.123	0.778	5.3
2.22	2.28	98.8	1	0.136	0.775	5.2
2.16	2.22	99.8	1	0.143	0.761	5.2
2.11	2.16	98.4	1	0.154	0.756	5.2
2.07	2.11	99.6	1	0.176	0.741	5.2
2.03	2.07	97.5	1	0.206	0.722	5.1
1.99	2.03	99	1	0.238	0.71	5.2
1.95	1.99	97.3	1	0.276	0.675	5.1
1.92	1.95	85.5	1	0.304	0.708	4.7
5.21	50	99.6	2	0.057	2.553	6.2	4836
4.14	5.21	100	2	0.059	2.772	5.8	3755
3.61	4.14	100	2	0.065	2.902	5.9	431
3.28	3.61	100	2	0.073	2.887	6	53
3.05	3.28	100	2	0.081	2.546	6.1	1
2.87	3.05	99.9	2	0.092	2.401	6.1	2
2.72	2.87	99.8	2	0.101	2.287	6.1	8
2.61	2.72	99.6	2	0.111	2.217	6.1	4
2.51	2.61	99.6	2	0.12	2.206	6.1	2
2.42	2.51	100	2	0.128	2.049	6
2.34	2.42	99.4	2	0.141	2.049	6.1
2.28	2.34	100	2	0.153	1.975	6.1
2.22	2.28	99.1	2	0.162	1.918	6
2.16	2.22	100	2	0.175	1.84	6
2.11	2.16	98.8	2	0.186	1.723	6
2.07	2.11	100	2	0.212	1.653	6
2.03	2.07	98.2	2	0.241	1.537	6
1.99	2.03	100	2	0.267	1.395	5.9
1.95	1.99	97.9	2	0.317	1.294	5.9
1.92	1.95	80	2	0.334	1.304	5.3
5.21	50	99.5	3	0.032	1.106	5.7	4836
4.14	5.21	99.4	3	0.035	1.082	5.3	3755
3.61	4.14	100	3	0.043	1.05	5.4	431
3.28	3.61	100	3	0.052	0.993	5.5	53
3.05	3.28	99.9	3	0.059	0.848	5.5	1
2.87	3.05	100	3	0.068	0.815	5.4	2
2.72	2.87	100	3	0.078	0.783	5.3	8
2.61	2.72	99.9	3	0.087	0.77	5.3	4
2.51	2.61	99.6	3	0.095	0.745	5.3	2
2.42	2.51	99.8	3	0.108	0.771	5.2
2.34	2.42	99.4	3	0.118	0.751	5.2
2.28	2.34	99.4	3	0.128	0.733	5.2
2.22	2.28	99.1	3	0.141	0.742	5.1
2.16	2.22	99.3	3	0.156	0.719	5.1
2.11	2.16	98.8	3	0.165	0.711	5.1
2.07	2.11	99.6	3	0.204	0.727	5.1
2.03	2.07	98.1	3	0.232	0.695	5.1
1.99	2.03	98.3	3	0.263	0.707	5.1
1.95	1.99	97	3	0.318	0.671	5
1.92	1.95	98.2	3	0.343	0.677	4.9

反射

解像度: 1.1→42.74 Å / Num. obs: 133460 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 9.01 % / R_merge(I) obs: 0.121 / Χ²: 0.74 / Net I/σ(I): 6.4 / Scaling rejects: 9092

反射シェル

解像度: 1.1→1.14 Å / 冗長度: 5.98 % / R_merge(I) obs: 0.482 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. measured all: 76436 / Num. unique all: 12772 / Χ²: 0.43 / % possible all: 94.2

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2
3

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
1	3 wavelength	1	0.9793	8.83	-9.67
1	3 wavelength	2	0.905	4.68	-2.58
1	3 wavelength	3	0.9795	3.01	-11.1

Phasing dm

FOM : 0.86 / FOM acentric: 0.86 / FOM centric: 0.83 / 反射: 12017 / Reflection acentric: 10168 / Reflection centric: 1849

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
7.1-34.838	0.96	0.97	0.94	582	367	215
4.5-7.1	0.94	0.95	0.9	1659	1298	361
3.6-4.5	0.93	0.94	0.87	2033	1699	334
3.1-3.6	0.9	0.91	0.83	2014	1732	282
2.7-3.1	0.82	0.82	0.78	3546	3124	422
2.5-2.7	0.74	0.75	0.66	2183	1948	235

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK	9.2L	データスケーリング
SOLVE	2.09	位相決定
RESOLVE	2.09	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
ADSC	QUANTUM	データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.1→42.74 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 1.358 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.039 / ESU R Free: 0.04 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.225	6722	5 %	RANDOM
R_work	0.195	-	-	-
obs	0.196	133369	97.25 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.814 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.08 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.1→42.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2515	0	10	625	3150

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	2582
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.256	1.937	3507
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.292	5	320
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.516	24.135	133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.198	15	448
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.815	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	381
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1994
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	1314
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.309	0.2	1832
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	450
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.156	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.156	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.291	1.5	1605
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.786	2	2531
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.506	3	1090
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.426	4.5	976
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.525	3	2695
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	4.605	3	625
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	3.59	3	2525

LS精密化シェル

解像度: 1.1→1.129 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.286	503	-
R_work	0.248	8966	-
obs	-	9469	94.18 %

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