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- PDB-2ihm: Polymerase mu in ternary complex with gapped 11mer DNA duplex and... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ihm
タイトルPolymerase mu in ternary complex with gapped 11mer DNA duplex and bound incoming nucleotide
要素
  • 5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*T)-3'
  • 5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*AP*TP*AP*CP*TP*G)-3'
  • 5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3'
  • DNA polymerase mu
キーワードTransferase/DNA / polymerase / helix-turn-helix / Transferase-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / B cell differentiation / double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA-directed DNA/RNA polymerase mu / DNA nucleotidylexotransferase (TdT) / DNA-directed DNA/RNA polymerase mu / Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X ...DNA-directed DNA/RNA polymerase mu / DNA nucleotidylexotransferase (TdT) / DNA-directed DNA/RNA polymerase mu / Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix domain / DNA polymerase X family / DNA polymerase family X, binding site / DNA polymerase family X signature. / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily / DNA polymerase family X / DNA polymerase beta, thumb domain / DNA polymerase beta thumb / DNA polymerase, thumb domain superfamily / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Nucleotidyltransferase superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA-directed DNA/RNA polymerase mu
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Moon, A.F. / Pedersen, L.C. / Kunkel, T.A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural insight into the substrate specificity of DNA Polymerase mu.
著者: Moon, A.F. / Garcia-Diaz, M. / Bebenek, K. / Davis, B.J. / Zhong, X. / Ramsden, D.A. / Kunkel, T.A. / Pedersen, L.C.
履歴
登録2006年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.52022年12月21日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
T: 5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*AP*TP*AP*CP*TP*G)-3'
P: 5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*T)-3'
D: 5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3'
U: 5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*AP*TP*AP*CP*TP*G)-3'
Q: 5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*T)-3'
E: 5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3'
A: DNA polymerase mu
B: DNA polymerase mu
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,99115
ポリマ－93,9418
非ポリマー1,0507
水3,297183
1
T: 5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*AP*TP*AP*CP*TP*G)-3'
P: 5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*T)-3'
D: 5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3'
A: DNA polymerase mu
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9739
ポリマ－46,9704
非ポリマー1,0035
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
U: 5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*AP*TP*AP*CP*TP*G)-3'
Q: 5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*T)-3'
E: 5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3'
B: DNA polymerase mu
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0186
ポリマ－46,9704
非ポリマー472
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.028, 96.085, 73.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Each asymmetric unit contains two monomers of polymerase mu. However, the monomeric form of polymerase mu is the biological unit.

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要素

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DNA鎖 , 3種, 6分子 TUPQDE

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*AP*TP*AP*CP*TP*G)-3'


分子量: 3358.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*T)-3'


分子量: 1808.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3'


分子量: 1191.818 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#4: タンパク質 DNA polymerase mu / Pol Mu


分子量: 40612.043 Da / 分子数: 2 / Fragment: catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Polm / プラスミド: pGEX4T3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) - RIL / 参照: UniProt: Q9JIW4, DNA-directed DNA polymerase

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非ポリマー , 4種, 190分子

#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-D3T / 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / ddTTP


タイプ: DNA OH 3 prime terminus / 分子量: 466.169 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N2O13P3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.37 %
結晶化詳細: 0.095M Na Citrate pH 5.6, 19% ispropanol, 19% PEG4000, and 5% glycerol
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1HEPES11
2ispropanol11
3PEG400011
4glycerol11
5H2O11
6HEPES12
7ispropanol12
8PEG400012
9glycerol12

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月21日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 36847 / Num. obs: 36737 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.505 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 3645 / Rsym value: 0.505 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
MAR345345DTBデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: murine TdT - 1JMS

1jms


解像度: 2.4→50 Å / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 1653 -random
Rwork0.23 ---
all0.232 35276 --
obs0.232 35276 99.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 58.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.37 Å20 Å23.39 Å2
2--5.79 Å20 Å2
3----6.16 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.46 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.49 Å0.39 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5246 850 61 183 6340
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.17
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.027
Rfactor反射数%反射
Rfree0.408 229 -
Rwork0.379 --
obs-5039 86.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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