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万見
- PDB-2igp: Crystal Structure of Hec1 CH domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2igp
タイトルCrystal Structure of Hec1 CH domain
要素Retinoblastoma-associated protein HEC
キーワードCELL CYCLE / calponin homology (CH) domain / alpha helices
機能・相同性
機能・相同性情報


G2/MI transition of meiotic cell cycle / kinetochore adaptor activity / skeletal muscle satellite cell proliferation / Ndc80 complex / kinetochore organization / metaphase chromosome alignment / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / attachment of spindle microtubules to kinetochore / outer kinetochore / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore ...G2/MI transition of meiotic cell cycle / kinetochore adaptor activity / skeletal muscle satellite cell proliferation / Ndc80 complex / kinetochore organization / metaphase chromosome alignment / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / attachment of spindle microtubules to kinetochore / outer kinetochore / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / spindle assembly involved in female meiosis I / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / mitotic sister chromatid segregation / establishment of mitotic spindle orientation / centrosome duplication / chromosome, centromeric region / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / cyclin binding / mitotic spindle organization / chromosome segregation / RHO GTPases Activate Formins / regulation of protein stability / kinetochore / Separation of Sister Chromatids / mitotic cell cycle / microtubule binding / cell division / centrosome / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ncd80 complex, Ncd80 subunit / Kinetochore protein Ndc80 / Ndc80 domain superfamily / Domain of unknown function DUF5595 / HEC/Ndc80p family / Domain of unknown function (DUF5595) / Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Kinetochore protein NDC80 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Wei, R.R. / Harrison, S.C.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: The Ndc80/HEC1 complex is a contact point for kinetochore-microtubule attachment.
著者: Wei, R.R. / Al-Bassam, J. / Harrison, S.C.
履歴
登録2006年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoblastoma-associated protein HEC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9563
ポリマ－13,8001
非ポリマー1562
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.929, 44.703, 68.036
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Retinoblastoma-associated protein HEC / Kinetochore associated 2


分子量: 13800.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HEC1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta pLyS / 参照: UniProt: O14777
#2: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.42 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M cacodylate, pH 6.5, 22-30% PEG 8K, 0.2 M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1981
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.2.210.97973, 0.97986, 0.95370
シンクロトロンALS 8.2.120.9199
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2006年6月2日
ADSC QUANTUM 2102CCD2006年5月18日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Double crystal Si (111)MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979731
20.979861
30.95371
40.91991
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 12129 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 18.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 26.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 4.25 / Num. unique all: 1208 / Rsym value: 0.33 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→37.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 2.536 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23123 595 4.9 %RANDOM
Rwork0.19929 ---
all0.201 12090 --
obs0.20083 11495 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.801 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.27 Å20 Å20 Å2
2---0.26 Å20 Å2
3---0.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→37.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数935 0 8 72 1015
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.022973
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.431.9651322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6355117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.5123.8142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.56315161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.746153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2144
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02734
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2330.2473
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.2681
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.210.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1420.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9581.5597
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6032949
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5813432
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0894.5371
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 57 -
Rwork0.235 822 -
obs-879 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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