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万見
- PDB-2igb: Crystal Structure of PyrR, The Regulator Of The Pyrimidine Biosyn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2igb
タイトルCrystal Structure of PyrR, The Regulator Of The Pyrimidine Biosynthetic Operon In Bacillus caldolyticus, UMP-bound form
要素PyrR bifunctional protein
キーワードTRANSFERASE / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION / ATTENUATION PROTEIN / RNA-BINDING / PYRIMIDINE BIOSYNTHESIS / PRTASE / URACIL PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


uracil phosphoribosyltransferase / uracil phosphoribosyltransferase activity / DNA-templated transcription termination / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Bifunctional protein PyrR / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / Bifunctional protein PyrR
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus caldolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Chander, P. / Switzer, R.L. / Smith, J.L.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: PyrR, the regulator of the pyrimidine biosynthetic operon in Bacillus caldolyticus
著者: Chander, P. / Switzer, R.L. / Smith, J.L.
履歴
登録2006年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PyrR bifunctional protein
B: PyrR bifunctional protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,95510
ポリマ－39,9342
非ポリマー1,0218
水5,152286
1
A: PyrR bifunctional protein
B: PyrR bifunctional protein
ヘテロ分子

A: PyrR bifunctional protein
B: PyrR bifunctional protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,91020
ポリマ－79,8684
非ポリマー2,04216
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.281, 96.752, 63.104
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSGLUGLUAA3 - 653 - 65
21LYSLYSGLUGLUBB3 - 653 - 65
32VALVALVALVALAA95 - 15395 - 153
42VALVALVALVALBB95 - 15395 - 153

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要素

#1: タンパク質 PyrR bifunctional protein / Pyrimidine operon regulatory protein / Uracil phosphoribosyltransferase / UPRTase


分子量: 19967.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus caldolyticus (バクテリア)
遺伝子: pyrR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41007, uracil phosphoribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-U5P / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / UMP


分子量: 324.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O9P
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M sodium citrate, 0.2M sodium chloride, 1.0M diammonium hydrogen phosphate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97 Å
検出器日付: 2006年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→50 Å / Num. obs: 46630 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 21.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rsym value: 0.057
反射 シェル解像度: 1.68→1.74 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.93 / Rsym value: 0.62

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1NON

1non


解像度: 1.68→41.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 1.95 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22375 2356 5.1 %RANDOM
Rwork0.18249 ---
obs0.18452 44224 99.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.579 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.45 Å20 Å20 Å2
2---0.57 Å20 Å2
3----0.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.68→41.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2843 0 66 286 3195
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222936
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7021.9973946
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1315341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.59322.194155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.3815570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4931550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.2455
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022172
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.21356
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.21970
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1910.2261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2290.291
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3560.241
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1981.51778
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.84622818
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.66131250
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1874.51128
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 932 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.40.5
medium thermal1.22
LS精密化 シェル解像度: 1.68→1.73 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 171 -
Rwork0.255 3109 -
obs--95.13 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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