PDB-2if7: Crystal Structure of NTB-A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2if7

タイトル

Crystal Structure of NTB-A

要素

SLAM family member 6

キーワード

IMMUNE SYSTEM / NTB-A / SLAM6 / LY108 / Homophilic receptor

機能・相同性

機能・相同性情報

T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of interleukin-17 production / T cell activation / positive regulation of type II interferon production / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / immune response / external side of plasma membrane / innate immune response / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Cao, E. / Ramagopal, U.A. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: Immunity / 年: 2006
タイトル: NTB-A Receptor Crystal Structure: Insights into Homophilic Interactions in the Signaling Lymphocytic Activation Molecule Receptor Family.
著者: Cao, E. / Ramagopal, U.A. / Fedorov, A. / Fedorov, E. / Yan, Q. / Lary, J.W. / Cole, J.L. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C.

履歴

登録	2006年9月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 600

Heterogen Authors state that it is difficult to assign CL and CA ions at 3.00 ANGSTROMS resolution. ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2if7.cif.gz	158.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2if7.ent.gz	126.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2if7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/2if7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/2if7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4bfi-d 3fxr-d 3fxq-d 4ofd-d 3fxu-d 1m6b-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SLAM family member 6

B: SLAM family member 6

C: SLAM family member 6

D: SLAM family member 6

ヘテロ分子

86.9 kDa, 4 ポリマー
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1

A: SLAM family member 6

B: SLAM family member 6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.4 kDa, 2 ポリマー
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2

C: SLAM family member 6

D: SLAM family member 6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.4 kDa, 2 ポリマー
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3

C: SLAM family member 6

D: SLAM family member 6

ヘテロ分子

C: SLAM family member 6

D: SLAM family member 6

ヘテロ分子

A: SLAM family member 6

B: SLAM family member 6

ヘテロ分子

A: SLAM family member 6

B: SLAM family member 6

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
174 kDa, 8 ポリマー
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4

C: SLAM family member 6

D: SLAM family member 6

ヘテロ分子

A: SLAM family member 6

B: SLAM family member 6

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
86.9 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	121.196, 148.452, 86.572
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.860, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

詳細

The biological unit is a dimer.There are two biological units in the asymmetric unit (chains A, B and C, D)

#1: タンパク質	SLAM family member 6 / NK-T-B-antigen / NTB-A / Activating NK receptor 分子量: 21685.398 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLAMF6, KALI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosseta (DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q96DU3
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.25 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 0.4-0.5 M CaCl2, 0.1 M HEPES pH 7.4, 1.0 mM Pt(NH3)2Cl2, 4% PEG-400, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 277K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1
3		1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 0.9789,0.9791,0.9714

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月20日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9789	1
2	0.9791	1
3	0.9714	1

Reflection

D res low: 50 Å

冗長度 (%)	ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	Χ²	D res high (Å)	Num. obs	% possible obs
2.5	1	11.5	111080	0.06	1.07	3.2	44727	98.6
2.4	2	9	97991	0.076	1.02	3.3	41360	98.9
2.5	3	8.4	110675	0.08	1.04	3.19	45039	97.4

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
6.89	50	99.3	1	0.032	1.435	2.5
5.47	6.89	99.5	1	0.045	1.253	2.5
4.78	5.47	99.6	1	0.042	1.16	2.5
4.34	4.78	99.6	1	0.049	1.163	2.5
4.03	4.34	99.5	1	0.066	1.089	2.5
3.79	4.03	99.4	1	0.098	0.994	2.5
3.6	3.79	99.4	1	0.134	0.952	2.5
3.45	3.6	99.3	1	0.195	0.922	2.5
3.31	3.45	99.2	1	0.283	0.848	2.4
3.2	3.31	91.1	1	0.396	0.811	2.4
7.1	50	99.1	2	0.037	1.434	2.4
5.64	7.1	99.6	2	0.055	1.137	2.4
4.93	5.64	99.4	2	0.057	1.122	2.4
4.48	4.93	99.6	2	0.065	1.091	2.4
4.16	4.48	99.5	2	0.084	1.079	2.4
3.91	4.16	99.4	2	0.128	0.941	2.4
3.72	3.91	99.2	2	0.174	0.904	2.3
3.55	3.72	99.2	2	0.249	0.869	2.4
3.42	3.55	98.6	2	0.357	0.871	2.3
3.3	3.42	95.4	2	0.518	0.767	2.3
6.87	50	99.3	3	0.041	1.575	2.5
5.45	6.87	99.6	3	0.056	1.162	2.5
4.76	5.45	99.5	3	0.057	1.153	2.5
4.33	4.76	99.5	3	0.066	1.126	2.5
4.02	4.33	99.5	3	0.095	1.048	2.5
3.78	4.02	99.4	3	0.146	0.937	2.5
3.59	3.78	99.3	3	0.201	0.908	2.5
3.44	3.59	98.8	3	0.3	0.855	2.5
3.3	3.44	96.2	3	0.444	0.791	2.4
3.19	3.3	83.2	3	0.59	0.758	2.2

反射

解像度: 3→40 Å / Num. all: 28402 / Num. obs: 28402 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 51 Å² / R_merge(I) obs: 0.059 / R_sym value: 0.048 / Χ²: 0.969 / Net I/σ(I): 15.1

反射シェル

解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.348 / Mean I/σ(I) obs: 3.08 / Num. unique all: 2838 / R_sym value: 0.303 / Χ²: 0.694 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
Coot		モデル構築
O		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 3→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.928 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.888 / SU B: 33.639 / SU ML: 0.31 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.939 / ESU R Free: 0.384 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.266	1413	5 %	RANDOM
R_work	0.213	-	-	-
all	0.216	28151	-	-
obs	0.216	28151	99.67 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 83.603 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.85 Å²	0 Å²	3.14 Å²
2-	-	-1.44 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5960	0	3	3	5966

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	6080
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.085	1.953	8271
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.209	5	751
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.35	25.273	275
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.258	15	1059
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.413	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	970
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	4530
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.299	0.2	2555
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.332	0.2	4140
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.207	0.2	211
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.164	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.293	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.141	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.239	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.004	1.5	3851
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.793	2	6180
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.517	3	2458
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.239	4.5	2091

LS精密化シェル

解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.391	102	-
R_work	0.289	1945	-
obs	-	2047	99.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.4853	-0.9916	-1.2784	12.2341	-3.4009	4.8331	0.0219	0.0957	-0.2976	-0.2271	-0.084	-0.119	-0.1307	0.0666	0.0621	-0.5156	0.0249	-0.0708	-0.5229	-0.0862	-0.1004	48.1962	60.1771	1.5016
2	7.7375	4.0419	-0.3693	9.7035	0.0383	4.3392	0.3005	-0.4955	0.1946	0.92	-0.2835	0.5612	0.2262	-0.6307	-0.017	-0.4111	-0.0154	0.0657	-0.3986	-0.0257	-0.3662	36.3609	20.1156	12.0072
3	14.6242	-4.6078	-4.2589	6.6586	-0.4632	5.124	-0.355	-0.8389	0.1503	0.5532	0.4161	-0.5489	-0.2643	0.401	-0.0611	-0.1207	0.1722	-0.0398	-0.4679	-0.0172	-0.1631	41.4272	78.0524	10.5222
4	9.2185	-0.2364	-0.6741	2.3797	-0.9522	5.1436	-0.1009	-0.8427	-0.4655	0.1429	0.0005	0.1822	0.2489	-0.3816	0.1004	-0.2497	0.0828	-0.0207	-0.219	0.1744	-0.2896	0.9646	88.9077	25.7879
5	7.3255	-1.0376	-1.6825	6.2748	2.6206	4.9063	0.2172	0.6984	0.7454	-1.4514	-0.1913	0.1118	-0.4334	0.0263	-0.026	0.6654	0.117	-0.1922	0.4513	0.4925	0.4309	2.3042	52.4806	26.8806
6	5.1927	3.232	0.4269	2.3188	1.7671	7.374	0.3213	-1.4598	-0.0641	1.3982	-0.4373	0.3335	0.2829	0.1142	0.116	0.1162	0.0751	-0.054	0.5723	0.1268	0.1871	-1.0481	91.609	44.9242
7	8.4242	-3.6111	4.0359	6.6152	-2.5726	9.7668	0.4157	0.7765	0.0028	-1.2674	-0.2556	0.8627	0.7336	-0.5068	-0.1601	0.1656	-0.0168	-0.1676	0.1534	0.1605	0.0851	0.7046	33.9772	36.7286
8	5.3464	0.6719	1.0579	2.105	0.7067	4.9254	-0.0946	0.1191	0.2298	-0.1145	-0.0342	0.0259	-0.069	-0.1217	0.1288	-0.5056	-0.0061	0.0212	-0.6952	-0.0463	-0.4546	15.8243	22.2494	77.2359

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	5 - 104	5 - 104
2	2	A	A	111 - 190	111 - 190
3	3	B	B	5 - 104	5 - 104
4	4	B	B	111 - 190	111 - 190
5	5	C	C	5 - 104	5 - 104
6	6	C	C	111 - 190	111 - 190
7	7	D	D	5 - 104	5 - 104
8	8	D	D	111 - 190	111 - 190

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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